TkA03G010220 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G010220

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 2521248-2527437 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1511 bp · TkA03G010220|TK1151|cDNA

ACCCGGATCCAGATACCCGCACCCGCCACATGTATGCTGTTCTTCCACACCAAAAATCTCTCTAAACCCCGAAGCAAAAACCTAAAAGTACTCGCATCATTTGAAGAACTTCTCTACGATTGTACGTTAATTTTGCCATGAGGACCACATCGGTGTCGGAGCTCAACGATGGCATCATCCATAGTATGTCTATCGGGGCACTATTTTCAGATTTCGTGGGAAAAATAAACGCGCTTGATTTTCATCGCACTGCGGATCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

972 bp · TkA03G010220|TK1151|CDS

ATGAGGACCACATCGGTGTCGGAGCTCAACGATGGCATCATCCATAGTATGTCTATCGGGGCACTATTTTCAGATTTCGTGGGAAAAATAAACGCGCTTGATTTTCATCGCACTGCGGATCTACTTGTAACAACAGGTGAAGATGATTCTGTACGGTTATATGACATAGCAAATGGCAAGTTACTAAAGACCACACATCATAAAAAACATGGTGCTGATCGTATATGTTTTACACACCACCCTAGTTCTGTTATATGCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

323 aa · TkA03G010220|TK1151|PROTEIN

MRTTSVSELNDGIIHSMSIGALFSDFVGKINALDFHRTADLLVTTGEDDSVRLYDIANGKLLKTTHHKKHGADRICFTHHPSSVICSSTRNLDSESLRYLSMYDNRCLRYFKGHKERVVSLCTSPVDDSFMSGSLDHTVRIWDLRVNACQGILGLRGRPTVAYDQQGLVFAVSMEGGAIKLFDSRSYDKGPFDTFLVGGDMAEIWDIKFSNDGKSMLLTTKSNSIYVLDAYNGEKRCGFSVDASPNTTIESTFTPDGQYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G010220`
TK1151 ID	TkA03G010220
OH-1004 ID	LXL04_006111
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G010220

位置 Chr03:2521248-2527437 (-)

描述 Similar to APRF1: Protein ANTHESIS POMOTING FACTOR 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g14530`	核内染色质调控复合物的组成部分（通过相似性推测）。	APRF1 promotes flowering under long days in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2016.09.015

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006111 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001111 RNA polymerase II promoter clearance 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0032785 negative regulation of DNA-templated transcription, elongation 生物过程

GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0071027 nuclear RNA surveillance 生物过程

GO:0110064 lncRNA catabolic process 生物过程

GO:0140744 negative regulation of lncRNA transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14530

dme:Dmel_CG17293

dre:321614

xla:735072

xtr:448141

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.725

排名 1 · TkA03G010220 · TK1151

细胞质0.297

排名 2 · TkA03G010220 · TK1151

溶酶体／液泡0.062

排名 3 · TkA03G010220 · TK1151

细胞膜0.040

排名 4 · TkA03G010220 · TK1151

高尔基体0.027

排名 5 · TkA03G010220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30151PAC1112-66 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd15-145 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st22-144 aa

PF24805EIF3I23-93 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st23-142 aa

PF24814WD40_Prp1924-219 aa

PF20426NBCH_WD4024-56 aa

PF25391WD40_Gbeta25-67 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G010220	`PF30151`	PAC11	12	66	7.3e-05	22.5
TkA03G010220	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	15	145	1.8e-06	28.0
TkA03G010220	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	22	144	3.9e-28	99.1
TkA03G010220	`PF24805`	EIF3I	23	93	1.2e-14	54.9
TkA03G010220	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	23	142	1.5e-06	28.6
TkA03G010220	`PF24814`	WD40_Prp19	24	219	9.3e-24	84.7
TkA03G010220	`PF20426`	NBCH_WD40	24	56	4.5e-05	23.2
TkA03G010220	`PF25391`	WD40_Gbeta	25	67	2.7e-12	47.1
TkA03G010220	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	25	69	8.2e-11	42.2
TkA03G010220	`PF30361`	TRM82_WD	25	73	1.9e-05	24.5
TkA03G010220	`PF23409`	Beta-prop_EML	26	85	1.3e-07	32.1
TkA03G010220	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	27	68	3e-06	27.6
TkA03G010220	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	27	89	0.00087	19.1
TkA03G010220	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	28	90	1.6e-31	110.1
TkA03G010220	`PF12894`	ANAPC4_WD40	28	71	3.3e-13	50.4
TkA03G010220	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	29	307	8.9e-35	121.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYK6`	拟南芥	sp\|Q9LYK6\|APRF1_ARATH Protein ANTHESIS PROMOTING FACTOR 1	74.500%	Swiss-Prot	高置信

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