RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G556300
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 143612073-143615068 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1299 bp · TkA02G556300|TK1151|cDNA

CGAAGGGTGCAATCCATTCATAAACGTTATCCTGGTGTAGAGAAGGAAGATCTAGAGTTGAATTTCTTTAGCTTATCTATAATAGCCAAGGCTACTAATAACTTCTCAATTGACAATAAACTTGGAGAAGGTGGCTTTGGTCCAGTTTACAAGGGTGTGTTGGAGACCGGACAAGAAATAGCTGTAAAGCAACTTTCAAGAACTTCTGAACAGGGGTATGACGAATTCTACAATGAAGTTGTTTATATTGCCAGACTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

660 bp · TkA02G556300|TK1151|CDS

CGAAGGGTGCAATCCATTCATAAACGTTATCCTGGTGTAGAGAAGGAAGATCTAGAGTTGAATTTCTTTAGCTTATCTATAATAGCCAAGGCTACTAATAACTTCTCAATTGACAATAAACTTGGAGAAGGTGGCTTTGGTCCAGTTTACAAGGGTGTGTTGGAGACCGGACAAGAAATAGCTGTAAAGCAACTTTCAAGAACTTCTGAACAGGGGTATGACGAATTCTACAATGAAGTTGTTTATATTGCCAGACTTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

219 aa · TkA02G556300|TK1151|PROTEIN

RRVQSIHKRYPGVEKEDLELNFFSLSIIAKATNNFSIDNKLGEGGFGPVYKGVLETGQEIAVKQLSRTSEQGYDEFYNEVVYIARLQHRNLVKILGYCMDRDERILIYEYMSNKSLDCFLFDEIKSHMLKWPHRFSIINWIARGMLYLHQDSHLRIIHRDLKAANILLDQEMNPKISDFGLARETEENQITTKTKTTNTRLHFTRVCTSWSFLRKIGCV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G556300
TK1151 IDTkA02G556300
OH-1004 IDLXL04_012531
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)89.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 88.584 / OH-1004 13.315
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G556300
位置Chr02:143612073-143615068 (-)
描述Similar to At4g27290: G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g27290 G型凝集素 S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g27290。 暂无已核实直接文献
At4g21390 G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B120。 暂无已核实直接文献
At1g61490 G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g61490。 暂无已核实直接文献
At1g61380 参与脂多糖(LPS)识别的S域受体蛋白激酶。
A lectin S-domain receptor kinase mediates lipopolysaccharide sensing in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1038/ni.3124
Lipopolysaccharides Trigger Two Successive Bursts of Reactive Oxygen Species at Distinct Cellular Locations.2018 · DOI: 10.1104/pp.17.01637
Tyrosine phosphorylation of the lectin receptor-like kinase LORE regulates plant immunity.2020 · DOI: 10.15252/embj.2019102856
At4g27300 G型凝集素 S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 SD1-1。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012531 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006955 immune response 生物过程
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0048544 recognition of pollen 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0004675 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0005516 calmodulin binding 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G21380
ath:AT4G27290
ath:AT4G27300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.455
排名 1 · TkA02G556300 · TK1151
细胞质0.404
排名 2 · TkA02G556300 · TK1151
细胞核0.246
排名 3 · TkA02G556300 · TK1151
内质网0.047
排名 4 · TkA02G556300 · TK1151
高尔基体0.044
排名 5 · TkA02G556300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr36-202 aa
PF00069Pkinase36-196 aa
PF03109ABC144-65 aa
PF01163RIO149-89 aa
PF03109ABC1103-191 aa
PF01636APH147-181 aa
PF19974TCAD9149-183 aa
PF12330Haspin_kinase151-191 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G556300PF07714PK_Tyr_Ser-Thr362022.4e-37129.4
TkA02G556300PF00069Pkinase361963.2e-35122.5
TkA02G556300PF03109ABC144653.2e-0627.2
TkA02G556300PF01163RIO149890.02415.0
TkA02G556300PF03109ABC11031913.2e-0627.2
TkA02G556300PF01636APH1471810.0414.4
TkA02G556300PF19974TCAD91491830.1811.7
TkA02G556300PF12330Haspin_kinase1511910.01714.9
TkA02G556300PF01163RIO11531880.02415.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81832拟南芥sp|O81832|Y4729_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g2729066.700%Swiss-Prot高置信
O81906拟南芥sp|O81906|B120_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase B12066.700%Swiss-Prot高置信
O64770拟南芥sp|O64770|Y1649_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g6149059.600%Swiss-Prot高置信
O64782拟南芥sp|O64782|SD129_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-2960.000%Swiss-Prot高置信
O81833拟南芥sp|O81833|SD11_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-162.900%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看