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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G546120
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 140868435-140871000 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1077 bp · TkA02G546120|TK1151|cDNA

CGTGGAACCACTCTCCGTCTGTTCTTTCAAGCTCCGATTGGAACAGCCGCGCTCCTCTCAGCTTCTCGCCGTCTTCAACAACCACACCTCCTCGAAACGACAAGATACTTCACCATGGCTATGCTGTTCAAGGATCCAAACAAGATCTCAGCATACCGTGACAGAAGGTTTCCAGGAACACAAGAAGAATACGAACATGCACTCCAAACTTCAACAACTGTATACATTGGCAACATGTCTTTCTACACCACTGAAGAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

888 bp · TkA02G546120|TK1151|CDS

CGTGGAACCACTCTCCGTCTGTTCTTTCAAGCTCCGATTGGAACAGCCGCGCTCCTCTCAGCTTCTCGCCGTCTTCAACAACCACACCTCCTCGAAACGACAAGATACTTCACCATGGCTATGCTGTTCAAGGATCCAAACAAGATCTCAGCATACCGTGACAGAAGGTTTCCAGGAACACAAGAAGAATACGAACATGCACTCCAAACTTCAACAACTGTATACATTGGCAACATGTCTTTCTACACCACTGAAGAACA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

295 aa · TkA02G546120|TK1151|PROTEIN

RGTTLRLFFQAPIGTAALLSASRRLQQPHLLETTRYFTMAMLFKDPNKISAYRDRRFPGTQEEYEHALQTSTTVYIGNMSFYTTEEQLYELFSRAGEIKKIVMGLDKNTKTPCGFCFIMYYSREDTEDSVKYISGTILDDRPIRVDFDWGFQDGRQWGRGRSGGQVRDEYRTDYDPDRGGYGKLVQKELEEQRQVVDYGVGSLGSFQPPPMAANYGRHGGGGHGYGGSNRHGRGGDYQRKRYRDDDRRGPDVSKRNSENE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G546120
TK1151 IDTkA02G546120
OH-1004 IDLXL04_012674
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)90.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 88.475 / OH-1004 76.774
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G546120
位置Chr02:140868435-140871000 (-)
描述Similar to CBP20: Nuclear cap-binding protein subunit 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g44200 帽结合复合物 的组成部分，与前体 mRNA 的 5' 帽共转录结合，并参与多种过程，例如前体 mRNA 剪接和 microRNA 介导的 RNA 介导的基因沉默。
Dual roles of the nuclear cap-binding complex and SERRATE in pre-mRNA splicing and microRNA processing in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802493105
Two cap-binding proteins CBP20 and CBP80 are involved in processing primary MicroRNAs.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn146
FRIGIDA delays flowering in Arabidopsis via a cotranscriptional mechanism involving direct interaction with the nuclear cap-binding complex.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.137448

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0612300 罩帽结合复合物（CBC）的组成部分，可在转录过程中结合前体mRNA的5'帽，并参与前体mRNA剪接以及由微RNA（miRNA）介导的RNA沉默（RNAi）等多种过程。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012674 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程
GO:0000380 alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0000394 RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程
GO:0002191 cap-dependent translational initiation 生物过程
GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程
GO:0006408 snRNA export from nucleus 生物过程
GO:0006446 regulation of translational initiation 生物过程
GO:0008334 histone mRNA metabolic process 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0016070 RNA metabolic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G44200
bta:510872
dosa:Os02g0612300
hsa:22916
isc:8026041
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.857
排名 1 · TkA02G546120 · TK1151
细胞质0.305
排名 2 · TkA02G546120 · TK1151
线粒体0.022
排名 3 · TkA02G546120 · TK1151
细胞膜0.020
排名 4 · TkA02G546120 · TK1151
内质网0.015
排名 5 · TkA02G546120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29752PigD_3rd58-99 aa
PF00076RRM_174-144 aa
PF18988DUF572179-132 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G546120PF29752PigD_3rd58990.112.7
TkA02G546120PF00076RRM_1741445.5e-1452.5
TkA02G546120PF18988DUF5721791320.1712.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XFD1拟南芥sp|Q9XFD1|NCBP2_ARATH Nuclear cap-binding protein subunit 280.900%Swiss-Prot高置信
Q84L14水稻sp|Q84L14|NCBP2_ORYSJ Nuclear cap-binding protein subunit 265.400%Swiss-Prot高置信

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