TkA02G557420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G557420

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 143973067-143975412 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1443 bp · TkA02G557420|TK1151|cDNA

AAATAAACACCAAAGTATAATCAGTTTGCTCCTCTCGTTCAAGGTTAACGCCATCTTATAGTCTAGCTGTCTTCTCTCTCTCACACACTAAACACACACACAAATTCCCTTCCTTTATATATTTATCTTTCAATTCACTTCTCTGATCGCTTCTTCAAATTCCGATTGATTACCGTAACTTTTACATCAACCATCGCTGTTTTTTCTGGTACCAGCCAGAGATCGTCGGAGAAAGCAATGACAATGATGACCAATGCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

804 bp · TkA02G557420|TK1151|CDS

ATGACAATGATGACCAATGCCGGAGGAGTAGGACCCTTTGGTGACACTACGTTGACCAAAGTCTTCGTCGGAGGATTAGCATGGGAGACTCCCAAGGACGCCATGAGAGACCACTTCGAGAAATACGGCGACATTCTCGAAGCTGTCATTATCTCCGACAAAACAACCGGCCGATCCAAAGGCTATGGCTTCGTGACGTTTAAGGAGCCGGAGGCGGCGAAGAAGGCTTGCGAGGATGCGACACCGGTTATTAACGGCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

267 aa · TkA02G557420|TK1151|PROTEIN

MTMMTNAGGVGPFGDTTLTKVFVGGLAWETPKDAMRDHFEKYGDILEAVIISDKTTGRSKGYGFVTFKEPEAAKKACEDATPVINGRRANCNLASLGARRPRSLTVVPPLPPPQPQQQTGPNIIVGPRSAGTLTPPPSHVQWYYPPTPTPASPYHPHHHHQAAVPYYGYAPATYVAATDVSYNHKLGYTGGAYMNGYSHVYPSQATVGAHTLMPMYHMYQYHHQSQAMGLPAQFFCAPTSTGPMTAVPAILSKPTQIAPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G557420`
TK1151 ID	TkA02G557420
OH-1004 ID	LXL04_012503
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.753 / OH-1004 95.956 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G557420

位置 Chr02:143973067-143975412 (-)

描述 Similar to ARP1: Probable RNA-binding protein ARP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54770`	可能的 RNA 结合蛋白参与种子萌发过程中脱落酸反应的调节。	An ABA-regulated putative RNA-binding protein affects seed germination of Arabidopsis under ABA or abiotic stress conditions.2013 · DOI: 10.1016/j.jplph.2012.09.002

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012503 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0070935 3'-UTR-mediated mRNA stabilization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54770

gga:768866

hsa:55544

xla:398603

xtr:448763

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.675

排名 1 · TkA02G557420 · TK1151

细胞质0.394

排名 2 · TkA02G557420 · TK1151

细胞膜0.069

排名 3 · TkA02G557420 · TK1151

内质网0.036

排名 4 · TkA02G557420 · TK1151

溶酶体／液泡0.016

排名 5 · TkA02G557420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16367RRM_719-79 aa

PF00076RRM_121-78 aa

PF08777RRM_323-83 aa

PF14605Nup35_RRM_233-76 aa

PF05172RRM_Nup3537-87 aa

PF15912VIR_N106-160 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G557420	`PF16367`	RRM_7	19	79	0.0002	22.0
TkA02G557420	`PF00076`	RRM_1	21	78	8.1e-18	64.8
TkA02G557420	`PF08777`	RRM_3	23	83	0.026	15.3
TkA02G557420	`PF14605`	Nup35_RRM_2	33	76	0.02	15.5
TkA02G557420	`PF05172`	RRM_Nup35	37	87	0.14	12.9
TkA02G557420	`PF15912`	VIR_N	106	160	1.5	8.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M1S3`	拟南芥	sp\|Q9M1S3\|ARP1_ARATH Probable RNA-binding protein ARP1	49.600%	Swiss-Prot	中等置信

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