LXL04_006780 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006780

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 25091699-25093848 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1536 bp · LXL04_006780|LXL04_006780|OH1004|cDNA

ATGAAGCTGCAGGCGTTGCAGCAGAGCTATGCCAATCGGGGCCGGAGCAACAGTTTCAGAGGCTCATCGCCGTTAGATTCGTCTGTAGATGGGGGCGGTTCCATTAAATCGCCGGCGGGTATATTTTGGTCGATCCTTCATTGTTTATGCTGTCTGATTAGTCTCGTTCTTGGATTTAGATTCTCTCGTCTCgtcttcttcctcctcttctCAACTTCTTCCGTTAACAACCTCTACACCACAAGCGCCAACGATATAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1536 bp · LXL04_006780|LXL04_006780|OH1004|CDS

ATGAAGCTGCAGGCGTTGCAGCAGAGCTATGCCAATCGGGGCCGGAGCAACAGTTTCAGAGGCTCATCGCCGTTAGATTCGTCTGTAGATGGGGGCGGTTCCATTAAATCGCCGGCGGGTATATTTTGGTCGATCCTTCATTGTTTATGCTGTCTGATTAGTCTCGTTCTTGGATTTAGATTCTCTCGTCTCGTCTTCTTCCTCCTCTTCTCAACTTCTTCCGTTAACAACCTCTACACCACAAGCGCCAACGATATAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

511 aa · LXL04_006780|LXL04_006780|OH1004|PROTEIN

MKLQALQQSYANRGRSNSFRGSSPLDSSVDGGGSIKSPAGIFWSILHCLCCLISLVLGFRFSRLVFFLLFSTSSVNNLYTTSANDIAETLSFTTSLRSFSPLVANTTSAVATSSRVVVGRHGIRIRPWPHPDPEEVMKAHKLIEAVQREQKVQYGIKNPKTLIAITPTYVRTFQALHLTGLMHTLMNLPYDVVWIVVEAGGATNETSALLAKSKLQIKHIGFPKKMPIFWEARHKMESQMRLQALRVVREEQLDGIVMFA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006780`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006780

位置 Chr02:25091699-25093848 (-)

描述 Similar to IRX14: Beta-1,4-xylosyltransferase IRX14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36890`	参与半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖的合成，半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖是次生细胞壁的主要成分。	Comparison of five xylan synthesis mutants reveals new insight into the mechanisms of xylan synthesis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03307.x The Arabidopsis family GT43 glycosyltransferases form two functionally nonredundant groups essential for the elongation of glucuronoxylan backbone.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.155309 Analysis of the Arabidopsis IRX9/IRX9-L and IRX14/IRX14-L pairs of glycosyltransferase genes reveals critical contributions to biosynthesis of the hemicellulose glucuronoxylan.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.154971 IRX14 and IRX14-LIKE, two glycosyl transferases involved in glucuronoxylan biosynthesis and drought tolerance in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1093/mp/ssq028 Arabidopsis family GT43 members are xylan xylosyltransferases required for the elongation of the xylan backbone.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcr158 Site-directed mutagenesis of IRX9, IRX9L and IRX14 proteins involved in xylan biosynthesis: glycosyltransferase activity is not required for IRX9 function in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0105014 Highly Branched Xylan Made by IRREGULAR XYLEM14 and MUCILAGE-RELATED21 Links Mucilage to Arabidopsis Seeds.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.01441 Xylan synthesized by Irregular Xylem 14 (IRX14) maintains the structure of seed coat mucilage in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erv510
`At5g67230`	参与半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖的合成，半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖是次生细胞壁的主要成分。	暂无已核实直接文献
`At1g27600`	参与半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖的合成，半纤维素葡萄糖醛酸木聚糖是次生细胞壁的主要成分。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0687900`	可能参与细胞壁木聚糖生物合成的 β-1,4-木糖基转移酶。	Three Novel Rice Genes Closely Related to the Arabidopsis IRX9, IRX9L, and IRX14 Genes and Their Roles in Xylan Biosynthesis.2013 · DOI: 10.3389/fpls.2013.00083 Functional roles of rice glycosyltransferase family GT43 in xylan biosynthesis.2014 · DOI: 10.4161/psb.27809
`Os04g0650300`	参与次生细胞壁中葡萄糖醛木聚糖半纤维素的合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006780 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0010246 rhamnogalacturonan I biosynthetic process 生物过程

GO:0010417 glucuronoxylan biosynthetic process 生物过程

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0045491 xylan metabolic process 生物过程

GO:0045492 xylan biosynthetic process 生物过程

GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程

GO:0048358 mucilage pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27600

ath:AT4G36890

ath:AT5G67230

dosa:Os04g0650300

dosa:Os06g0687900

osa:4337225

osa:4341895

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.846

排名 1 · LXL04_006780 · OH-1004

内质网0.070

排名 2 · LXL04_006780 · OH-1004

细胞膜0.058

排名 3 · LXL04_006780 · OH-1004

细胞外0.043

排名 4 · LXL04_006780 · OH-1004

细胞质0.042

排名 5 · LXL04_006780 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03360.22Glyco_transf_43181-425 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006780	`PF03360.22`	Glyco_transf_43	181	425	3.5e-48	164.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L707`	拟南芥	Beta-1,4-xylosyltransferase IRX14	64.333%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FH90`	拟南芥	Probable beta-1,4-xylosyltransferase IRX14H	58.130%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SXC4`	拟南芥	Probable beta-1,4-xylosyltransferase IRX9H	30.272%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q653F4`	水稻	Probable beta-1,4-xylosyltransferase IRX14	52.183%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9FCV3`	水稻	Probable glucuronosyltransferase Os04g0650300	34.081%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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