TkA03G037180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G037180

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 9822545-9824850 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2208 bp · TkA03G037180|TK1151|cDNA

ACCCTAGAAAACGTATCTGACCTCAAACCCCTTTTTCCATCAGCCGAAAACCTCTCGTGCATCCTAGAATTCCAAACCAGCAATGAGAAATCAATGGCGTCTCCTCCTTCAACGATGCAAACCAGTTTCCGAGCTTCAATTCGAGTTTCCCACGATTATTCACATCGTCATCTGAACTCGCTGTTGAACAAAATAAAGCCACGGATCAATCCGCCATTACATCAACCTTGATCGAGCTATATTCGGATCCAATCAAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

942 bp · TkA03G037180|TK1151|CDS

ATGCTCGAATTGAGGTCCAAACCCGACCTTACTAGCACTGGTGATGTTATCAAGCTTTTTGAAAACCGCGGATCGGAACCTAAAGCTGCTAAGGCATTCTACGATTGGGTTATGTCAAAGGAAAGCGATAATTTGAGCTCGAATTCATGCAATCGGTTGTTAGGTATGCTGGGAGCAAACGGATTAGTGAAGGAGTTTTGGGATTCGGTTGATTTCATGAAGAAGAAAGGGTATGGAGTGAAGAAAGGTGCGTCTGTTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

313 aa · TkA03G037180|TK1151|PROTEIN

MLELRSKPDLTSTGDVIKLFENRGSEPKAAKAFYDWVMSKESDNLSSNSCNRLLGMLGANGLVKEFWDSVDFMKKKGYGVKKGASVRAMAKFEEEGLKDEVQKLKDLFALGSIDASIEKLSSKVSKIIQQTPWGDDVETKLQELGAVYSPDLVKMVLENLGSDPNKAVIFFRWIQESGLYKHDETTYNAIAKELAREDYIDKFWRVIDEMRTSGYDMNKSTYIQILNKFVRKKMLKDAVDLYEFSMNGNIKPSIQDCTFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G037180`
TK1151 ID	TkA03G037180
OH-1004 ID	LXL04_006443
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.054 / OH-1004 44.255 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G037180

位置 Chr03:9822545-9824850 (+)

描述 Similar to At3g02490: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02490, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02490`	含五肽重复序列的蛋白At3g02490，线粒体的。	暂无已核实直接文献
`At5g15980`	小核糖体亚基蛋白 mS81（rPPR8）。	暂无已核实直接文献
`At3g48250`	含五肽重复的叶绿体蛋白 At3g48250。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0042793 plastid transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74850

ath:AT3G02490

ath:AT3G06920

ath:AT3G48250

ath:AT5G15980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.733

排名 1 · TkA03G037180 · TK1151

质体0.183

排名 2 · TkA03G037180 · TK1151

细胞核0.064

排名 3 · TkA03G037180 · TK1151

细胞质0.042

排名 4 · TkA03G037180 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkA03G037180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02919Topoisom_I_N19-30 aa

PF23276TPR_2438-80 aa

PF02919Topoisom_I_N44-121 aa

PF13812PPR_348-76 aa

PF13041PPR_249-77 aa

PF01535PPR49-77 aa

PF04358DsrC62-110 aa

PF14848HU-DNA_bdg66-95 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G037180	`PF02919`	Topoisom_I_N	19	30	0.12	12.6
TkA03G037180	`PF23276`	TPR_24	38	80	0.00014	22.5
TkA03G037180	`PF02919`	Topoisom_I_N	44	121	0.12	12.6
TkA03G037180	`PF13812`	PPR_3	48	76	0.0057	17.4
TkA03G037180	`PF13041`	PPR_2	49	77	1e-09	39.1
TkA03G037180	`PF01535`	PPR	49	77	2.5e-05	24.9
TkA03G037180	`PF04358`	DsrC	62	110	0.0028	18.8
TkA03G037180	`PF14848`	HU-DNA_bdg	66	95	0.06	14.0
TkA03G037180	`PF13041`	PPR_2	163	196	1e-09	39.1
TkA03G037180	`PF23276`	TPR_24	163	243	0.00014	22.5
TkA03G037180	`PF29070`	MSC6_N	181	300	2.2e-05	24.4
TkA03G037180	`PF17177`	PPR_long	181	266	0.0072	16.4
TkA03G037180	`PF13041`	PPR_2	183	230	1e-09	39.1
TkA03G037180	`PF04358`	DsrC	183	239	0.0028	18.8
TkA03G037180	`PF01535`	PPR	186	214	2.5e-05	24.9
TkA03G037180	`PF13812`	PPR_3	186	190	0.0057	17.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M891`	拟南芥	sp\|Q9M891\|PP208_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02490, mitochondrial	44.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8LPF1`	拟南芥	sp\|Q8LPF1\|PP387_ARATH Small ribosomal subunit protein mS81 (rPPR8)	41.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9STK5`	拟南芥	sp\|Q9STK5\|PP269_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g48250, chloroplastic	32.600%	Swiss-Prot	中等置信

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