RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G544050
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 140308983-140312388 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2841 bp · TkA02G544050|TK1151|cDNA

TTCATATTAGGATAAAGTATGAGAAAATGAGCTTGAGCTTTCTTTGTTAACAAGAAAGGTTCCTATGCTTCTATATACATACACACACTGACACAAGACCCTTCCTTCCCCAATTATAATCCTCTTCAAACCCTACCTCCTAAATTCCCAATTCTTCGTTTCCTTTCACCAATCTAAACCCAGTAATCCGTTTATTCTACGCCATGAGTGATCAACCTGAATCATCCGACCCCAAGGGGACTAAGCGGGATTTTAGTACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2427 bp · TkA02G544050|TK1151|CDS

ATGAGTGATCAACCTGAATCATCCGACCCCAAGGGGACTAAGCGGGATTTTAGTACCGCGATTCTTGAGCGAAAGAAGGCGGCGAATAGACTCGTCGTTGATGAAGCCATCAACGATGATAACTCCGTTGTTTCTATGCATCCGGAGACCATGGAAAAACTTCAACTGTTCAGAGGCGATACCATCCTGATTAAGGGCAAGAAAAGGAGAGATACAATCTGTATCGCACTTGCTGATGACACATGTGAGGAACCAAAAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

808 aa · TkA02G544050|TK1151|PROTEIN

MSDQPESSDPKGTKRDFSTAILERKKAANRLVVDEAINDDNSVVSMHPETMEKLQLFRGDTILIKGKKRRDTICIALADDTCEEPKIRMNKVVRSNLRVRLGDVISVHQCADVKYGKRVHILPIDDTIEGVTGNLFDAYLKPYFLEAYRPVRKGDYFLVRGGMRSVEFKVIETEPAEYCVVAPDTEIFCEGDPVIREDEDRLDEVGYDDVGGVRKQMAQIRELVELPLRHPQLFKSIGVKPPKGILLYGPPGSGKTLIAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G544050
TK1151 IDTkA02G544050
OH-1004 IDLXL04_012704
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 93.088
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G544050
位置Chr02:140308983-140312388 (+)
描述Similar to CDC48: Cell division cycle protein 48 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g53230 可能在细胞分裂和生长过程中发挥功能。 暂无已核实直接文献
At5g03340 可能在细胞分裂和生长过程中发挥功能。 暂无已核实直接文献
At3g09840 可能在细胞分裂和生长过程中发挥作用（可能）。
Ubiquitin-dependent chloroplast-associated protein degradation in plants.2019 · DOI: 10.1126/science.aav4467
The CDC48 complex mediates ubiquitin-dependent degradation of intra-chloroplast proteins in plants.2022 · DOI: 10.1016/j.celrep.2022.110664

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012704 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009846 pollen germination 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程
GO:0030162 regulation of proteolysis 生物过程
GO:0030970 retrograde protein transport, ER to cytosol 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
GO:0031648 protein destabilization 生物过程
GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0045732 positive regulation of protein catabolic process 生物过程
GO:0051228 mitotic spindle disassembly 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G09840
ath:AT3G53230
ath:AT5G03340
cann:107847567
gmx:547850
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.620
排名 1 · TkA02G544050 · TK1151
细胞核0.397
排名 2 · TkA02G544050 · TK1151
细胞膜0.086
排名 3 · TkA02G544050 · TK1151
内质网0.070
排名 4 · TkA02G544050 · TK1151
溶酶体／液泡0.047
排名 5 · TkA02G544050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01443Viral_helicase117-46 aa
PF13401AAA_2220-57 aa
PF02359CDC48_N30-111 aa
PF01568Molydop_binding35-67 aa
PF09336Vps4_C78-97 aa
PF02933CDC48_2131-194 aa
PF24389ORC-CDC6-like232-261 aa
PF00005ABC_tran239-266 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G544050PF01443Viral_helicase117466.2e-0523.6
TkA02G544050PF13401AAA_2220571.2e-0939.3
TkA02G544050PF02359CDC48_N301115.7e-2381.6
TkA02G544050PF01568Molydop_binding35670.1113.3
TkA02G544050PF09336Vps4_C78970.0001122.8
TkA02G544050PF02933CDC48_21311941.4e-1144.6
TkA02G544050PF24389ORC-CDC6-like2322610.04813.1
TkA02G544050PF00005ABC_tran2392661.6e-0526.2
TkA02G544050PF25199nSTAND_NTPase52403211.7e-0525.4
TkA02G544050PF12775AAA_72402662.8e-0524.4
TkA02G544050PF02367TsaE2402670.0001222.8
TkA02G544050PF05673DUF8152402670.0001321.9
TkA02G544050PF04851ResIII2402960.0007120.2
TkA02G544050PF06414Zeta_toxin2412660.0001921.7
TkA02G544050PF13191AAA_162423442.2e-1145.3
TkA02G544050PF13555AAA_292422570.05713.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SCN8拟南芥sp|Q9SCN8|CD48D_ARATH Cell division control protein 48 homolog D88.400%Swiss-Prot高置信
Q9LZF6拟南芥sp|Q9LZF6|CD48E_ARATH Cell division control protein 48 homolog E88.900%Swiss-Prot高置信
P54609拟南芥sp|P54609|CD48A_ARATH Cell division control protein 48 homolog A88.500%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看