TkA03G350340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G350340

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 86260985-86262340 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

404 bp · TkA03G350340|TK1151|cDNA

ACATGGGACTATGTGACTCTTGAGAAAGCCTCAGAATTTAAAGGTGAAATACATTGTGAACAATCAAACAATTCCCTCTATACCTTCACTGGAAATTTGCTACTTCAAAAGCAAACTATACCCATTGGTCCAAATCAAATTCTATTGCGAGGATGCAGTCTACGTAATACAGAGTACATTGTTGGGACTGTAATATTTACTAGAGACGAGACTAAGGTAATGATGAATGCCATGAATGTACCTTCCAAAAGGAGTACACT...

CDS

下载 CDS FASTA

345 bp · TkA03G350340|TK1151|CDS

ACATGGGACTATGTGACTCTTGAGAAAGCCTCAGAATTTAAAGGTGAAATACATTGTGAACAATCAAACAATTCCCTCTATACCTTCACTGGAAATTTGCTACTTCAAAAGCAAACTATACCCATTGGTCCAAATCAAATTCTATTGCGAGGATGCAGTCTACGTAATACAGAGTACATTGTTGGGACTGTAATATTTACTAGAGACGAGACTAAGGTAATGATGAATGCCATGAATGTACCTTCCAAAAGGAGTACACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

114 aa · TkA03G350340|TK1151|PROTEIN

TWDYVTLEKASEFKGEIHCEQSNNSLYTFTGNLLLQKQTIPIGPNQILLRGCSLRNTEYIVGTVIFTRDETKVMMNAMNVPSKRSTLERKLDKVIATLFGVLLYLCLIGAIEDM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G350340`
TK1151 ID	TkA03G350340
OH-1004 ID	LXL04_020980
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.368 / OH-1004 9.106 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G350340

位置 Chr03:86260985-86262340 (-)

描述 Similar to ALA3: Phospholipid-transporting ATPase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g59820`	参与磷脂的运输。	The Arabidopsis P4-ATPase ALA3 localizes to the golgi and requires a beta-subunit to function in lipid translocation and secretory vesicle formation.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.054767 IRREGULAR TRICHOME BRANCH 2 (ITB2) encodes a putative aminophospholipid translocase that regulates trichome branch elongation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03954.x Intracellular targeting signals and lipid specificity determinants of the ALA/ALIS P4-ATPase complex reside in the catalytic ALA alpha-subunit.2010 · DOI: 10.1091/mbc.e09-08-0656 Loss of the Arabidopsis thaliana P₄-ATPase ALA3 reduces adaptability to temperature stresses and impairs vegetative, pollen, and ovule development.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0062577 An Arabidopsis Lipid Flippase Is Required for Timely Recruitment of Defenses to the Host-Pathogen Interface at the Plant Cell Surface.2017 · DOI: 10.1016/j.molp.2017.04.003
`At1g13210`	参与磷脂的运输。	暂无已核实直接文献
`At3g25610`	参与磷脂的运输。	暂无已核实直接文献
`At1g26130`	参与磷脂的运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020980 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程

GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程

GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045332 phospholipid translocation 生物过程

GO:0048194 Golgi vesicle budding 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13210

ath:AT1G59820

ath:AT1G68710

ath:AT3G25610

ath:AT3G27870

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.578

排名 1 · TkA03G350340 · TK1151

高尔基体0.212

排名 2 · TkA03G350340 · TK1151

细胞膜0.187

排名 3 · TkA03G350340 · TK1151

细胞质0.157

排名 4 · TkA03G350340 · TK1151

溶酶体／液泡0.092

排名 5 · TkA03G350340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13314DUF408379-96 aa

PF13314DUF408399-108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G350340	`PF13314`	DUF4083	79	96	0.28	11.9
TkA03G350340	`PF13314`	DUF4083	99	108	0.28	11.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XIE6`	拟南芥	sp\|Q9XIE6\|ALA3_ARATH Phospholipid-transporting ATPase 3	76.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SAF5`	拟南芥	sp\|Q9SAF5\|ALA11_ARATH Probable phospholipid-transporting ATPase 11	49.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LI83`	拟南芥	sp\|Q9LI83\|ALA10_ARATH Phospholipid-transporting ATPase 10	45.000%	Swiss-Prot	中等置信
`P57792`	拟南芥	sp\|P57792\|ALA12_ARATH Probable phospholipid-transporting ATPase 12	46.000%	Swiss-Prot	中等置信

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