TkA02G532920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G532920

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 137368165-137371471 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1138 bp · TkA02G532920|TK1151|cDNA

AATGTCATGAGTATAAATCAATCTTTTTATAATTTCTAGAGTACAGTAATATTGTTACTGTATCCCACGTCAGTCCAGATAGTTGGTGGATTTTTGTGAGGTGAGAAAAGGAAGAGGAATGGAGCGCATTTTCTCAGGTATTGGATACGGGCAAGTGGGAATGATGTGGGAGCAAGTACGGGCGCCATTTATCGTGCCATTTATGAAACTTATGGTGATAATGTGTTTAGCCATGTCGGTGATGCTATTCGTGGAGCGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1038 bp · TkA02G532920|TK1151|CDS

ATGGAGCGCATTTTCTCAGGTATTGGATACGGGCAAGTGGGAATGATGTGGGAGCAAGTACGGGCGCCATTTATCGTGCCATTTATGAAACTTATGGTGATAATGTGTTTAGCCATGTCGGTGATGCTATTCGTGGAGCGTGTATGTATGGGTATTGTTATTGTTGTTGTTAAGTTGATGAACTATAAGCTTGAAAAAAGATACAAATGGGAGGCAATTAAGGAGGATTTGGAGACGGGGAATTCGGTTTACCCTATGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

345 aa · TkA02G532920|TK1151|PROTEIN

MERIFSGIGYGQVGMMWEQVRAPFIVPFMKLMVIMCLAMSVMLFVERVCMGIVIVVVKLMNYKLEKRYKWEAIKEDLETGNSVYPMVLVQIPMYNEKEVYQLSIGAACGLSWPSDRIIIQVLDDSTDPIIKDLVELECRRWAGKGINIKYEIRGNRNGYKAGALKQGMKHPYVNQCEFVAIFDADFQPDPDFLWRTIPFLAHNPELALVQARWKFVNSDECLMTRMQEMSLDYHFYVEQEAGSATHAFFGFNGTAGVWRI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G532920`
TK1151 ID	TkA02G532920
OH-1004 ID	LXL04_012877
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.710 / OH-1004 65.900 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G532920

位置 Chr02:137368165-137371471 (+)

描述 Similar to CSLA9: Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03760`	具有体外葡甘露聚糖合酶和甘露聚糖合酶活性。	Agrobacterium-mediated root transformation is inhibited by mutation of an Arabidopsis cellulose synthase-like gene.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.030726
`At5g22740`	具有体外葡甘露聚糖合酶和甘露聚糖合酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0625700`	可能的甘露聚糖合酶，具有使用GDP-甘露糖进行甘露聚糖4-β-甘露糖基转移酶活性。	暂无已核实直接文献
`Os02g0192500`	具有体外葡甘露聚糖合酶和甘露聚糖合酶活性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012877 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0010192 mucilage biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0047259 glucomannan 4-beta-mannosyltransferase activity 分子功能

GO:0051753 mannan synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23480

ath:AT5G03760

ath:AT5G22740

dosa:Os02g0192500

dosa:Os06g0625700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.274

排名 1 · TkA02G532920 · TK1151

细胞膜0.226

排名 2 · TkA02G532920 · TK1151

细胞质0.219

排名 3 · TkA02G532920 · TK1151

高尔基体0.204

排名 4 · TkA02G532920 · TK1151

细胞核0.122

排名 5 · TkA02G532920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13536EmrE34-95 aa

PF06365CD34_antigen39-76 aa

PF13506Glyco_transf_2156-323 aa

PF13641Glyco_tranf_2_385-320 aa

PF00535Glycos_transf_290-244 aa

PF13632Glyco_trans_2_3179-323 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G532920	`PF13536`	EmrE	34	95	0.073	13.2
TkA02G532920	`PF06365`	CD34_antigen	39	76	0.33	11.6
TkA02G532920	`PF13506`	Glyco_transf_21	56	323	4.9e-07	29.6
TkA02G532920	`PF13641`	Glyco_tranf_2_3	85	320	1.6e-14	54.9
TkA02G532920	`PF00535`	Glycos_transf_2	90	244	4.6e-10	40.4
TkA02G532920	`PF13632`	Glyco_trans_2_3	179	323	1.3e-19	71.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZR3`	拟南芥	sp\|Q9LZR3\|CSLA9_ARATH Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9	78.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FNI7`	拟南芥	sp\|Q9FNI7\|CSLA2_ARATH Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 2	74.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q67VS7`	水稻	sp\|Q67VS7\|CSLA9_ORYSJ Probable glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9	72.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q7PC76`	水稻	sp\|Q7PC76\|CSLA1_ORYSJ Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 1	71.900%	Swiss-Prot	高置信

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