RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G163120
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 41377242-41378541 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

765 bp · TkA03G163120|TK1151|cDNA

CTTCCGCTTTCCATTCCAATGTTTCTTCATTTTTCCTACCAAAACAAGTTTCGCAATGCAACCTCCAATTATCTAATTGCCTTCTTTTTTTTTTGAAGAAAGTCTCTCCCAAACTTGTTGATCTCGTTTTTTTGTTATTGGGATTAGAAACAAAAAGGAACAGAAAAGATAAAGGAGAAGAGTATCATCTAGGCAATTAAGATGTTACAAAGGGCGGCTAGCAATGCGTTTTCATGGTGGTGGGCTAGCCATATTCGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

564 bp · TkA03G163120|TK1151|CDS

ATGTTACAAAGGGCGGCTAGCAATGCGTTTTCATGGTGGTGGGCTAGCCATATTCGAACCAAGCAATCAAAATGGCTTGAGCAAAGCCTGATAGATATGGAATACAAGGTTGAAAACGCGCTGAATATTATTCAAAAAGATGGAGATTCATTTGGAAAGAGAGCAGAAATGTACTACCGACACCGACCAGATCTAATATGCTTCGTTGAGGAAACATTTCGGGCATACCGATCATTAGCAGAACGTTATGATAAAATGTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

188 aa · TkA03G163120|TK1151|PROTEIN

MLQRAASNAFSWWWASHIRTKQSKWLEQSLIDMEYKVENALNIIQKDGDSFGKRAEMYYRHRPDLICFVEETFRAYRSLAERYDKMSKDLQKANTTIASIFPDQVSYDDFDDFDSPRSIPRNFPPQNQDPNAAKNIPKVPQLPSKNLKGLISNASKKIQLTKAFKEDHRSRIVPKSGLTEEQALEEID

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G163120
TK1151 IDTkA03G163120
OH-1004 IDLXL04_007384
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 20.259
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G163120
位置Chr03:41377242-41378541 (+)
描述Similar to KIP1: Kinase-interacting protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g10500 植物特异性肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At2g22560 植物特异性肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g58215 植物特异性肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g09720 植物特异性肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007384 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0003779 actin binding 分子功能
GO:0051015 actin filament binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G09720
ath:AT1G58215
ath:AT2G22560
ath:AT5G10500
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.418
排名 1 · TkA03G163120 · TK1151
细胞核0.346
排名 2 · TkA03G163120 · TK1151
细胞膜0.129
排名 3 · TkA03G163120 · TK1151
线粒体0.108
排名 4 · TkA03G163120 · TK1151
内质网0.077
排名 5 · TkA03G163120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28649SKIP24_C4-39 aa
PF14154DUF43067-47 aa
PF07765KIP111-84 aa
PF08930DUF191223-79 aa
PF16523betaPIX_CC26-69 aa
PF19320GlfT2_domain359-99 aa
PF27044HAUS3_CC71-104 aa
PF28649SKIP24_C76-91 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G163120PF28649SKIP24_C4390.1113.1
TkA03G163120PF14154DUF43067470.4511.2
TkA03G163120PF07765KIP111844.5e-34117.1
TkA03G163120PF08930DUF191223790.07813.7
TkA03G163120PF16523betaPIX_CC26690.3211.6
TkA03G163120PF19320GlfT2_domain359990.8210.0
TkA03G163120PF27044HAUS3_CC711040.113.5
TkA03G163120PF28649SKIP24_C76910.1113.1
TkA03G163120PF19320GlfT2_domain31211590.8210.0
TkA03G163120PF07765KIP11581614.5e-34117.1
TkA03G163120PF16523betaPIX_CC1591710.3211.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LPQ1拟南芥sp|Q8LPQ1|NET2C_ARATH Protein NETWORKED 2C56.800%Swiss-Prot高置信
F4IJK1拟南芥sp|F4IJK1|NET2D_ARATH Protein NETWORKED 2D56.000%Swiss-Prot高置信
P0DMS1拟南芥sp|P0DMS1|NET2A_ARATH Protein NETWORKED 2A51.000%Swiss-Prot高置信
F4I131拟南芥sp|F4I131|NET2B_ARATH Protein NETWORKED 2B52.100%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看