TkA03G363910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G363910

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 89777171-89781864 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3986 bp · TkA03G363910|TK1151|cDNA

CTCATTGATCAAATATGAATTTGTTATTACAACATTGGGGTCTTTGGATATTGGCTTTAAACTAAAGGGCCCTATATACCAATTGGAAAACTGAAAGGGACCCTTCTTCTTCCGTCAGCATGAGTACCCGGCACGTGTGACTTCTCTCCTCAGTTTCAGACAAATTTCCCTCACTCTCTCTCACACGAAAACGCCGTAGCAGATTGGTGTTCATCTACTTTACACGCTAAAAAGGGGGCGAACAGAATCATACTTATTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1926 bp · TkA03G363910|TK1151|CDS

ATGGATGAATATAATCGAATAGATGTGCAAAGAACCTCAGGGAGACAAGGTTCACGCCCAGTCTTGAAGTCCATATTATCAGGTAAATCAACACCTAGAGGATCTCCCTCATTTAAAAGATTAAACTCTAGCCGTACCCCTAGAAGAGACGGAAGAACAGGTGGATTTGGTACCAATTGTTTCAGAAGCAATCGGATCGTTCTTTGGTTGCTTTTAATCACTCTTTGGGCTTACGCTGGATTCTATGTCCAATCAAGGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

641 aa · TkA03G363910|TK1151|PROTEIN

MDEYNRIDVQRTSGRQGSRPVLKSILSGKSTPRGSPSFKRLNSSRTPRRDGRTGGFGTNCFRSNRIVLWLLLITLWAYAGFYVQSRWAHGDNKEGIFGGTDTIDETETESEQVHRRDLSVSNDSLTGHLSINVNQSNVRNTDTVKIKNTIVKKRTRRSRRGSKRKKGLETEITKNLEVQEEELPNTNSTYGMLFGPFGSLEDKVLEWSPTKRSGTCDRKSQFARLVWSRKFVLIFHELSMTGAPLSMMELATELLSCGAT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G363910`
TK1151 ID	TkA03G363910
OH-1004 ID	LXL04_007208
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	33.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 62.246 / OH-1004 78.542 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G363910`
位置	Chr03:89777171-89781864 (-)
描述	Similar to lpsB: Lipopolysaccharide core biosynthesis mannosyltransferase LpsB (Rhizobium meliloti (strain 1021)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_007208` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006488 dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process 生物过程 GO:0010125 mycothiol biosynthetic process 生物过程 GO:0071793 bacillithiol biosynthetic process 生物过程 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0012505 endomembrane system 细胞组分 GO:0000033 alpha-1,3-mannosyltransferase activity 分子功能 GO:0000166 nucleotide binding 分子功能 GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能 GO:0004378 GDP-Man:Man(1)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1,3-mannosyltransferase activity 分子功能 GO:0008375 acetylglucosaminyltransferase activity 分子功能 GO:0016757 glycosyltransferase activity 分子功能 GO:0102704 GDP-Man:Man(2)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1,6-mannosyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ban:BA_1558 bar:GBAA_1558 bat:BAS1445 kfl:Kfla_1007 mja:MJ_1178 ncr:NCU03503 sme:SMc01219 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.680

排名 1 · TkA03G363910 · TK1151

内质网0.171

排名 2 · TkA03G363910 · TK1151

细胞质0.088

排名 3 · TkA03G363910 · TK1151

细胞膜0.076

排名 4 · TkA03G363910 · TK1151

细胞外0.063

排名 5 · TkA03G363910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19860DUF6334139-148 aa

PF13524Glyco_trans_1_2206-261 aa

PF16994Glyco_trans_4_5227-396 aa

PF19860DUF6334282-356 aa

PF00534Glycos_transf_1421-615 aa

PF20706GT4-conflict481-579 aa

PF13692Glyco_trans_1_4509-600 aa

PF13524Glyco_trans_1_2523-625 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G363910	`PF19860`	DUF6334	139	148	0.14	12.9
TkA03G363910	`PF13524`	Glyco_trans_1_2	206	261	2e-08	35.0
TkA03G363910	`PF16994`	Glyco_trans_4_5	227	396	3.5e-72	242.3
TkA03G363910	`PF19860`	DUF6334	282	356	0.14	12.9
TkA03G363910	`PF00534`	Glycos_transf_1	421	615	4.5e-22	79.1
TkA03G363910	`PF20706`	GT4-conflict	481	579	3.7e-05	23.6
TkA03G363910	`PF13692`	Glyco_trans_1_4	509	600	2e-15	58.0
TkA03G363910	`PF13524`	Glyco_trans_1_2	523	625	2e-08	35.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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