TkA03G031000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G031000

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 8331568-8333829 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1729 bp · TkA03G031000|TK1151|cDNA

ATTATATATTCGCTTTTCCGCCAAGGGCTTTGAAGCACAGGTGAAAAACTTGAAAGCATCGCGCTATTCACTTCTCTAAATAATTCGAAGGTTTTCATTTCCATTTTCCCTCCATCAATGGCCGACGAAGCTCCGACTTCACAAGATCTTGCACCGAACGGCAATCAAACACCCGCGTCTGTTAATGCCACCATCGACTCTACAGGTCAGGGTGGCACCGGCACCACAGCCTCTTCGTGCAACAACAATAATGTCGCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

747 bp · TkA03G031000|TK1151|CDS

ATGTGTGAGATCATATTACAATACGGATGTGCACTTCTGTACAAGGCTCAAGAGGAATCCGACCCATTAGTTTCAGGTACTGTATCCCAAGAAGGGAAGCCACTTCAACCAAGAGACCACACTGAAATCGGATCCTCCAAAGCTGCTGAAAGTGGCGAAACTTCTGCTTCAAGCAACACCAAAGAAACCACTTCAAATATTCAACAAGTATCCGAAGATCAAGACGAAGACAACGAAGAAAGTGATGGTGATGACGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

248 aa · TkA03G031000|TK1151|PROTEIN

MCEIILQYGCALLYKAQEESDPLVSGTVSQEGKPLQPRDHTEIGSSKAAESGETSASSNTKETTSNIQQVSEDQDEDNEESDGDDEEDESDLDLAWKMLDLQGQFRKNKPGDTMEKVDILSALAEVALEREDVETSLSDYLKALSMLERLAEPDSRHIAELNFRICLCLEIGSKGEAIPYCKKAIAVCKSRLERLKSECGESGSKGVLGRQASNASQTNESVGEKEKEIEILRVFLVNLKRSLKIWSK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G031000`
TK1151 ID	TkA03G031000
OH-1004 ID	LXL04_006370
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	85.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.565 / OH-1004 51.535 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G031000`
位置	Chr03:8331568-8333829 (-)
描述	Similar to sim3: NASP-related protein sim3 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_006370` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程 GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程 GO:0015031 protein transport 生物过程 GO:0033574 response to testosterone 生物过程 GO:0034080 CENP-A containing chromatin assembly 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分 GO:0042393 histone binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:512427 hsa:4678 spo:2540895 xla:397901 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.769

排名 1 · TkA03G031000 · TK1151

细胞质0.359

排名 2 · TkA03G031000 · TK1151

线粒体0.041

排名 3 · TkA03G031000 · TK1151

细胞膜0.027

排名 4 · TkA03G031000 · TK1151

内质网0.020

排名 5 · TkA03G031000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00515TPR_18-19 aa

PF28667PTAC1253-113 aa

PF06524NOA3653-91 aa

PF00558Vpu61-89 aa

PF21127ATG1-like_MIT269-88 aa

PF14703PHM7_cyt101-199 aa

PF10516SHNi-TPR118-153 aa

PF00515TPR_1118-145 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G031000	`PF00515`	TPR_1	8	19	0.018	15.5
TkA03G031000	`PF28667`	PTAC12	53	113	0.24	11.0
TkA03G031000	`PF06524`	NOA36	53	91	1.8	8.5
TkA03G031000	`PF00558`	Vpu	61	89	0.92	10.0
TkA03G031000	`PF21127`	ATG1-like_MIT2	69	88	0.022	15.7
TkA03G031000	`PF14703`	PHM7_cyt	101	199	0.032	15.2
TkA03G031000	`PF10516`	SHNi-TPR	118	153	0.0047	17.1
TkA03G031000	`PF00515`	TPR_1	118	145	0.018	15.5
TkA03G031000	`PF07719`	TPR_2	118	145	0.12	13.3
TkA03G031000	`PF13424`	TPR_12	119	189	0.00051	20.9
TkA03G031000	`PF13374`	TPR_10	119	155	0.0055	17.4
TkA03G031000	`PF13181`	TPR_8	119	146	0.23	12.5
TkA03G031000	`PF10952`	DUF2753	123	160	0.2	12.5
TkA03G031000	`PF21127`	ATG1-like_MIT2	127	197	0.022	15.7
TkA03G031000	`PF13181`	TPR_8	167	186	0.23	12.5
TkA03G031000	`PF00515`	TPR_1	169	187	0.018	15.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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