TkA03G117810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G117810

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 30114751-30115717 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

456 bp · TkA03G117810|TK1151|cDNA

ATGGAACATATTCTTTCTAAGCAACAAGGAAGCAGCCTTGAATCACAGGATAGCAGCATACAAGGAGCTAGCAAAGATTTAAAGTGCACACCTTTTCGAACATGTAAGGAGCTTTTACAGACAGTGGACAGGCTTGTTGAAGAGAATAATACCGAGGAGATGTCTGTGGCTGTGACTGATATGACACAACTTGAAAAAGAACTTCATGATGCTCTTATGCAAACACGGTCAATAAAGACCGAGTTGATGACCAAGTACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

456 bp · TkA03G117810|TK1151|CDS

ATGGAACATATTCTTTCTAAGCAACAAGGAAGCAGCCTTGAATCACAGGATAGCAGCATACAAGGAGCTAGCAAAGATTTAAAGTGCACACCTTTTCGAACATGTAAGGAGCTTTTACAGACAGTGGACAGGCTTGTTGAAGAGAATAATACCGAGGAGATGTCTGTGGCTGTGACTGATATGACACAACTTGAAAAAGAACTTCATGATGCTCTTATGCAAACACGGTCAATAAAGACCGAGTTGATGACCAAGTACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

151 aa · TkA03G117810|TK1151|PROTEIN

MEHILSKQQGSSLESQDSSIQGASKDLKCTPFRTCKELLQTVDRLVEENNTEEMSVAVTDMTQLEKELHDALMQTRSIKTELMTKYLSTLQAEERKLSEEKEELKQQLQVATTKKKEDGDDGGGDLDDSATNHNHKHPTNQQLFTLPLFKD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G117810`
TK1151 ID	TkA03G117810
OH-1004 ID	LXL04_007133
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	71.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 73.333 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G117810`
位置	Chr03:30114751-30115717 (+)
描述	Similar to AGL31: Agamous-like MADS-box protein AGL31
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_007133` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程 GO:0009908 flower development 生物过程 GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程 GO:0010048 vernalization response 生物过程 GO:0010221 negative regulation of vernalization response 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程 GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0048440 carpel development 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G10140 ath:AT5G65050 ath:AT5G65060 vvi:100232867 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.908

排名 1 · TkA03G117810 · TK1151

细胞质0.196

排名 2 · TkA03G117810 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA03G117810 · TK1151

线粒体0.019

排名 4 · TkA03G117810 · TK1151

内质网0.016

排名 5 · TkA03G117810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23280TPR_265-21 aa

PF27044HAUS3_CC27-62 aa

PF02589LUD_dom33-108 aa

PF06156YabA33-51 aa

PF04108ATG17_like34-110 aa

PF23280TPR_2634-109 aa

PF13874Nup5436-112 aa

PF23921DUF726043-109 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G117810	`PF23280`	TPR_26	5	21	0.028	15.2
TkA03G117810	`PF27044`	HAUS3_CC	27	62	0.021	15.7
TkA03G117810	`PF02589`	LUD_dom	33	108	0.072	13.5
TkA03G117810	`PF06156`	YabA	33	51	1.5	10.1
TkA03G117810	`PF04108`	ATG17_like	34	110	0.0046	17.2
TkA03G117810	`PF23280`	TPR_26	34	109	0.028	15.2
TkA03G117810	`PF13874`	Nup54	36	112	4.4	8.0
TkA03G117810	`PF23921`	DUF7260	43	109	0.011	15.9
TkA03G117810	`PF11740`	KfrA_N	44	116	0.2	13.1
TkA03G117810	`PF28006`	HpsJ	45	115	6.3	7.1
TkA03G117810	`PF27575`	Map3k7cl	47	70	3.7	8.6
TkA03G117810	`PF01486`	K-box	55	108	3.9e-07	30.8
TkA03G117810	`PF07217`	Het-C	57	151	0.23	10.7
TkA03G117810	`PF06156`	YabA	59	118	1.5	10.1
TkA03G117810	`PF27575`	Map3k7cl	60	115	3.7	8.6
TkA03G117810	`PF27044`	HAUS3_CC	68	116	0.021	15.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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