TkA02G603730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G603730

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 155667008-155670507 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2663 bp · TkA02G603730|TK1151|cDNA

TTGGGTCCGTTATTAGACAGAGGTGTAGATTGTATAAGAAAGTGATACGACACCGTGTGATAAACTTATAAAGCACAGAAATATTAGCAGCTCGTAGAAAGACCTGGAGAGCGTGGAAGCATCCAGAATAGACCCGAACCTCACTCACAACGCCCGGTATCGTAGAAGCACCTAGAACCACCACCTTCATATAAAACCCCTCATAGACTGCAATGGCGGAGGTTCAGATGGCCGATGCAGAGACGTTCGCCTTCCAGGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1113 bp · TkA02G603730|TK1151|CDS

ATGAACAACATCAAGTTGTATGTGAGGAGGGTGTTCATCATGGACAACTGCGAGGAGTTGATTCCAGAGTGGCTCGGTTTTGTGAAGGGTGTTGTGGATTCTGATGACTTGCCACTGAACATCTCCCGTGAAATGCTTCAACAAAACAAGATCCTGAAAGTTATCAGGAAGAATCTTGTCAAGAAATGCATTGAGATGTTCAACGAGATTGCTGAGAACAAGGAAGACTACAACAAATTCTATGAAGCCTTCTCCAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

370 aa · TkA02G603730|TK1151|PROTEIN

MNNIKLYVRRVFIMDNCEELIPEWLGFVKGVVDSDDLPLNISREMLQQNKILKVIRKNLVKKCIEMFNEIAENKEDYNKFYEAFSKNLKLGIHEDSQNRPKLADLLRYHSTKSGDELTSLKDYVTRMKEGQKDIYYITGESKKAVENSPFLERLKKKGYEVLFMVDAIDEYAVGQLKEYDGKKLVSATKEGLKLEDETEEEKQKKEEKKKSFENLCKTIKDILGDKVEKVVVSDRIVDSPCCLVTGEYGWTANMERIMKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G603730`
TK1151 ID	TkA02G603730
OH-1004 ID	LXL04_016133
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	84.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.730 / OH-1004 52.865 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G603730

位置 Chr02:155667008-155670507 (-)

描述 Similar to HSC80: Heat shock cognate protein 80

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g52640`	作为一种保持分子伴侣（holdase），稳定折叠中的蛋白质中间体，并在应激消退后迅速释放它们以活性形式存在。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0482100`	分子伴侣，促进特定靶蛋白的成熟、结构维护和适当调控，例如涉及细胞周期控制和信号转导。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016133 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G56000

ath:AT5G56030

dosa:Os09g0482100

osa:9267802

sly:543903

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.687

排名 1 · TkA02G603730 · TK1151

细胞核0.317

排名 2 · TkA02G603730 · TK1151

内质网0.119

排名 3 · TkA02G603730 · TK1151

细胞膜0.090

排名 4 · TkA02G603730 · TK1151

线粒体0.088

排名 5 · TkA02G603730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00183HSP902-365 aa

PF29011DDB_G0280785_1st_TPR41-92 aa

PF24497MIT_ATG143-87 aa

PF10158LOH1CR1245-86 aa

PF25100DUF780956-86 aa

PF15009STING_LBD72-124 aa

PF24497MIT_ATG1103-129 aa

PF30877RSRC1116-129 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G603730	`PF00183`	HSP90	2	365	6.4e-179	596.9
TkA02G603730	`PF29011`	DDB_G0280785_1st_TPR	41	92	0.19	12.6
TkA02G603730	`PF24497`	MIT_ATG1	43	87	0.29	12.0
TkA02G603730	`PF10158`	LOH1CR12	45	86	0.037	14.8
TkA02G603730	`PF25100`	DUF7809	56	86	4.4	8.3
TkA02G603730	`PF15009`	STING_LBD	72	124	0.25	11.4
TkA02G603730	`PF24497`	MIT_ATG1	103	129	0.29	12.0
TkA02G603730	`PF30877`	RSRC1	116	129	0.12	13.1
TkA02G603730	`PF29011`	DDB_G0280785_1st_TPR	122	157	0.19	12.6
TkA02G603730	`PF30877`	RSRC1	188	222	0.12	13.1
TkA02G603730	`PF25100`	DUF7809	188	226	4.4	8.3
TkA02G603730	`PF24497`	MIT_ATG1	195	222	0.29	12.0
TkA02G603730	`PF15009`	STING_LBD	199	228	0.25	11.4
TkA02G603730	`PF29011`	DDB_G0280785_1st_TPR	202	241	0.19	12.6
TkA02G603730	`PF10158`	LOH1CR12	210	219	0.037	14.8
TkA02G603730	`PF25100`	DUF7809	286	292	4.4	8.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P27323`	拟南芥	sp\|P27323\|HS901_ARATH Heat shock protein 90-1	91.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q69QQ6`	水稻	sp\|Q69QQ6\|HSP82_ORYSJ Heat shock protein 81-2	84.900%	Swiss-Prot	高置信

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