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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012704
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 17359673-17363297 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2607 bp · LXL04_012704|LXL04_012704|OH1004|cDNA

ATGACTCCCTCAACTTCGCCGGAGGTCTGTCCCTACAGAGACACGGAGGAGGAGCTTGTCCTTCGCGATAGTTTGCCATATATCCAGCGCTTGACGATGAAGACGACGCCATCGAATGATGTTCCTTGTGCAAAATACGGGATGGATGTATCAACTTCGTTAATCCGTTTATTCTACGCCATGAGTGATCAACCTGAATCATCCGACCCCAAGGGGACTAAGCGGGATTTTAGTACCGCGATTCTTGAGCGAAAGAAGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2607 bp · LXL04_012704|LXL04_012704|OH1004|CDS

ATGACTCCCTCAACTTCGCCGGAGGTCTGTCCCTACAGAGACACGGAGGAGGAGCTTGTCCTTCGCGATAGTTTGCCATATATCCAGCGCTTGACGATGAAGACGACGCCATCGAATGATGTTCCTTGTGCAAAATACGGGATGGATGTATCAACTTCGTTAATCCGTTTATTCTACGCCATGAGTGATCAACCTGAATCATCCGACCCCAAGGGGACTAAGCGGGATTTTAGTACCGCGATTCTTGAGCGAAAGAAGGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

868 aa · LXL04_012704|LXL04_012704|OH1004|PROTEIN

MTPSTSPEVCPYRDTEEELVLRDSLPYIQRLTMKTTPSNDVPCAKYGMDVSTSLIRLFYAMSDQPESSDPKGTKRDFSTAILERKKAANRLVVDEAINDDNSVVSMHPETMEKLQLFRGDTILIKGKKRRDTICIALADDTCEEPKIRMNKVVRSNLRVRLGDVISVHQCADVKYGKRVHILPIDDTIEGVTGNLFDAYLKPYFLEAYRPVRKGDYFLVRGGMRSVEFKVIETEPAEYCVVAPDTEIFCEGDPVIREDED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012704
TK1151 IDTkA02G544050
OH-1004 IDLXL04_012704
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 93.088
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012704
位置Chr03:17359673-17363297 (-)
描述Similar to CDC48: Cell division cycle protein 48 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g03340 可能在细胞分裂和生长过程中发挥功能。 暂无已核实直接文献
At3g53230 可能在细胞分裂和生长过程中发挥功能。 暂无已核实直接文献
At3g09840 可能在细胞分裂和生长过程中发挥作用（可能）。
Ubiquitin-dependent chloroplast-associated protein degradation in plants.2019 · DOI: 10.1126/science.aav4467
The CDC48 complex mediates ubiquitin-dependent degradation of intra-chloroplast proteins in plants.2022 · DOI: 10.1016/j.celrep.2022.110664

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012704 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009846 pollen germination 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程
GO:0030162 regulation of proteolysis 生物过程
GO:0030970 retrograde protein transport, ER to cytosol 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
GO:0031648 protein destabilization 生物过程
GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0045732 positive regulation of protein catabolic process 生物过程
GO:0051228 mitotic spindle disassembly 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G09840
ath:AT3G53230
ath:AT5G03340
cann:107847567
gmx:547850
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.585
排名 1 · LXL04_012704 · OH-1004
细胞核0.389
排名 2 · LXL04_012704 · OH-1004
细胞膜0.086
排名 3 · LXL04_012704 · OH-1004
内质网0.077
排名 4 · LXL04_012704 · OH-1004
线粒体0.057
排名 5 · LXL04_012704 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02359.25CDC48_N90-171 aa
PF02933.24CDC48_2191-254 aa
PF05496.19RuvB_N304-379 aa
PF00004.36AAA305-434 aa
PF13671.13AAA_33305-365 aa
PF07728.21AAA_5305-423 aa
PF17862.8AAA_lid_3457-498 aa
PF05496.19RuvB_N576-611 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012704PF02359.25CDC48_N901716.5e-2381.4
LXL04_012704PF02933.24CDC48_21912541.5e-1144.5
LXL04_012704PF05496.19RuvB_N3043791.6e-1351.5
LXL04_012704PF00004.36AAA3054342e-97323.4
LXL04_012704PF13671.13AAA_333053651.8e-1042.0
LXL04_012704PF07728.21AAA_53054231.6e-0938.6
LXL04_012704PF17862.8AAA_lid_34574981.4e-30105.1
LXL04_012704PF05496.19RuvB_N5766111.6e-1351.5
LXL04_012704PF13191.13AAA_165766842.8e-1144.9
LXL04_012704PF00004.36AAA5787112e-97323.4
LXL04_012704PF17862.8AAA_lid_37337731.4e-30105.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LZF6拟南芥Cell division control protein 48 homolog E90.999%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SCN8拟南芥Cell division control protein 48 homolog D90.330%Swiss-Prot强数据库同源证据
P54609拟南芥Cell division control protein 48 homolog A91.353%Swiss-Prot强数据库同源证据

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