TkA03G305740 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G305740

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 75194217-75197247 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2037 bp · TkA03G305740|TK1151|cDNA

CTTTTTCAACGCGAGTTTAGGGCTTTAATCACACCCCAAAAGCCCGGAGCCGCCGTCTTCTTCGTGTCTGTTTACATCAATTTCGCGGTCAGACGTGAACACCTACCTGATAATCTCTCCACCGTCGCAAGGTCTTTGTGTATACTCAGAGGGAATTGATTGGATTAGATCCCAAAGATAAATGTGCTTGGAGTTATGAGATTATACCTTCCATGCTGTGACACCACTTGTATACTCCATCAAAAACAAGATGCCCTATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1482 bp · TkA03G305740|TK1151|CDS

ATGCCCTATAAATACATCTCAAGACTAAGAGGCTCATTTAAGCATGGGATTCACCAAACCAATATAACCCTAGAAACCACCTTTCAAGGCTCATTAGAAGTTCTTGTGGGCCATGGCAAAACATTCTTCGGTAACCCTAGATTCTACTCTGTCCCCTTTCTAGAATCCACTTCATATGCTGCCCAATTGAACCTCCAACCAGCCAGTAAACACAAGAACCTCTCAGTTCTTGGAGCAGTTTCTCGCACATTCTCAACCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

493 aa · TkA03G305740|TK1151|PROTEIN

MPYKYISRLRGSFKHGIHQTNITLETTFQGSLEVLVGHGKTFFGNPRFYSVPFLESTSYAAQLNLQPASKHKNLSVLGAVSRTFSTPSVSGPSFQVCGYHTDNHQETGNHKLVHMALSTSRSLLNGGLGSLHNLTSPHGQNQPMVSVNTSNLSYGFHTCHKISMNSSNKKEPQSFSLYGYLIYHIAKTNTNCNSFLGFDYKSFHISPPTFLNTGTAPDVFPSNTNHLPDSSSNSDKHMLSDRSLKLVSGSCYLPHPEKEA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G305740`
TK1151 ID	TkA03G305740
OH-1004 ID	LXL04_008947
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.594 / OH-1004 97.624 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G305740

位置 Chr03:75194217-75197247 (-)

描述 Similar to At4g16580: Probable protein phosphatase 2C 55

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16580`	可能的蛋白磷酸酶 2C 55。	暂无已核实直接文献
`At5g66720`	可能的蛋白磷酸酶 2C 80。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0370000`	可能的蛋白磷酸酶 2C 71。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q6J2K6`	可能在生物和非生物胁迫反应中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os03g0192500`	可能在生物和非生物胁迫反应中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008947 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G16580

ath:AT4G33500

ath:AT5G66720

dosa:Os03g0192500

dosa:Os10g0370000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.826

排名 1 · TkA03G305740 · TK1151

质体0.112

排名 2 · TkA03G305740 · TK1151

细胞质0.083

排名 3 · TkA03G305740 · TK1151

细胞核0.061

排名 4 · TkA03G305740 · TK1151

细胞膜0.023

排名 5 · TkA03G305740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07228SpoIIE274-453 aa

PF00481PP2C326-364 aa

PF13672PP2C_2326-431 aa

PF00481PP2C405-452 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G305740	`PF07228`	SpoIIE	274	453	0.0058	17.3
TkA03G305740	`PF00481`	PP2C	326	364	0.00055	20.4
TkA03G305740	`PF13672`	PP2C_2	326	431	0.00059	20.2
TkA03G305740	`PF00481`	PP2C	405	452	0.00055	20.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SUK9`	拟南芥	sp\|Q9SUK9\|P2C55_ARATH Probable protein phosphatase 2C 55	57.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LVQ8`	拟南芥	sp\|Q9LVQ8\|P2C80_ARATH Probable protein phosphatase 2C 80	65.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q339D2`	水稻	sp\|Q339D2\|P2C71_ORYSJ Probable protein phosphatase 2C 71	44.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6J2K6`	水稻	sp\|Q6J2K6\|BIP2C_ORYSI Probable protein phosphatase 2C BIPP2C1	44.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q10QL5`	水稻	sp\|Q10QL5\|BIP2C_ORYSJ Probable protein phosphatase 2C BIPP2C1	44.400%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情