TkA03G387730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G387730

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 95947846-95952305 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1693 bp · TkA03G387730|TK1151|cDNA

ATTAAAAGTACACGATAAAAGTAAAACCTGTCTTGTACATTTCACCATCGCTCAAGAGAAAAAAGCATAGGGCAGTGAAGGTGTAGAATCTAGAGAGAAGAAAAGAAGGAGAAAATGAAGGAAAGAGGCGGGAAAGGAGGAGGCCAGTCGTCGGTGAACGAGCGATACTCACAGTGGAAGACTCTCGTCCCCATTCTCTCTACGACTGGCTCGCCAACCACAACCTCGTTTGGCCCTCTCTTTCATGCCGATGGGGGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

828 bp · TkA03G387730|TK1151|CDS

ATGTGCCAAAGTGAACCATTTGTGCTTTCTGGAGGCAAGGACAAATCAGTTGTGTTGTGGAGTATTCATGATCATATCTCGAGTTTGGCAACAGAGTCACCTGGATCCAATGGGCCCAAGACTGAAGATAAAGTAACCGAAAGCCCAAAAATTCAAGCAAGGGGGATCTATCAAGGCCATTCAGATACTGTTGAAGATGTACAGTTTTGCCCCTCCAGTGCGCAAGAGTTTTGTAGTGTTGGTGATGACTCGTGTCTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

275 aa · TkA03G387730|TK1151|PROTEIN

MCQSEPFVLSGGKDKSVVLWSIHDHISSLATESPGSNGPKTEDKVTESPKIQARGIYQGHSDTVEDVQFCPSSAQEFCSVGDDSCLILWDARTGSSPVVKVEKAHNADLHCVDWNPIDENFILTGSADNTVRLFDRRNLTSNGVGSPVHIFTNHSAAVLCVQWSPDKSSIFGSSAEDGVLNIWDHNKVGERSGPASKFAPGLLFRHSGHRDKVVDFHWNSHDPWTIVSVSDDGESTGGGGTLQIWRMIDLIHRPQEEVIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G387730`
TK1151 ID	TkA03G387730
OH-1004 ID	LXL04_008299
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.455 / OH-1004 52.772 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G387730

位置 Chr03:95947846-95952305 (-)

描述 Similar to MSI4: WD-40 repeat-containing protein MSI4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19520`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	Regulation of flowering time by FVE, a retinoblastoma-associated protein.2004 · DOI: 10.1038/ng1295 A genetic link between cold responses and flowering time through FVE in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1038/ng1298
`At4g29730`	核心组蛋白结合亚基，可能以由核小体 DNA 调控的方式，将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白去乙酰化酶靶向其组蛋白底物（通过相似性）。	Arabidopsis PWWP domain proteins mediate H3K27 trimethylation on FLC and regulate flowering time.2018 · DOI: 10.1111/jipb.12630

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程

GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16780

ath:AT2G19520

ath:AT4G29730

ddi:DDB_G0282529

mmu:19646

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.559

排名 1 · TkA03G387730 · TK1151

细胞核0.457

排名 2 · TkA03G387730 · TK1151

溶酶体／液泡0.091

排名 3 · TkA03G387730 · TK1151

高尔基体0.077

排名 4 · TkA03G387730 · TK1151

细胞膜0.072

排名 5 · TkA03G387730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24796WDR552-23 aa

PF24780WD40_MABP1-WDR62_1st2-93 aa

PF28639DNAI3_WD2-74 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st3-21 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz4-95 aa

PF00400WD404-21 aa

PF23414Beta-prop_EML_24-26 aa

PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR14-138 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G387730	`PF24796`	WDR55	2	23	8.9e-10	38.8
TkA03G387730	`PF24780`	WD40_MABP1-WDR62_1st	2	93	0.0025	17.8
TkA03G387730	`PF28639`	DNAI3_WD	2	74	0.12	11.8
TkA03G387730	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	3	21	8e-05	22.9
TkA03G387730	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	4	95	2.5e-25	90.1
TkA03G387730	`PF00400`	WD40	4	21	6.3e-25	87.2
TkA03G387730	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	4	26	4.3e-14	53.3
TkA03G387730	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	4	138	6.7e-13	49.1
TkA03G387730	`PF23760`	Beta-prop_DCAF12	4	137	0.0082	15.8
TkA03G387730	`PF24814`	WD40_Prp19	5	23	3e-22	79.7
TkA03G387730	`PF23409`	Beta-prop_EML	5	22	6.7e-08	33.1
TkA03G387730	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	6	23	2.6e-23	83.5
TkA03G387730	`PF30552`	CFAP251_N	6	26	0.0051	16.7
TkA03G387730	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	7	23	5.1e-19	69.4
TkA03G387730	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	7	20	6.1e-14	52.9
TkA03G387730	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	7	22	7.7e-10	39.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22607`	拟南芥	sp\|O22607\|MSI4_ARATH WD-40 repeat-containing protein MSI4	69.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SU78`	拟南芥	sp\|Q9SU78\|MSI5_ARATH WD-40 repeat-containing protein MSI5	67.400%	Swiss-Prot	高置信

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