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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G590090
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 152263978-152267294 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3152 bp · TkA02G590090|TK1151|cDNA

CTCAAGAGCATGGGCTAAATCTCTTGGGCCACCCGGAAGACTTTAAGCCCCATTTATGAGACCCGTTTTAATCAACTATCAACACCTACACCGCCAATCCCATCCGTATCAGACACCATATCACGAAAGATCTCAGGTGCATCACTCGATCTGTACTTCTGTAATCTTTCTTCACGGCTCTCTCTGGTAATCCCACCTCCTGCGCCCTCGACGTTGAAGAATCTTATGGAGACTCTAGAGGTGAACCATGTTGATCATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2118 bp · TkA02G590090|TK1151|CDS

ATGGAGACTCTAGAGGTGAACCATGTTGATCATAATCATTCGTCTCTGCAATCGATAAATACTTCACAATCTGAAACCCTAGTTTCCTCCCGTGACCTGCAAAATTCTGAATCAATTAACCATAATCAGGGCCAAGGTGCTGATTCTTATAACAAGTTTCAACATGTGGAAACCGTAACTTCTGGTCAACAAAATCAAAATACGGTCTCGGAGCCTGCGAACGGGCAGGCGGTTGGTAGCTCCTCCAAGAATCCATTAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

705 aa · TkA02G590090|TK1151|PROTEIN

METLEVNHVDHNHSSLQSINTSQSETLVSSRDLQNSESINHNQGQGADSYNKFQHVETVTSGQQNQNTVSEPANGQAVGSSSKNPLIKIIHKPLLSENVLTNNTNSGTDKDCSGGEEETTSRRRRKSRWDPPPSEDGGTASDGSGATGTRKRKSRWADDEPKPIIQLPDFMKDFAAGFDFDPEVQALNSRLLEISRKFQSGLPLDDRPEGARSPSPEPIYDNLGIRINTREYRARERLNKERQEIISQIIKKNPSFKPPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G590090
TK1151 IDTkA02G590090
OH-1004 IDLXL04_012055
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G590090
位置Chr02:152263978-152267294 (+)
描述Similar to SF1: Splicing factor-like protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g51300 前体 mRNA 剪接所必需的。
A homolog of splicing factor SF1 is essential for development and is involved in the alternative splicing of pre-mRNA in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12491

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012055 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0048024 regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0000243 commitment complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0016607 nuclear speck 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
afm:AFUA_3G10840
ath:AT5G51300
cnb:CNBD3480
cne:CND02880
ncr:NCU04110
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.648
排名 1 · TkA02G590090 · TK1151
细胞质0.447
排名 2 · TkA02G590090 · TK1151
细胞膜0.039
排名 3 · TkA02G590090 · TK1151
线粒体0.033
排名 4 · TkA02G590090 · TK1151
内质网0.027
排名 5 · TkA02G590090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30463Tuftelin_like10-30 aa
PF16275SF1-HH152-263 aa
PF22675KH-I_KHDC4-BBP277-358 aa
PF00013KH_1283-312 aa
PF22891KH_PNO1_2nd284-311 aa
PF23469KH_12291-359 aa
PF30463Tuftelin_like319-384 aa
PF27939DUF8363386-437 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G590090PF30463Tuftelin_like10301.38.8
TkA02G590090PF16275SF1-HH1522631e-2694.3
TkA02G590090PF22675KH-I_KHDC4-BBP2773581.3e-2383.3
TkA02G590090PF00013KH_12833121.7e-0525.2
TkA02G590090PF22891KH_PNO1_2nd2843110.1213.0
TkA02G590090PF23469KH_122913590.0003221.6
TkA02G590090PF30463Tuftelin_like3193841.38.8
TkA02G590090PF27939DUF83633864370.2511.9
TkA02G590090PF29534Salivary_glue3864071.59.6
TkA02G590090PF16866PHD_43874400.02915.0
TkA02G590090PF00098zf-CCHC3884040.003718.0
TkA02G590090PF13917zf-CCHC_33884060.3611.4
TkA02G590090PF13696zf-CCHC_23893980.3811.3
TkA02G590090PF29534Salivary_glue4104361.59.6
TkA02G590090PF13917zf-CCHC_34124290.3611.4
TkA02G590090PF13696zf-CCHC_24144230.3811.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LU44拟南芥sp|Q9LU44|SF1_ARATH Splicing factor-like protein 161.500%Swiss-Prot高置信

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