TkA02G565930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G565930

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 146099300-146099704 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

405 bp · TkA02G565930|TK1151|cDNA

ATGGAAGACAACTCAGTGACACTCAAATTGATCTCCCTTTTGGTCATCGTTTCATTCGTAGCCATCTTAGTCGCCATCTACCACTTTGTCACTGTTAGTTGGTGCTATCGTCGGCGAAATAATTTCCCACCACACCATGTGCACCAACAAAATCATCATCTGGATCATACCGACTACAGTCTGGAGAATTCAGTGGTGTTGCTCATCCCGGCCCACAAGCACCAAAAAGGGTCGAAAGTAGGTACAAAAGAATGCGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

405 bp · TkA02G565930|TK1151|CDS

ATGGAAGACAACTCAGTGACACTCAAATTGATCTCCCTTTTGGTCATCGTTTCATTCGTAGCCATCTTAGTCGCCATCTACCACTTTGTCACTGTTAGTTGGTGCTATCGTCGGCGAAATAATTTCCCACCACACCATGTGCACCAACAAAATCATCATCTGGATCATACCGACTACAGTCTGGAGAATTCAGTGGTGTTGCTCATCCCGGCCCACAAGCACCAAAAAGGGTCGAAAGTAGGTACAAAAGAATGCGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

134 aa · TkA02G565930|TK1151|PROTEIN

MEDNSVTLKLISLLVIVSFVAILVAIYHFVTVSWCYRRRNNFPPHHVHQQNHHLDHTDYSLENSVVLLIPAHKHQKGSKVGTKECDDDAMCSICLCEFEENEELRTLPECSHSFHVPCIDMWPFFSFYLSRVSC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G565930`
TK1151 ID	TkA02G565930
OH-1004 ID	LXL04_012421
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.537 / OH-1004 76.074 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G565930

位置 Chr02:146099300-146099704 (+)

描述 Similar to ATL51: RING-H2 finger protein ATL51

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47560`	RING-H2 指蛋白 ATL64。	暂无已核实直接文献
`At1g23980`	RING-H2指蛋白ATL47。	暂无已核实直接文献
`At5g43420`	RING-H2 指蛋白 ATL16。	暂无已核实直接文献
`At4g17905`	推定的RING-H2指蛋白ATL53。	暂无已核实直接文献
`At4g09130`	推测的 RING-H2 指蛋白 ATL37。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012421 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23980

ath:AT3G03550

ath:AT4G17905

ath:AT4G40070

ath:AT5G17600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.304

排名 1 · TkA02G565930 · TK1151

溶酶体／液泡0.295

排名 2 · TkA02G565930 · TK1151

细胞膜0.236

排名 3 · TkA02G565930 · TK1151

细胞质0.202

排名 4 · TkA02G565930 · TK1151

细胞核0.161

排名 5 · TkA02G565930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06024Orf787-32 aa

PF15706TMEM132_C14-46 aa

PF12678zf-rbx187-122 aa

PF13639zf-RING_290-122 aa

PF13923zf-C3HC4_290-121 aa

PF17123zf-RING_1191-119 aa

PF13445zf-RING_UBOX91-123 aa

PF14634zf-RING_591-120 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G565930	`PF06024`	Orf78	7	32	3.2	8.8
TkA02G565930	`PF15706`	TMEM132_C	14	46	0.24	11.9
TkA02G565930	`PF12678`	zf-rbx1	87	122	0.0025	18.7
TkA02G565930	`PF13639`	zf-RING_2	90	122	8.7e-09	36.2
TkA02G565930	`PF13923`	zf-C3HC4_2	90	121	0.012	16.2
TkA02G565930	`PF17123`	zf-RING_11	91	119	9.1e-11	42.0
TkA02G565930	`PF13445`	zf-RING_UBOX	91	123	0.00084	20.0
TkA02G565930	`PF14634`	zf-RING_5	91	120	0.0021	18.7
TkA02G565930	`PF00097`	zf-C3HC4	91	122	0.0022	18.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22255`	拟南芥	sp\|O22255\|ATL64_ARATH RING-H2 finger protein ATL64	34.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GW38`	拟南芥	sp\|Q8GW38\|ATL47_ARATH RING-H2 finger protein ATL47	43.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LSW9`	拟南芥	sp\|Q9LSW9\|ATL16_ARATH RING-H2 finger protein ATL16	40.800%	Swiss-Prot	低置信
`P0C041`	拟南芥	sp\|P0C041\|ATL53_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL53	41.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M0R4`	拟南芥	sp\|Q9M0R4\|ATL37_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL37	42.200%	Swiss-Prot	低置信

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