LXL04_012689 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012689

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 16966420-16969037 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2184 bp · LXL04_012689|LXL04_012689|OH1004|cDNA

ATGGCTTCTCTCTGTATCCCTCTATCAAAACCACAACTCCTAAAACACTGCTTCTTCCATAAACTCTCAAAAATATCCAAACCCCTTCATCGTTTCTATTCATCTGCCGATAAACCACAAGTTGAAGAAAATCCAGACCCGAAATCACACCTTTCGACATTTGGATCACAAGCCGGGACGATCGAAAATGGAAAATTTCAATTCCGAGGTGAGCATAATCCCAATCTAGAGAACCTTGAAGATGCTGAGGGATCCGGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2184 bp · LXL04_012689|LXL04_012689|OH1004|CDS

ATGGCTTCTCTCTGTATCCCTCTATCAAAACCACAACTCCTAAAACACTGCTTCTTCCATAAACTCTCAAAAATATCCAAACCCCTTCATCGTTTCTATTCATCTGCCGATAAACCACAAGTTGAAGAAAATCCAGACCCGAAATCACACCTTTCGACATTTGGATCACAAGCCGGGACGATCGAAAATGGAAAATTTCAATTCCGAGGTGAGCATAATCCCAATCTAGAGAACCTTGAAGATGCTGAGGGATCCGGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

727 aa · LXL04_012689|LXL04_012689|OH1004|PROTEIN

MASLCIPLSKPQLLKHCFFHKLSKISKPLHRFYSSADKPQVEENPDPKSHLSTFGSQAGTIENGKFQFRGEHNPNLENLEDAEGSGFKHDRETYYEMIEILCKNRKLEDAKRILLGMSKNGVDYDEDLFVLLINGYAKMNRKWDIVKNCLKIFSKMEELGVPRTIKSYNPMLEVILSEKKYTMAEKFFHKMLSEGVVPTKQTYTLMITGLCRSSSIETANRFFQDMKSQNHLPDSALYNTMINGYVQVKKMEEAEKLLME...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012689`
TK1151 ID	TkA02G545400
OH-1004 ID	LXL04_012689
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.238 / OH-1004 57.772 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012689

位置 Chr03:16966420-16969037 (-)

描述 Similar to 29 kDa ribonucleoprotein B, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g37220`	可能参与叶绿体RNA的剪接和/或加工。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012689 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37220

nsy:104230409

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.572

排名 1 · LXL04_012689 · OH-1004

线粒体0.363

排名 2 · LXL04_012689 · OH-1004

细胞核0.054

排名 3 · LXL04_012689 · OH-1004

细胞质0.031

排名 4 · LXL04_012689 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_012689 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N88-224 aa

PF13041.13PPR_293-138 aa

PF13812.13PPR_3151-207 aa

PF23276.3TPR_24156-257 aa

PF13041.13PPR_2165-212 aa

PF29070.1MSC6_N179-258 aa

PF12854.14PPR_1195-227 aa

PF01535.27PPR202-230 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012689	`PF29070.1`	MSC6_N	88	224	1.5e-15	57.9
LXL04_012689	`PF13041.13`	PPR_2	93	138	3.8e-58	194.1
LXL04_012689	`PF13812.13`	PPR_3	151	207	1.1e-36	125.4
LXL04_012689	`PF23276.3`	TPR_24	156	257	8.5e-12	45.8
LXL04_012689	`PF13041.13`	PPR_2	165	212	3.8e-58	194.1
LXL04_012689	`PF29070.1`	MSC6_N	179	258	1.5e-15	57.9
LXL04_012689	`PF12854.14`	PPR_1	195	227	1.7e-40	137.2
LXL04_012689	`PF01535.27`	PPR	202	230	2.9e-42	140.7
LXL04_012689	`PF17177.11`	PPR_long	214	288	1.4e-18	67.8
LXL04_012689	`PF29070.1`	MSC6_N	214	363	1.5e-15	57.9
LXL04_012689	`PF13812.13`	PPR_3	222	280	1.1e-36	125.4
LXL04_012689	`PF12854.14`	PPR_1	230	262	1.7e-40	137.2
LXL04_012689	`PF13041.13`	PPR_2	233	282	3.8e-58	194.1
LXL04_012689	`PF01535.27`	PPR	238	265	2.9e-42	140.7
LXL04_012689	`PF12854.14`	PPR_1	266	297	1.7e-40	137.2
LXL04_012689	`PF01535.27`	PPR	271	300	2.9e-42	140.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUU4`	拟南芥	RNA-binding protein CP29B, chloroplastic	62.174%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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