TkA02G545400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G545400

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 140645656-140648605 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2678 bp · TkA02G545400|TK1151|cDNA

CAACTCGCGTGTTTGAGTTTGAGCCAACTCGGCACTTCAAGTTCGAACTCGGTACAGAAACCCTAAAACCTTCCCTGTTCCCAGTCTCACCCATCACAGGAAAAATCACCGAAAATGGCTTCTCTCTGTATCCCTCTATCAAAACCACAACTCCTAAAACACTGCTTCTTCCATAAACTCTCAAAAATATCCAAACCCCTTCATCGTTTCTATTCATCTGCCGATAAACCACAAGTTGAAGAAAATCCAGACCCGAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1326 bp · TkA02G545400|TK1151|CDS

ATGGCTTCTCTCTGTATCCCTCTATCAAAACCACAACTCCTAAAACACTGCTTCTTCCATAAACTCTCAAAAATATCCAAACCCCTTCATCGTTTCTATTCATCTGCCGATAAACCACAAGTTGAAGAAAATCCAGACCCGAAATCACACCTTTCGACATTTGGATCACAAGCCGGGACGATCGAAAATGGAAAATTTCAATTCCGAGGTGAGCATAATCCCAATCTAGAGAACCTTGAAGATGCTGAGGGATCCGGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

441 aa · TkA02G545400|TK1151|PROTEIN

MASLCIPLSKPQLLKHCFFHKLSKISKPLHRFYSSADKPQVEENPDPKSHLSTFGSQAGTIENGKFQFRGEHNPNLENLEDAEGSGFKHDRETYYEMIEILCKNRKLEDAKRILLGMSKNGVDYDEDLFVLLINGYAKMNRKWDIVKNCLKIFSKMEELGVPRTIKSYNPMLEVILSEKKYTMAEKFFHKMLSEGVVPTKQTYTLMITGLCRSSSIETANRFFQDMKSQNHLPDSALYNTMINGYVQVKKMEEAEKLLME...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G545400`
TK1151 ID	TkA02G545400
OH-1004 ID	LXL04_012689
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.238 / OH-1004 57.772 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G545400

位置 Chr02:140645656-140648605 (+)

描述 Similar to 29 kDa ribonucleoprotein B, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g37230`	大核糖体亚基蛋白mL102（rPPR5）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012689 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37220

nsy:104230409

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.834

排名 1 · TkA02G545400 · TK1151

质体0.087

排名 2 · TkA02G545400 · TK1151

细胞核0.061

排名 3 · TkA02G545400 · TK1151

细胞质0.045

排名 4 · TkA02G545400 · TK1151

细胞膜0.014

排名 5 · TkA02G545400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_379-134 aa

PF25058ARM_TT2184-158 aa

PF28722WHD_Sfc3_5th85-109 aa

PF12854PPR_186-114 aa

PF28774DUF845787-126 aa

PF14559TPR_1987-121 aa

PF29070MSC6_N88-224 aa

PF23276TPR_2491-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G545400	`PF13812`	PPR_3	79	134	8.8e-39	132.1
TkA02G545400	`PF25058`	ARM_TT21	84	158	9e-07	29.7
TkA02G545400	`PF28722`	WHD_Sfc3_5th	85	109	0.0084	17.0
TkA02G545400	`PF12854`	PPR_1	86	114	1.4e-42	143.8
TkA02G545400	`PF28774`	DUF8457	87	126	0.038	15.0
TkA02G545400	`PF14559`	TPR_19	87	121	0.32	12.1
TkA02G545400	`PF29070`	MSC6_N	88	224	2.4e-17	63.8
TkA02G545400	`PF23276`	TPR_24	91	127	1e-12	48.8
TkA02G545400	`PF13041`	PPR_2	93	138	1.7e-65	217.6
TkA02G545400	`PF01535`	PPR	93	122	8.1e-45	148.7
TkA02G545400	`PF24760`	TPR_IF140_C	93	117	0.018	16.1
TkA02G545400	`PF17177`	PPR_long	106	205	3.2e-19	69.9
TkA02G545400	`PF23276`	TPR_24	117	179	1e-12	48.8
TkA02G545400	`PF12854`	PPR_1	124	141	1.4e-42	143.8
TkA02G545400	`PF20431`	E_motif	125	146	0.36	11.8
TkA02G545400	`PF24760`	TPR_IF140_C	126	141	0.018	16.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUU3`	拟南芥	sp\|Q9ZUU3\|PP190_ARATH Large ribosomal subunit protein mL102 (rPPR5)	48.500%	Swiss-Prot	低置信

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