TkA02G575600 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G575600

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 148527376-148531696 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1001 bp · TkA02G575600|TK1151|cDNA

CCAAACTCCTAAAGTAGTAGACGAGTACCCTTGTACATGTTGACCAGTCACGCAGTTGCTTGACTACCCGCGTCTCCCGTTCCCTTCCCCAATTCCTTCCGGAAACAACTTCCGGCGAGACATACGGTAATTGTTGTCTTCATAGTGGTGTGTGTGAAATGAAGAAGAAGAGAGCAGGATCAGCACTGAAGACACAAGTGGAAGAAAAGAAGCTTAAAGTAACTGTTAAACATGAGACATCTGAGGATGAAGAATCAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

573 bp · TkA02G575600|TK1151|CDS

GTAGACGAGTACCGTAGTACTAGACTACTAGTACATGTTGACCAGTCACGCAATTGCTTGACTACTTGTGTCTCCCGTTCCCTTCCCCAATTCCTTCCGGAATCAAATTCCGGCGAGACATACGGTAATTGTTGTCTTCATAGTGGTGTGTGTGAAATGAAGAAGAAGAGAGCAGGATCAGCACTGAAGACACAAGTGGAAGAAAAGAAGCTTAAAGTAACTGTTAAACATGAGACATCTGAGGATGAAGAATCAGAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

190 aa · TkA02G575600|TK1151|PROTEIN

VDEYRSTRLLVHVDQSRNCLTTCVSRSLPQFLPESNSGETYGNCCLHSGVCEMKKKRAGSALKTQVEEKKLKVTVKHETSEDEESESDEEETQLVEEEVEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEDDDDDDDDDESSKKETLKKLLEPLPKDKIIEFLKPHHTARSSCTDSGGTPHQTKSSPPSNHSAKSKNAKS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G575600`
TK1151 ID	TkA02G575600
OH-1004 ID	LXL04_012289
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.053 / OH-1004 20.747 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G575600`
位置	Chr02:148527376-148531696 (+)
描述	Similar to UBA2B: UBP1-associated protein 2B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_012289` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0009693 ethylene biosynthetic process 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010150 leaf senescence 生物过程 GO:0012501 programmed cell death 生物过程 GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程 GO:0051028 mRNA transport 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0003729 mRNA binding 分子功能 GO:0035925 mRNA 3'-UTR AU-rich region binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G22090 ath:AT2G41060 ath:AT3G15010 ath:AT3G56860 dosa:Os01g0265800 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.892

排名 1 · TkA02G575600 · TK1151

细胞质0.213

排名 2 · TkA02G575600 · TK1151

线粒体0.034

排名 3 · TkA02G575600 · TK1151

细胞膜0.026

排名 4 · TkA02G575600 · TK1151

高尔基体0.013

排名 5 · TkA02G575600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05327RRN39-159 aa

PF27968SMCP17-89 aa

PF30191LAG2_N45-172 aa

PF06473FGF-BP145-133 aa

PF16171CENP-T_N51-122 aa

PF06459RR_TM4-651-131 aa

PF03985Paf152-135 aa

PF28447Ccdc2752-136 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G575600	`PF05327`	RRN3	9	159	7.6e-06	25.4
TkA02G575600	`PF27968`	SMCP	17	89	1.0	10.7
TkA02G575600	`PF30191`	LAG2_N	45	172	0.052	13.3
TkA02G575600	`PF06473`	FGF-BP1	45	133	0.24	11.9
TkA02G575600	`PF16171`	CENP-T_N	51	122	0.27	10.7
TkA02G575600	`PF06459`	RR_TM4-6	51	131	0.71	10.3
TkA02G575600	`PF03985`	Paf1	52	135	0.0037	17.0
TkA02G575600	`PF28447`	Ccdc27	52	136	0.25	10.8
TkA02G575600	`PF09849`	DUF2076	53	129	6.1	7.5
TkA02G575600	`PF11705`	RNA_pol_3_Rpc31	55	129	0.0022	18.8
TkA02G575600	`PF04889`	Cwf_Cwc_15	55	148	0.021	15.4
TkA02G575600	`PF15396`	FAM60A	55	161	0.19	12.4
TkA02G575600	`PF06991`	MFAP1	55	131	3.6	8.1
TkA02G575600	`PF06025`	DUF913	57	133	1.8	8.2
TkA02G575600	`PF03987`	Autophagy_act_C	58	131	0.58	10.8
TkA02G575600	`PF04006`	Mpp10	60	136	0.058	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情