TkA03G069250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G069250

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 17872946-17875672 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2120 bp · TkA03G069250|TK1151|cDNA

AAAGAATAGAAATGAAATAGGGTGTCAAACTTCTAAAAAGAAGAAGTTCCTCATCATTATCATGTCCGAAAGATGTAAAATTGGAATCCCCTCTTCATCTAGAACGAAAATGACCCCAACAATGGCGTCTCTCTCCTCCTACAAAATTCAAAGTCCCAAGTAGATTGATCCGTAGATTCAAAGCATTCTTCTTGATTGTAACAGCTCACTTTCAAGTTAGTTCAACCCAACGCCATCATCTCTTCCACTCCTCAACCGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1536 bp · TkA03G069250|TK1151|CDS

ATGAAGCTGCAAGCGTTGCAGCAGAGCTATGCCAATCGGGGCCGGAGCAACAGTTTCAGAGGCTCATCGCCGTTAGATTCGTCTGTAGATGGGGGCGGTTCCATTAAATCGCCGGCGGGTATATTTTGGTCGATCCTTCATTGTTTATGCTGTCTGATTAGTCTCGTTCTTGGATTTAGATTCTCTCGTCTCGTCTTCTTCCTCCTCTTCTCAACTTCTTCCGTTAACAACCTCTACACCACAAGCGCCAACGATATAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

511 aa · TkA03G069250|TK1151|PROTEIN

MKLQALQQSYANRGRSNSFRGSSPLDSSVDGGGSIKSPAGIFWSILHCLCCLISLVLGFRFSRLVFFLLFSTSSVNNLYTTSANDIAETLSFTTSLRSFSPLVANTTSAVATSSRVVVGRHGIRIRPWPHPDPEEVMKAHKLIEAVQREQKVQYGIKNPKTLIAITPTYVRTFQALHLTGLMHTLMNLPYDVVWIVVEAGGATNETSALLAKSKLQIKHIGFPMKMPIFWEARHKMESQMRLQALRVVREEQLDGIVMFA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G069250`
TK1151 ID	TkA03G069250
OH-1004 ID	LXL04_006780
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G069250

位置 Chr03:17872946-17875672 (+)

描述 Similar to IRX14: Beta-1,4-xylosyltransferase IRX14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36890`	参与半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖的合成，半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖是次生细胞壁的主要成分。	Comparison of five xylan synthesis mutants reveals new insight into the mechanisms of xylan synthesis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03307.x The Arabidopsis family GT43 glycosyltransferases form two functionally nonredundant groups essential for the elongation of glucuronoxylan backbone.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.155309 Analysis of the Arabidopsis IRX9/IRX9-L and IRX14/IRX14-L pairs of glycosyltransferase genes reveals critical contributions to biosynthesis of the hemicellulose glucuronoxylan.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.154971 IRX14 and IRX14-LIKE, two glycosyl transferases involved in glucuronoxylan biosynthesis and drought tolerance in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1093/mp/ssq028 Arabidopsis family GT43 members are xylan xylosyltransferases required for the elongation of the xylan backbone.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcr158 Site-directed mutagenesis of IRX9, IRX9L and IRX14 proteins involved in xylan biosynthesis: glycosyltransferase activity is not required for IRX9 function in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0105014 Highly Branched Xylan Made by IRREGULAR XYLEM14 and MUCILAGE-RELATED21 Links Mucilage to Arabidopsis Seeds.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.01441 Xylan synthesized by Irregular Xylem 14 (IRX14) maintains the structure of seed coat mucilage in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erv510
`At5g67230`	参与半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖的合成，半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖是次生细胞壁的主要成分。	暂无已核实直接文献
`At1g27600`	参与半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖的合成，半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖是次生细胞壁的主要成分。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0687900`	可能参与细胞壁木聚糖生物合成的 β-1,4-木糖基转移酶。	Three Novel Rice Genes Closely Related to the Arabidopsis IRX9, IRX9L, and IRX14 Genes and Their Roles in Xylan Biosynthesis.2013 · DOI: 10.3389/fpls.2013.00083 Functional roles of rice glycosyltransferase family GT43 in xylan biosynthesis.2014 · DOI: 10.4161/psb.27809
`Os04g0650300`	参与次生细胞壁中葡萄糖醛木聚糖半纤维素的合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006780 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0010246 rhamnogalacturonan I biosynthetic process 生物过程

GO:0010417 glucuronoxylan biosynthetic process 生物过程

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0045491 xylan metabolic process 生物过程

GO:0045492 xylan biosynthetic process 生物过程

GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程

GO:0048358 mucilage pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27600

ath:AT4G36890

ath:AT5G67230

dosa:Os04g0650300

dosa:Os06g0687900

osa:4337225

osa:4341895

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.846

排名 1 · TkA03G069250 · TK1151

内质网0.071

排名 2 · TkA03G069250 · TK1151

细胞膜0.058

排名 3 · TkA03G069250 · TK1151

细胞外0.043

排名 4 · TkA03G069250 · TK1151

细胞质0.042

排名 5 · TkA03G069250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05467Herpes_U4759-140 aa

PF21571ArgZ-like_C_1st106-132 aa

PF03360Glyco_transf_43181-425 aa

PF13552DUF4127222-282 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G069250	`PF05467`	Herpes_U47	59	140	0.049	12.5
TkA03G069250	`PF21571`	ArgZ-like_C_1st	106	132	0.15	12.8
TkA03G069250	`PF03360`	Glyco_transf_43	181	425	3.8e-48	164.7
TkA03G069250	`PF13552`	DUF4127	222	282	0.048	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L707`	拟南芥	sp\|Q8L707\|IRX14_ARATH Beta-1,4-xylosyltransferase IRX14	64.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FH90`	拟南芥	sp\|Q9FH90\|IX14H_ARATH Probable beta-1,4-xylosyltransferase IRX14H	61.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SXC4`	拟南芥	sp\|Q9SXC4\|IRX9H_ARATH Probable beta-1,4-xylosyltransferase IRX9H	30.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q653F4`	水稻	sp\|Q653F4\|IRX14_ORYSJ Probable beta-1,4-xylosyltransferase IRX14	52.900%	Swiss-Prot	高置信
`B9FCV3`	水稻	sp\|B9FCV3\|GT43_ORYSJ Probable glucuronosyltransferase Os04g0650300	33.600%	Swiss-Prot	中等置信

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