TkA03G060000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G060000

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 15423167-15427604 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1781 bp · TkA03G060000|TK1151|cDNA

ATGAAGCACGTAGGATACGAACCCGCAGGAAAGCGCGTGGACGGGACCGGCTGCGTCGTACTCTTTCCTTTTTGATCCCTCAAGGATCCAAAGACCAATCCGCCCTTTGTTACAAGTGATAGATTGGTGGCGTAAACCACGGCGGACGGTGGTGGCGCCGTTGATCTCAACGAGCTTGTAAGAATCGGTGGATTTACTTAGCCTGATTACACACAAATATACAAAGAGATTGACGAGGTTTACGTTTCAAAGAACCAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1137 bp · TkA03G060000|TK1151|CDS

ATGGGAAGCAGCTACGACGAAAGCCCAATGGTTGTCAAACAGGATGAACCAGTGCCTCCTCCGTTACCAGCTCCATCATCGACGACAACCGTACTGACACGACGGCCGGCGTGTAGACGGAGAATCTGCTGTGTCACCGCGGCCACGACGGAGATATGGGATAGTTTATTCGATGATGCTTATAGAGCAGATGTTTCGATTCATACAACTAGTAACGACGTCATCTACGCACATTCTAGCATCCTCGGACTGGCGTCGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

378 aa · TkA03G060000|TK1151|PROTEIN

MGSSYDESPMVVKQDEPVPPPLPAPSSTTTVLTRRPACRRRICCVTAATTEIWDSLFDDAYRADVSIHTTSNDVIYAHSSILGLASPVFRTMFKRMGKNKKQFKQFAVPIRGVPTEAVRVFVRFLYSSCYEENQMEEHILSLLVLSHSFVVPRLKRECESQLEHKFLNVDNAVDVFQLALLCDAPRLSIICHRLIIKNLKAVSLSDGWKAMKESHPVLEKELLATVADESNREKEKEKKKKERKVYSDLYEAMEALVHIC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G060000`
TK1151 ID	TkA03G060000
OH-1004 ID	LXL04_006712
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G060000

位置 Chr03:15423167-15427604 (+)

描述 Similar to BT4: BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67480`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At4g37610`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At1g05690`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At5g63160`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At1g16710`	乙酰转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006712 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05690

ath:AT3G48360

ath:AT4G37610

ath:AT5G63160

ath:AT5G67480

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.522

排名 1 · TkA03G060000 · TK1151

细胞质0.424

排名 2 · TkA03G060000 · TK1151

细胞膜0.096

排名 3 · TkA03G060000 · TK1151

内质网0.042

排名 4 · TkA03G060000 · TK1151

溶酶体／液泡0.028

排名 5 · TkA03G060000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02135zf-TAZ37-43 aa

PF00651BTB62-165 aa

PF24570BACK_BPM_SPOP149-158 aa

PF00651BTB170-198 aa

PF24570BACK_BPM_SPOP177-223 aa

PF26143ATRX_C177-256 aa

PF02135zf-TAZ251-335 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G060000	`PF02135`	zf-TAZ	37	43	2.1e-11	44.8
TkA03G060000	`PF00651`	BTB	62	165	2.5e-13	50.9
TkA03G060000	`PF24570`	BACK_BPM_SPOP	149	158	0.0046	17.8
TkA03G060000	`PF00651`	BTB	170	198	2.5e-13	50.9
TkA03G060000	`PF24570`	BACK_BPM_SPOP	177	223	0.0046	17.8
TkA03G060000	`PF26143`	ATRX_C	177	256	0.005	18.0
TkA03G060000	`PF02135`	zf-TAZ	251	335	2.1e-11	44.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJX5`	拟南芥	sp\|Q9FJX5\|BT4_ARATH BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 4	55.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q6EJ98`	拟南芥	sp\|Q6EJ98\|BT5_ARATH BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 5	57.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SYL0`	拟南芥	sp\|Q9SYL0\|BT3_ARATH BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 3	45.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FMK7`	拟南芥	sp\|Q9FMK7\|BT1_ARATH BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 1	42.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FWQ5`	拟南芥	sp\|Q9FWQ5\|HAC12_ARATH Histone acetyltransferase HAC12	42.400%	Swiss-Prot	低置信

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