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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G592170
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 152792340-152796875 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2929 bp · TkA02G592170|TK1151|cDNA

AAAAGATCCCACAAAGTTGAACCACCCAACGATTCCTTGTTCCGAGACAGTAGACAGCTGCACATGGCGCGGAAGGTGCTCGGCGTAATGTCTATGTGAAATTGATTCCGATTACGTTAACATTTTGCTTCGATCGTGAAAGCGGGCATAGAGAAACAAGCGTGGGAGACATATATAAAGCTGTTTTTAAGATCGAGAGATGTTGAAACGAGTCAGTTCACTGTCAACATTTATTTCGGCGGCTAAACCATCTCTGCTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1530 bp · TkA02G592170|TK1151|CDS

ATGGCGGTTAGTATGCAGTGTCAAATCCTCAACGCATTTTCTTTGAAAAAAAATGCAAACAACAAAAAATATCAAAATAAGGAGCTCTCGTTACCCAATTCATCTCCAACAAAACTTCTTGTACACCAAAAGCCATACCCACAAACTAAACTTCAAGCACTTGCAAACGTTGTTGATGACCTCGAAGCTTCCGTCAAAAACGGCATAAGGATCGATGACCCCAGTATGTTTTCTTCGCTTCTCGAAACTTGCTTTCGTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

509 aa · TkA02G592170|TK1151|PROTEIN

MAVSMQCQILNAFSLKKNANNKKYQNKELSLPNSSPTKLLVHQKPYPQTKLQALANVVDDLEASVKNGIRIDDPSMFSSLLETCFRLEAVEQGIRIHRLIPTTLVRRNVGVSSKLLRLYASNGFIEEAHQVFDYMSDRNSSAFAWISLISGYSELGLYEDALALYFQMVEEGVDPDEYTFPRVLKACGGMGLIHVGQQVHREIIRCGYGNNGFVLNGLVDMYAKCGDIVKARKVFDKIPSKDLVSWNSMLRGYVKHELLP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G592170
TK1151 IDTkA02G592170
OH-1004 IDLXL04_012024
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G592170
位置Chr02:152792340-152796875 (-)
描述Similar to PCMP-E53: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g25270, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g25270 含五个重复肽序列蛋白 At4g25270，叶绿体型。 暂无已核实直接文献
At3g46790 叶绿体 rsp7 和 ndhB 转录物之间的基因间加工所需。 暂无已核实直接文献
At5g50390 含五十二肽重复结构的蛋白质At5g50390，叶绿体型。 暂无已核实直接文献
At3g15130 推定含五聚重复序列蛋白 At3g15130。 暂无已核实直接文献
At5g39350 含五肽重复的蛋白 At5g39350。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012024 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0031426 polycistronic mRNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08070
ath:AT3G46790
ath:AT4G25270
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.477
排名 1 · TkA02G592170 · TK1151
质体0.378
排名 2 · TkA02G592170 · TK1151
细胞核0.051
排名 3 · TkA02G592170 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkA02G592170 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA02G592170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12554MOZART152-61 aa
PF13812PPR_367-86 aa
PF23276TPR_2477-165 aa
PF09202Rio2_N85-112 aa
PF17177PPR_long88-191 aa
PF22330Rib_mS39_PPR95-139 aa
PF14559TPR_19110-133 aa
PF13041PPR_2114-139 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G592170PF12554MOZART152610.1412.7
TkA02G592170PF13812PPR_367864.7e-1865.8
TkA02G592170PF23276TPR_24771654.7e-0627.3
TkA02G592170PF09202Rio2_N851120.1613.0
TkA02G592170PF17177PPR_long881914e-0627.1
TkA02G592170PF22330Rib_mS39_PPR951390.05813.9
TkA02G592170PF14559TPR_191101330.03915.0
TkA02G592170PF13041PPR_21141392e-40137.4
TkA02G592170PF13812PPR_31141364.7e-1865.8
TkA02G592170PF01535PPR1151394.8e-42140.0
TkA02G592170PF13428TPR_141151334e-0524.6
TkA02G592170PF12854PPR_11191361.3e-1557.5
TkA02G592170PF20431E_motif1261731.6e-1145.0
TkA02G592170PF14559TPR_191261760.03915.0
TkA02G592170PF13041PPR_21421872e-40137.4
TkA02G592170PF00515TPR_11431670.1912.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SB36拟南芥sp|Q9SB36|PP337_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g25270, chloroplastic59.500%Swiss-Prot高置信
Q9STF3拟南芥sp|Q9STF3|PP265_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein CRR2, chloroplastic35.800%Swiss-Prot中等置信
Q9FK33拟南芥sp|Q9FK33|PP427_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic31.600%Swiss-Prot中等置信
P0C898拟南芥sp|P0C898|PP232_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1513033.100%Swiss-Prot中等置信
Q9FLZ9拟南芥sp|Q9FLZ9|PP405_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3935034.200%Swiss-Prot中等置信

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