LXL04_012876 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012876

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 20242251-20243802 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

924 bp · LXL04_012876|LXL04_012876|OH1004|cDNA

ATGCTCGCCGGTGTTATTTCTTCACGTCCGAAATCTTGGCTTGTTGGCTCACCACTCGCTCACTACGCCTTGGCGGCTCGTCACCGTCACATCCCCTCCGATGCCAGTTTTCCGGTTAAACTACTTCTCCCTGCGACGGACGCTCTCGACCGTCGCCGGTTTCCTTACCATTCAATAGCTACCGGATTGAATTTCTCGGCGTCCGCCATATCCGCATCCGCATGGCATGCTATCATTCCGACCGGAAACGGTCGGGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

924 bp · LXL04_012876|LXL04_012876|OH1004|CDS

ATGCTCGCCGGTGTTATTTCTTCACGTCCGAAATCTTGGCTTGTTGGCTCACCACTCGCTCACTACGCCTTGGCGGCTCGTCACCGTCACATCCCCTCCGATGCCAGTTTTCCGGTTAAACTACTTCTCCCTGCGACGGACGCTCTCGACCGTCGCCGGTTTCCTTACCATTCAATAGCTACCGGATTGAATTTCTCGGCGTCCGCCATATCCGCATCCGCATGGCATGCTATCATTCCGACCGGAAACGGTCGGGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

307 aa · LXL04_012876|LXL04_012876|OH1004|PROTEIN

MLAGVISSRPKSWLVGSPLAHYALAARHRHIPSDASFPVKLLLPATDALDRRRFPYHSIATGLNFSASAISASAWHAIIPTGNGRGKHNLRPAGEGSWNVAWDVRPARWLHRPYTAWLLFGICACLAVAAPPVEFNDTSSEPINIIADDNKINVSCTTTISEKSTNYKITGVPADGRCLFRAIAHMVCLRNGEEAPDENRQRELADELRAQVVDELLKRQKEIEWFIEGDFEAYVKTIEKPHVWGGEPELLMASHILKTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012876`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012876

位置 Chr03:20242251-20243802 (+)

描述 Similar to OTU4: OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57810`	水解酶，可在体外从蛋白质上移除结合的泛素，因此可能通过防止降解在蛋白质周转水平上发挥重要调控作用。	暂无已核实直接文献
`At2g38025`	水解酶可以在体外从蛋白质中去除结合的泛素，因此可能通过防止降解在蛋白质周转水平上发挥重要的调节作用。	Distinct phylogenetic relationships and biochemical properties of Arabidopsis ovarian tumor-related deubiquitinases support their functional differentiation.2014 · DOI: 10.3389/fpls.2014.00084

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012876 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006307 DNA alkylation repair 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程

GO:0034122 negative regulation of toll-like receptor signaling pathway 生物过程

GO:0035871 protein K11-linked deubiquitination 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0070536 protein K63-linked deubiquitination 生物过程

GO:0071108 protein K48-linked deubiquitination 生物过程

GO:0140374 antiviral innate immune response 生物过程

GO:1903093 regulation of protein K48-linked deubiquitination 生物过程

GO:2000660 negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38025

ath:AT3G57810

hsa:54726

xla:444600

xtr:496720

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.913

排名 1 · LXL04_012876 · OH-1004

线粒体0.089

排名 2 · LXL04_012876 · OH-1004

细胞质0.051

排名 3 · LXL04_012876 · OH-1004

细胞核0.046

排名 4 · LXL04_012876 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 5 · LXL04_012876 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02338.26OTU173-301 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012876	`PF02338.26`	OTU	173	301	2.8e-24	86.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LBZ4`	拟南芥	OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 4	59.286%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GYW0`	拟南芥	OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 3	29.545%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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