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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G578600
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 149251205-149255415 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2895 bp · TkA02G578600|TK1151|cDNA

TTTCTTGCATTAGAGGGGTTCCGGTATTTTTAAAAGAACATGTTAATCTTACGACGACGTTGTACCTCTTTATGCCCGCTGCACGCCTGCACACATTAAGCAACCAAAAACAGGAGGGATTCACCGGCCGGCGATTTGAACTTCACCCAAAGTAACCAGTGTGTGAACGTCAAAGAGACAGGAAGACTCCGGCGAGTGGTACCAAAAATGAGGTTCGGTTTCGACACACCGGAACCCAGCAGCAAAAAAGCCCTAACAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2430 bp · TkA02G578600|TK1151|CDS

ATGAGGTTCGGTTTCGACACACCGGAACCCAGCAGCAAAAAAGCCCTAACAACACAGTCTCAGTCACGGTCGCCGACCTCCGCTACTCCGACGAATGAAGAAGTGGAATGGGTTCCTCTTCAGAACCATCCAATTTTCTCCAATGCCACGGCCGCCCATTCATCGAATGACGTCTCGAAGAAACGAAACCTCATGGCTTGGGACGGAGCTTCTCGCCTCTACTACTGGGACATAAGTACGCAATCCCTACATCGAATTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

809 aa · TkA02G578600|TK1151|PROTEIN

MRFGFDTPEPSSKKALTTQSQSRSPTSATPTNEEVEWVPLQNHPIFSNATAAHSSNDVSKKRNLMAWDGASRLYYWDISTQSLHRISLRFGEPDPTYVLAASPSKVMRADVELSFMVDRITINRRGSALLLEGSDGIRVMDLYGKPSSKDSAIICRTVSIGSDVYFNTNNAIRTLKVSWHPYSDTHLGILSSDSVFRLYDLSSANEQPEQEYYLQPVDRGRSRNASSICPVDFSFGGDHLWDRFSVFILFSDGSVYILCP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G578600
TK1151 IDTkA02G578600
OH-1004 IDLXL04_012248
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G578600
位置Chr02:149251205-149255415 (-)
描述Similar to NUP88: Nuclear pore complex protein NUP88
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g05680 参与输出蛋白介导的核蛋白输出的调节。
Nuclear pore complex component MOS7/Nup88 is required for innate immunity and nuclear accumulation of defense regulators in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064519

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012248 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000055 ribosomal large subunit export from nucleus 生物过程
GO:0000056 ribosomal small subunit export from nucleus 生物过程
GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程
GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程
GO:0006611 protein export from nucleus 生物过程
GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分
GO:0005643 nuclear pore 细胞组分
GO:0017056 structural constituent of nuclear pore 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G05680
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.489
排名 1 · TkA02G578600 · TK1151
细胞质0.350
排名 2 · TkA02G578600 · TK1151
溶酶体／液泡0.111
排名 3 · TkA02G578600 · TK1151
细胞膜0.081
排名 4 · TkA02G578600 · TK1151
高尔基体0.071
排名 5 · TkA02G578600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08614ATG1614-31 aa
PF10168Nup8840-234 aa
PF30861NUP82_beta-prop152-206 aa
PF14584DUF4446202-223 aa
PF30861NUP82_beta-prop238-271 aa
PF10168Nup88456-758 aa
PF04697Pinin_SDK_N491-517 aa
PF04521Viral_P18633-692 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G578600PF08614ATG1614318.47.2
TkA02G578600PF10168Nup88402341.1e-2796.9
TkA02G578600PF30861NUP82_beta-prop1522060.1511.1
TkA02G578600PF14584DUF44462022230.3311.7
TkA02G578600PF30861NUP82_beta-prop2382710.1511.1
TkA02G578600PF10168Nup884567581.1e-2796.9
TkA02G578600PF04697Pinin_SDK_N4915170.04314.8
TkA02G578600PF04521Viral_P186336920.2212.0
TkA02G578600PF14584DUF44466356880.3311.7
TkA02G578600PF13874Nup546367210.006717.2
TkA02G578600PF29090PEA2_C6386990.8610.4
TkA02G578600PF10234Cluap16407170.002118.2
TkA02G578600PF12795MscS_porin6477450.01116.1
TkA02G578600PF02601Exonuc_VII_L6477461.49.0
TkA02G578600PF08614ATG166566978.47.2
TkA02G578600PF24627PUMA_CC6627270.1412.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FFK6拟南芥sp|Q9FFK6|NUP88_ARATH Nuclear pore complex protein NUP8856.300%Swiss-Prot高置信

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