TkA03G101380 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G101380

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 25628258-25632226 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2022 bp · TkA03G101380|TK1151|cDNA

AAACAAAGGAGCACCAGAAAAATTCCGTCAATTATCTCCGACCACCAAAATCTTACCCAAACCCGACAAAATTCAATCCGCACCAAAACAAATTGTGTGCGCGGGAGACTCGGATTCCACTCTGCGTTATCTCTTCTAGAGAGAGAGAGAAAGTTAGAGAGAGAGTGAGAAGGAGTAACAATGGCCATGGCGTTGGCTCTTCGCAGGCTCTCGTCTTCTGCTGACAAGCCGTTGCAGCGTCTCTTCAATGGCGGCCATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1059 bp · TkA03G101380|TK1151|CDS

ATGACAGAATCATGGCCCTTGATCTTCCTCATGGTGGCCATCTGTCACACGGTTACCAGACCGATACAAAGAAGATATCCGCGGTGTCTATTTTTTGAGACCATGCCTTACAGATTAAATGAGAGCACCGGATACATTGATTATGACCAGTTGGAGAAAAGTGCGACACTTTTCAGGCCAAAGTTAATAGTTGCGGGTGCGAGTGCATATGCGCGATTGTATGACTATGATCGCATTCGCAAAGTTTGTGACAAGCAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

352 aa · TkA03G101380|TK1151|PROTEIN

MTESWPLIFLMVAICHTVTRPIQRRYPRCLFFETMPYRLNESTGYIDYDQLEKSATLFRPKLIVAGASAYARLYDYDRIRKVCDKQKAILLADMAHISGLVAAGVIPSPFDYADVVTTTTHKSLRGPRGAMIFFRKGLKEVNKQGKEVFYDYEDKINQAVFPGLQGGPHNHTITGLAVALKQATTAEYKAYQEQVMTNCAKFAQTLMESGYELVSGGTDNHLVLVNLKPKGIDGSRVEKVLEAVHIAANKNTVPGDVSAM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G101380`
TK1151 ID	TkA03G101380
OH-1004 ID	LXL04_006958
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.761 / OH-1004 62.476 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G101380

位置 Chr03:25628258-25632226 (-)

描述 Similar to Serine hydroxymethyltransferase 1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g37930`	在光呼吸途径中催化丝氨酸和甘氨酸的相互转化。	Arabidopsis SHMT1, a serine hydroxymethyltransferase that functions in the photorespiratory pathway influences resistance to biotic and abiotic stress.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02311.x The photorespiratory Arabidopsis shm1 mutant is deficient in SHM1.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.071399 The presequence of Arabidopsis serine hydroxymethyltransferase SHM2 selectively prevents import into mesophyll mitochondria.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.184564 Ubiquitin-specific protease16 modulates salt tolerance in Arabidopsis by regulating Na(+)/H(+) antiport activity and serine hydroxymethyltransferase stability.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.106393

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006544 glycine metabolic process 生物过程

GO:0006563 L-serine metabolic process 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0019264 glycine biosynthetic process from L-serine 生物过程

GO:0035999 tetrahydrofolate interconversion 生物过程

GO:0046653 tetrahydrofolate metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G37930

sot:102591486

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.361

排名 1 · TkA03G101380 · TK1151

线粒体0.315

排名 2 · TkA03G101380 · TK1151

细胞质0.279

排名 3 · TkA03G101380 · TK1151

细胞核0.098

排名 4 · TkA03G101380 · TK1151

细胞膜0.061

排名 5 · TkA03G101380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00464SHMT28-288 aa

PF30796DUF874562-133 aa

PF00155Aminotran_1_269-272 aa

PF01212Beta_elim_lyase77-159 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G101380	`PF00464`	SHMT	28	288	4.4e-135	451.1
TkA03G101380	`PF30796`	DUF8745	62	133	0.01	16.5
TkA03G101380	`PF00155`	Aminotran_1_2	69	272	0.026	14.4
TkA03G101380	`PF01212`	Beta_elim_lyase	77	159	0.16	11.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZJ5`	拟南芥	sp\|Q9SZJ5\|GLYM1_ARATH Serine hydroxymethyltransferase 1, mitochondrial	89.200%	Swiss-Prot	高置信

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