TkA02G533540 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G533540

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 137531470-137533886 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1269 bp · TkA02G533540|TK1151|cDNA

TGAAAGTCACGTGCCAACATCCTGACTGCCGTCGATCTCACCCAATAAAATCTATCAGACGGACGATACAACCCAAACTCATCTCTACAAGTCCACCATTACCAAAATACCAAATTTCTTCGCTATAACTAATCCAATGGGTGCGCCTCCATCTTAGTTTCTTCCTCCTCCTCCTCCGCCTTCTCTCTGTGACTGTGATGCTCGCCGGTGTTATTTCTTCACGTCCGAAATCTTGGCTTGTTGGCTCACCACTCGCTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

369 bp · TkA02G533540|TK1151|CDS

ATGGTTTGCTTAAGAAATGGAGAAGAAGCTCCTGATGAAAATCGACAGAGAGAACTTGCAGATGAATTAAGAGCTCAAGTTGTTGATGAGCTCTTGAAGAGACAAAAAGAGATTGAATGGTTTATTGAGGGAGACTTTGAAGCCTATGTCAAAACAATCGAGAAACCTCATGTATGGGGTGGAGAACCTGAGTTATTAATGGCTTCTCATATTCTAAAGACCAAAATATCCGTCTTCATGTTAGAGAGGAGCACAGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

122 aa · TkA02G533540|TK1151|PROTEIN

MVCLRNGEEAPDENRQRELADELRAQVVDELLKRQKEIEWFIEGDFEAYVKTIEKPHVWGGEPELLMASHILKTKISVFMLERSTGKLLNIATYGKEYEKDEKSSIKVLFHGYGHYDILEDI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G533540`
TK1151 ID	TkA02G533540
OH-1004 ID	LXL04_012876
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 39.739 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G533540

位置 Chr02:137531470-137533886 (-)

描述 Similar to OTU4: OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57810`	水解酶，可在体外从蛋白质上移除结合的泛素，因此可能通过防止降解在蛋白质周转水平上发挥重要调控作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012876 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006307 DNA alkylation repair 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程

GO:0034122 negative regulation of toll-like receptor signaling pathway 生物过程

GO:0035871 protein K11-linked deubiquitination 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0070536 protein K63-linked deubiquitination 生物过程

GO:0071108 protein K48-linked deubiquitination 生物过程

GO:0140374 antiviral innate immune response 生物过程

GO:1903093 regulation of protein K48-linked deubiquitination 生物过程

GO:2000660 negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38025

ath:AT3G57810

hsa:54726

xla:444600

xtr:496720

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.586

排名 1 · TkA02G533540 · TK1151

细胞核0.357

排名 2 · TkA02G533540 · TK1151

内质网0.084

排名 3 · TkA02G533540 · TK1151

细胞膜0.080

排名 4 · TkA02G533540 · TK1151

线粒体0.065

排名 5 · TkA02G533540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02338OTU14-116 aa

PF10275Peptidase_C6529-119 aa

PF08806Sep15_SelM32-70 aa

PF08806Sep15_SelM90-107 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G533540	`PF02338`	OTU	14	116	1.3e-17	65.2
TkA02G533540	`PF10275`	Peptidase_C65	29	119	0.00067	19.9
TkA02G533540	`PF08806`	Sep15_SelM	32	70	0.14	13.0
TkA02G533540	`PF08806`	Sep15_SelM	90	107	0.14	13.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LBZ4`	拟南芥	sp\|Q8LBZ4\|OTU4_ARATH OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 4	59.000%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情