TkA02G547140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G547140

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 141194895-141198162 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2299 bp · TkA02G547140|TK1151|cDNA

TTCGTTCACTATCAGCAAACATACACATTCTCTCTCTAGAAAAAAAAAATCCCTCTCTCGAAAATGGAAGCAGACAACCGCCGGCTTTAATTCCGTCGCCGACTGCCTGTATCTCTCTCTTCATCCGATCAAGTTTGAAAAGTAAACTTGAAGCTGAATTTTGAGGAGAATTGAAGTGATGTTGGACCTTAATCTGAGTGTTGATCAGAGCGGTTTGATGTCAAAATATGCAGAGGACGATAGCGGTAAGCAGCTTCTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1383 bp · TkA02G547140|TK1151|CDS

ATGTTGGACCTTAATCTGAGTGTTGATCAGAGCGGTTTGATGTCAAAATATGCAGAGGACGATAGCGGTAAGCAGCTTCTCGAGGTATGCGGCAGCGGCGGTCAGTTGGAACACTCCGGCGGTACCTCGAATTCCTCCGTCGTCAATGTAGAGATATCGAGTAACGCTGGCGATGAGGAGCACTCGTACTCATGTCCAGATTTCGCTTATAGCTTCGATATATTGAAACCTGGTCACCGAGAAGATAATCAGAATTTTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

460 aa · TkA02G547140|TK1151|PROTEIN

MLDLNLSVDQSGLMSKYAEDDSGKQLLEVCGSGGQLEHSGGTSNSSVVNVEISSNAGDEEHSYSCPDFAYSFDILKPGHREDNQNFRSGSVVTKQFFPETDGDEGLQQHQLLEAVNGSAVDERDFMLRQQHKQQVRKSRRGPRPRSSQYRGVTFYRRTGRWESHIWDSGKQVYLGGFDTAHAAARAYDRAAIKFRGVDADINFNIIDYEDDLKQIKNLTKEEFVHILRRQSTGFSRGSSKYRGVTLHKCGRWEARMGQFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G547140`
TK1151 ID	TkA02G547140
OH-1004 ID	LXL04_012653
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G547140

位置 Chr02:141194895-141198162 (-)

描述 Similar to AP2-2: APETALA2-like protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28550`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0235800`	可能的转录因子（通过同源推测）。	OsMADS1 Represses microRNA172 in Elongation of Palea/Lemma Development in Rice.2016 · DOI: 10.3389/fpls.2016.01891
`UniProt: B8B8J2`	可能的转录因子（通过同源推测）。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8AMA9`	可能的转录因子（通过同源推测）。	暂无已核实直接文献
`Os03g0818800`	可能的转录因子（通过同源推测）。	Two AP2 family genes, supernumerary bract (SNB) and Osindeterminate spikelet 1 (OsIDS1), synergistically control inflorescence architecture and floral meristem establishment in rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04804.x OsMADS1 Represses microRNA172 in Elongation of Palea/Lemma Development in Rice.2016 · DOI: 10.3389/fpls.2016.01891

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012653 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0080050 regulation of seed development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G36920

dosa:Os07g0235800

osa:4334582

osa:4342787

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · TkA02G547140 · TK1151

细胞质0.075

排名 2 · TkA02G547140 · TK1151

细胞膜0.027

排名 3 · TkA02G547140 · TK1151

质体0.018

排名 4 · TkA02G547140 · TK1151

内质网0.018

排名 5 · TkA02G547140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02894GFO_IDH_MocA_C26-119 aa

PF00847AP2148-196 aa

PF00847AP2239-289 aa

PF28047HrpE-like317-357 aa

PF02894GFO_IDH_MocA_C343-357 aa

PF28047HrpE-like414-437 aa

PF27961CSNKA2IP417-442 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G547140	`PF02894`	GFO_IDH_MocA_C	26	119	0.039	14.5
TkA02G547140	`PF00847`	AP2	148	196	7e-21	75.0
TkA02G547140	`PF00847`	AP2	239	289	7e-21	75.0
TkA02G547140	`PF28047`	HrpE-like	317	357	0.16	13.1
TkA02G547140	`PF02894`	GFO_IDH_MocA_C	343	357	0.039	14.5
TkA02G547140	`PF28047`	HrpE-like	414	437	0.16	13.1
TkA02G547140	`PF27961`	CSNKA2IP	417	442	4.8	7.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SK03`	拟南芥	sp\|Q9SK03\|RAP27_ARATH Ethylene-responsive transcription factor RAP2-7	49.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8H443`	水稻	sp\|Q8H443\|AP23_ORYSJ APETALA2-like protein 3	54.500%	Swiss-Prot	高置信
`B8B8J2`	水稻	sp\|B8B8J2\|AP23_ORYSI APETALA2-like protein 3	62.900%	Swiss-Prot	中等置信
`B8AMA9`	水稻	sp\|B8AMA9\|AP22_ORYSI APETALA2-like protein 2	60.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84TB5`	水稻	sp\|Q84TB5\|AP22_ORYSJ APETALA2-like protein 2	60.500%	Swiss-Prot	中等置信

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