RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G010320
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 2569330-2583415 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2022 bp · TkA03G010320|TK1151|cDNA

ATGGATTCGTACTCGCTTAAGTGTGTCTCAGATCTACCTGATCCTTTCCGTGCAACTTTTAGTTTCAGGTATTTCAACTCGCTGCAGAGTGAATGCTTTTCAGCTTGTTTCCACTCCGACATCAACATGGTTATCTCAGCACCAACCGGCAGTGGGAAGACAGTGCTTTTTGAATTATCCATATTGCGGCTTCTATCTAAGTTCATCTCCCATGAAGGAAGATTTAATCATACGAAGGGAACTCTGAAAACAATATATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3444 bp · TkA03G010320|TK1151|CDS

ATGGATTCGTACTCGCTTAAGTGTGTCTCAGATCTACCTGATCCTTTCCGTGCAACTTTTAGTTTCAGGTATTTCAACTCGCTGCAGAGTGAATGCTTTTCAGCTTGTTTCCACTCCGACATCAACATGGTTATCTCAGCACCAACCGGCAGTGGGAAGACAGTGCTTTTTGAATTATCCATATTGCGGCTTCTATCTAAGTTCATCTCCCATGAAGGAAGATTTAATCATACGAAGGGAACTCTGAAAACAATATATAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1147 aa · TkA03G010320|TK1151|PROTEIN

MDSYSLKCVSDLPDPFRATFSFRYFNSLQSECFSACFHSDINMVISAPTGSGKTVLFELSILRLLSKFISHEGRFNHTKGTLKTIYISPSKALVQEKLRSWNQKLGSWGINCLELTGDNESYSIKNIQDADIVLTTPEKFDAVTRFGIKDGGLSFFSDISLVLIDEVHLLNDPRGAALEAIVSRIKMIGRSPQMEKTPLAHVRFLAVSATIPNIDDLAEWLMVPVQGIKRFGEEMRPVKLTTKVFGYTPAKNDFLFEKRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G010320
TK1151 IDTkA03G010320
OH-1004 IDLXL04_006114
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)92.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G010320
位置Chr03:2569330-2583415 (+)
描述Similar to MER3: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH17
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g27730 DNA 解旋酶是减数分裂期间交叉形成、同源染色体完整联会和二价形成所需的。
Two meiotic crossover classes cohabit in Arabidopsis: one is dependent on MER3,whereas the other one is not.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.02.056
The Arabidopsis ROCK-N-ROLLERS gene encodes a homolog of the yeast ATP-dependent DNA helicase MER3 and is required for normal meiotic crossover formation.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02461.x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0617500 DNA 解旋酶是减数分裂期间交叉形成、同源染色体完整联会和二价形成所需的。
MER3 is required for normal meiotic crossover formation, but not for presynaptic alignment in rice.2009 · DOI: 10.1242/jcs.049080
ZIP4 in homologous chromosome synapsis and crossover formation in rice meiosis.2012 · DOI: 10.1242/jcs.090993
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006114 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程
GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程
GO:0007283 spermatogenesis 生物过程
GO:0051026 chiasma assembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005694 chromosome 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003678 DNA helicase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G27730
dosa:Os02g0617500
hsa:164045
mmu:330149
xtr:779837
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.753
排名 1 · TkA03G010320 · TK1151
细胞质0.247
排名 2 · TkA03G010320 · TK1151
线粒体0.070
排名 3 · TkA03G010320 · TK1151
细胞膜0.029
排名 4 · TkA03G010320 · TK1151
内质网0.016
排名 5 · TkA03G010320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270DEAD27-216 aa
PF04851ResIII38-181 aa
PF13401AAA_2243-183 aa
PF00271Helicase_C78-119 aa
PF00271Helicase_C264-318 aa
PF00270DEAD272-295 aa
PF00271Helicase_C334-413 aa
PF11731Cdd1428-458 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G010320PF00270DEAD272164.9e-29101.9
TkA03G010320PF04851ResIII381811.8e-0731.9
TkA03G010320PF13401AAA_22431830.2112.6
TkA03G010320PF00271Helicase_C781191.2e-1248.8
TkA03G010320PF00271Helicase_C2643181.2e-1248.8
TkA03G010320PF00270DEAD2722954.9e-29101.9
TkA03G010320PF00271Helicase_C3344131.2e-1248.8
TkA03G010320PF11731Cdd14284580.004317.9
TkA03G010320PF23445WHD_SNRNP2004455231e-1145.5
TkA03G010320PF00271Helicase_C4754941.2e-1248.8
TkA03G010320PF31084SDH_memb_Act4785660.1312.5
TkA03G010320PF02889Sec635348492.8e-41142.2
TkA03G010320PF11731Cdd16927260.004317.9
TkA03G010320PF14520HHH_56937320.009117.2
TkA03G010320PF29713HHH_RS2-RL21-YNQ26947390.002718.8
TkA03G010320PF13401AAA_227627800.2112.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5D892拟南芥sp|Q5D892|MER3_ARATH ATP-dependent DNA helicase homolog MER370.900%Swiss-Prot高置信
B6DMK2水稻sp|B6DMK2|MER3_ORYSJ ATP-dependent DNA helicase MER3 homolog62.400%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看