TkA02G535840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G535840

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 138181986-138185870 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3564 bp · TkA02G535840|TK1151|cDNA

CACGATTCTTCAATCATACCATCTATGTCGTCTTCTTCAACTTCATCCATTCACAAAAGCTTCACATATGATGTATTTTTGAGTTTTGGAGGCAAAGACACCCGTACGAACTTCGTTGACCATCTTTATCATGCTCTTCTGGACAGAAACATTCGCACTTACAAGGACGACGAGGAAATCAATAAAGGGAAAAGAATCAGTGATGACCTCATGAAAGCCATTGAAGACTCAAAATACTTCATCATTGTTTTCTCCAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3540 bp · TkA02G535840|TK1151|CDS

ATGTCGTCTTCTTCAACTTCATCCATTCACAAAAGCTTCACATATGATGTATTTTTGAGTTTTGGAGGCAAAGACACCCGTACGAACTTCGTTGACCATCTTTATCATGCTCTTCTGGACAGAAACATTCGCACTTACAAGGACGACGAGGAAATCAATAAAGGGAAAAGAATCAGTGATGACCTCATGAAAGCCATTGAAGACTCAAAATACTTCATCATTGTTTTCTCCAAAAATTATGCCTCTTCACCTTGGTGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1180 aa · TkA02G535840|TK1151|PROTEIN

MSSSSTSSIHKSFTYDVFLSFGGKDTRTNFVDHLYHALLDRNIRTYKDDEEINKGKRISDDLMKAIEDSKYFIIVFSKNYASSPWCLEELVRIMDCHKTTKHNAYPVFYDVEPWEVRYQSGAVGETFAGHEKEESAGKWTVALKEAADLAGWELKNTAGGHEAKCIRQIVEKLSLELRSINVHVDKNLVGMETRVNDIVSSLESASDDVRMIGIKGIGGGGKTTLARAVFDKIFFRFEGKSFIDKVREVSNDSSSGLKLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G535840`
TK1151 ID	TkA02G535840
OH-1004 ID	LXL04_012832
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	84.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.390 / OH-1004 69.688 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G535840

位置 Chr02:138181986-138185870 (+)

描述 Similar to At2g25100: Ribonuclease H2 subunit A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64070`	TIR-NB-LRR 受体样蛋白，可使植物对病原体黑腊菌（黑腿病）产生抗性。	Transgressive segregation reveals two Arabidopsis TIR-NB-LRR resistance genes effective against Leptosphaeria maculans, causal agent of blackleg disease.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02688.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012832 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006298 mismatch repair 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0043137 DNA replication, removal of RNA primer 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0032299 ribonuclease H2 complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.432

排名 1 · TkA02G535840 · TK1151

细胞膜0.273

排名 2 · TkA02G535840 · TK1151

细胞核0.269

排名 3 · TkA02G535840 · TK1151

内质网0.087

排名 4 · TkA02G535840 · TK1151

细胞外0.050

排名 5 · TkA02G535840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26659PH_DUOX14-43 aa

PF01582TIR15-180 aa

PF13676TIR_217-112 aa

PF00931NB-ARC28-74 aa

PF00004AAA31-77 aa

PF12078DUF3557164-185 aa

PF23282WHD_ROQ1179-191 aa

PF00931NB-ARC192-364 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G535840	`PF26659`	PH_DUOX	14	43	0.012	16.0
TkA02G535840	`PF01582`	TIR	15	180	1.9e-43	149.0
TkA02G535840	`PF13676`	TIR_2	17	112	1.2e-16	62.0
TkA02G535840	`PF00931`	NB-ARC	28	74	6.3e-21	75.4
TkA02G535840	`PF00004`	AAA	31	77	0.14	13.3
TkA02G535840	`PF12078`	DUF3557	164	185	0.51	11.0
TkA02G535840	`PF23282`	WHD_ROQ1	179	191	3.8e-12	46.9
TkA02G535840	`PF00931`	NB-ARC	192	364	6.3e-21	75.4
TkA02G535840	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	195	228	0.067	13.7
TkA02G535840	`PF13401`	AAA_22	212	311	0.042	14.9
TkA02G535840	`PF00004`	AAA	216	274	0.14	13.3
TkA02G535840	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	270	314	0.067	13.7
TkA02G535840	`PF23282`	WHD_ROQ1	434	501	3.8e-12	46.9
TkA02G535840	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	445	472	1.4e-09	38.5
TkA02G535840	`PF07725`	LRR_3	623	640	0.14	12.7
TkA02G535840	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	645	719	1.4e-09	38.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I594`	拟南芥	sp\|F4I594\|RLM1A_ARATH Disease resistance protein RML1A	35.700%	Swiss-Prot	中等置信

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