RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G389620
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 96512574-96516569 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1763 bp · TkA03G389620|TK1151|cDNA

GGAAATTGTGTTTTCGTGATCTTTAAAAGGGTTTGTGAAAGCAAACAATTTGGTTTCAAAAAGGTTCGTTCCACTGAATATATTAGAGAAGAAGATGCCATTAGAGACCAGCTGCTTTACTTATAAGGATCTTGTTCTTCATCAAGAAAACGTGTGCAGAGTCTTTGGCAATGGCGTTTGTGAGATTGTTAGTGATATAAGTCCTCTCATTTGTTCGTCTCCAAGGCCGACGACTAAAGAGCTCAATGCAGCAGCTCTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1296 bp · TkA03G389620|TK1151|CDS

ATGCCATTAGAGACCAGCTGCTTTACTTATAAGGATCTTGTTCTTCATCAAGAAAACGTGTGCAGAGTCTTTGGCAATGGCGTTTGTGAGATTGTTAGTGATATAAGTCCTCTCATTTGTTCGTCTCCAAGGCCGACGACTAAAGAGCTCAATGCAGCAGCTCTTACAATTCAAAAGTTCTACAAGAGCTATCGTACTCGACGCAATCTTGCAGATTGTGCGGTAGTCGTTGAAGAATTATGGTGGAAAGCTTTGGACTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

431 aa · TkA03G389620|TK1151|PROTEIN

MPLETSCFTYKDLVLHQENVCRVFGNGVCEIVSDISPLICSSPRPTTKELNAAALTIQKFYKSYRTRRNLADCAVVVEELWWKALDFATLKRSSVSFFCNNKPESAVSRWGRARTRVAKVGKGLSKDKNAQKLAICHWLEAIDPRHRYGHNLQLYYKLWFTSQSSQPFFYWLDVGDGKEITVDTCPRNVLHYQCIKYLGPKEREEYQVIIENGKFLYKQNGRLVNTIEGTKWIFVLSTSRTLYVGQKEKGRFQHSSFLAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G389620
TK1151 IDTkA03G389620
OH-1004 IDLXL04_008262
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G389620
位置Chr03:96512574-96516569 (-)
描述Similar to IQM5: IQ domain-containing protein IQM5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g57010 可能参与生物和非生物胁迫反应。 暂无已核实直接文献
At2g26190 可能参与生物和非生物胁迫反应。 暂无已核实直接文献
At4g33050 参与气孔运动的调节。
AtIQM1, a novel calmodulin-binding protein, is involved in stomatal movement in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1007/s11103-012-9915-0
At3g13600 可能参与生物和非生物胁迫反应。 暂无已核实直接文献
At3g58480 可能参与生物和非生物胁迫反应。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008262 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程
GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0005516 calmodulin binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G26190
ath:AT3G58480
ath:AT4G33050
ath:AT5G57010
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.531
排名 1 · TkA03G389620 · TK1151
细胞核0.366
排名 2 · TkA03G389620 · TK1151
细胞膜0.203
排名 3 · TkA03G389620 · TK1151
质体0.056
排名 4 · TkA03G389620 · TK1151
内质网0.053
排名 5 · TkA03G389620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08008Viral_cys_rich14-36 aa
PF00612IQ52-69 aa
PF08062NOP2_rpt122-133 aa
PF08008Viral_cys_rich136-158 aa
PF30383IQM_M202-293 aa
PF08008Viral_cys_rich292-300 aa
PF08062NOP2_rpt354-364 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G389620PF08008Viral_cys_rich14360.05414.2
TkA03G389620PF00612IQ52690.005617.1
TkA03G389620PF08062NOP2_rpt1221331.410.1
TkA03G389620PF08008Viral_cys_rich1361580.05414.2
TkA03G389620PF30383IQM_M2022937.2e-45151.8
TkA03G389620PF08008Viral_cys_rich2923000.05414.2
TkA03G389620PF08062NOP2_rpt3543641.410.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q058N0拟南芥sp|Q058N0|IQM5_ARATH IQ domain-containing protein IQM560.900%Swiss-Prot高置信
O64851拟南芥sp|O64851|IQM4_ARATH IQ domain-containing protein IQM459.500%Swiss-Prot高置信
O82645拟南芥sp|O82645|IQM1_ARATH IQ domain-containing protein IQM159.000%Swiss-Prot高置信
Q9LHN9拟南芥sp|Q9LHN9|IQM2_ARATH IQ domain-containing protein IQM244.200%Swiss-Prot中等置信
Q9M2G8拟南芥sp|Q9M2G8|IQM6_ARATH IQ domain-containing protein IQM647.300%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看