TkA03G363880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G363880

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 89769522-89774018 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1473 bp · TkA03G363880|TK1151|cDNA

TGTCATCAGGTAGATCGAATGTCGACCGACTGGGGGTGGTATTGCGGTTTTGGTATCACCCCCCGTTACCGGAGCAGTTAGTAATTATGCAATTCTCCGTGGACTCATCGACCGGGGAACGCCACTGATTAGTCATTCACTACCGGTTGGAGCACAAATTGTTTGCGAAAACACACTCTTCCCATTTATTGGCGTGCTCTAGGTTTTGATAATTTATTCAGCGTTTGTGCATCATTTAACTGCAGTTTCAAGCAAGTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1125 bp · TkA03G363880|TK1151|CDS

ATGGAAAATTGGAAACTAGGCTTCTCATGTAACTTGAGTTCGTTTAATTTTGTTGATCTTGCAGACATCATTGTGAGTGGTGTTGGGGATGAGTGTGCTATTGCAAGTCACGAAGTTGGTGCAAGTAGGGGTCTTGACATGCCTGATTCTGGAAGTGGTAAGGGCACAGGGCGGAATCTCCCATCATGGATGAGCTCAAGGGACACAGATAAAAAAGCCGAGAGTAACAAATCATCTGATGACGATAAAGGTAAACGACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

374 aa · TkA03G363880|TK1151|PROTEIN

MENWKLGFSCNLSSFNFVDLADIIVSGVGDECAIASHEVGASRGLDMPDSGSGKGTGRNLPSWMSSRDTDKKAESNKSSDDDKGKRQGKPHANQATTSSESSPGANKSSKLLEGVVFVLSGFVNPERSTLRSQALEMGAKYEADWNNNCTLLVCAFPNTPKFRQVEADNGTIISKDWITECYNKKQLIGIEPYLLHAGKPWRHQSSSSSKNKKQTAKNEFSTSEVKKWAIDDMEMTISWLDSQDEKPDPSEIKKIAAEGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G363880`
TK1151 ID	TkA03G363880
OH-1004 ID	LXL04_008510
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G363880

位置 Chr03:89769522-89774018 (-)

描述 Similar to XRCC1: DNA-repair protein XRCC1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80420`	在经历电离辐射和烷基化剂处理后，纠正缺陷的DNA链断裂修复和姐妹染色单体交换（通过相似性）。	The DNA repair protein XRCC1 functions in the plant DNA demethylation pathway by stimulating cytosine methylation (5-meC) excision, gap tailoring, and DNA ligation.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m112.427617

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008510 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0010836 negative regulation of protein ADP-ribosylation 生物过程

GO:0033194 response to hydroperoxide 生物过程

GO:0061819 telomeric DNA-containing double minutes formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80420

cge:100689414

hsa:7515

mmu:22594

rno:84495

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.923

排名 1 · TkA03G363880 · TK1151

细胞质0.141

排名 2 · TkA03G363880 · TK1151

细胞膜0.033

排名 3 · TkA03G363880 · TK1151

线粒体0.020

排名 4 · TkA03G363880 · TK1151

内质网0.019

排名 5 · TkA03G363880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00533BRCT108-182 aa

PF16770RTT107_BRCT_5108-195 aa

PF16589BRCT_2110-193 aa

PF12738PTCB-BRCT116-166 aa

PF16589BRCT_2245-255 aa

PF00533BRCT327-342 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G363880	`PF00533`	BRCT	108	182	5.5e-12	46.4
TkA03G363880	`PF16770`	RTT107_BRCT_5	108	195	0.009	16.6
TkA03G363880	`PF16589`	BRCT_2	110	193	6e-06	27.2
TkA03G363880	`PF12738`	PTCB-BRCT	116	166	1.5e-08	35.2
TkA03G363880	`PF16589`	BRCT_2	245	255	6e-06	27.2
TkA03G363880	`PF00533`	BRCT	327	342	5.5e-12	46.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q24JK4`	拟南芥	sp\|Q24JK4\|XRCC1_ARATH DNA-repair protein XRCC1	48.700%	Swiss-Prot	中等置信

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