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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012289
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 9804612-9808331 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2172 bp · LXL04_012289|LXL04_012289|OH1004|cDNA

ATGGatctttattttattttaggTAATTGGTGTCTTCATAGTGGTGTCTGtgaaatgaataagagaagGGGATCAGAACTGAAAACACAAGTGGAAGAAAAGAAGCTTAAAGTAACAGTTAAACATGAGACATCtgaggaggaagaagaagaaacacAAGTAGTTGAAGAATATGATCCTGAAGAAGTTGAAGAggttgaagaagaagaagtgtGTAGTAGTGGAAGCCCGATGTCATGCAATTTGAGTTCGGTCGATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2172 bp · LXL04_012289|LXL04_012289|OH1004|CDS

ATGGATCTTTATTTTATTTTAGGTAATTGGTGTCTTCATAGTGGTGTCTGTGAAATGAATAAGAGAAGGGGATCAGAACTGAAAACACAAGTGGAAGAAAAGAAGCTTAAAGTAACAGTTAAACATGAGACATCTGAGGAGGAAGAAGAAGAAACACAAGTAGTTGAAGAATATGATCCTGAAGAAGTTGAAGAGGTTGAAGAAGAAGAAGTGTGTAGTAGTGGAAGCCCGATGTCATGCAATTTGAGTTCGGTCGATGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

723 aa · LXL04_012289|LXL04_012289|OH1004|PROTEIN

MDLYFILGNWCLHSGVCEMNKRRGSELKTQVEEKKLKVTVKHETSEEEEEETQVVEEYDPEEVEEVEEEEVCSSGSPMSCNLSSVDVSDGRSHVDHKDIQDDLFDEVEELSPLPRPPRRDKAKQFVAEQEAKIKHMINMGNLFKACVEVTKENLELRRQHIEFLRQHVEFLGQQEDRIQKQKQILNNLNILKMKTNGLDDIDVERIKELKVTARSELRKLLYKHRPVPYILPAAFSNRHSFADEPLSEERAVEEEEEAIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012289
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012289
位置Chr03:9804612-9808331 (-)
描述Similar to UBA2B: UBP1-associated protein 2B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g41060 异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为调节细胞核中 mRNA 周转的复合物的组成部分。 暂无已核实直接文献
At3g56860 异质核核糖核蛋白 样蛋白，作为调节细胞核中 mRNA 周转的复合物的组成部分。
UBA1 and UBA2, two proteins that interact with UBP1, a multifunctional effector of pre-mRNA maturation in plants.2002 · DOI: 10.1128/mcb.22.12.4346-4357.2002
At3g15010 异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为调节细胞核中 mRNA 周转的复合物的组成部分。 暂无已核实直接文献
At2g22090 作为复合物的组分，调节细胞核中 mRNA 的周转。
UBA1 and UBA2, two proteins that interact with UBP1, a multifunctional effector of pre-mRNA maturation in plants.2002 · DOI: 10.1128/mcb.22.12.4346-4357.2002

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0265800 RNA结合蛋白，结合位于小麦蛋白RNA 5'-CDS中的顺式定位元件或邮政编码。
Characterization of RNA binding protein RBP-P reveals a possible role in rice glutelin gene expression and RNA localization.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0191-z
RNA-Binding Protein RBP-P Is Required for Glutelin and Prolamine mRNA Localization in Rice Endosperm Cells.2018 · DOI: 10.1105/tpc.18.00321
Zipcode RNA-Binding Proteins and Membrane Trafficking Proteins Cooperate to Transport Glutelin mRNAs in Rice Endosperm.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00111
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012289 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009693 ethylene biosynthetic process 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0012501 programmed cell death 生物过程
GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程
GO:0051028 mRNA transport 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0035925 mRNA 3'-UTR AU-rich region binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22090
ath:AT2G41060
ath:AT3G15010
ath:AT3G56860
dosa:Os01g0265800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.796
排名 1 · LXL04_012289 · OH-1004
细胞质0.265
排名 2 · LXL04_012289 · OH-1004
细胞膜0.036
排名 3 · LXL04_012289 · OH-1004
线粒体0.032
排名 4 · LXL04_012289 · OH-1004
内质网0.022
排名 5 · LXL04_012289 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16367.12RRM_7433-498 aa
PF00076.29RRM_1435-501 aa
PF00076.29RRM_1535-603 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012289PF16367.12RRM_74334984.4e-0833.7
LXL04_012289PF00076.29RRM_14355012.1e-2692.3
LXL04_012289PF00076.29RRM_15356032.1e-2692.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O80678拟南芥UBP1-associated protein 2B34.848%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LES2拟南芥UBP1-associated protein 2A37.772%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LKA4拟南芥UBP1-associated protein 2C41.991%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SHZ6拟南芥UBP1-associated proteins 1A53.226%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LJ04水稻RNA-binding protein P47.479%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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