TkA02G531300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G531300

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 136978621-136980313 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1496 bp · TkA02G531300|TK1151|cDNA

GGAAATTTAGTTTGACCAAAAATATGCAGCTCGGTGGTTGGATTCCAAAAAAGAGCTCCATCCATCCTCCATTCCACTCTCACGTGCTCACTGAAAGAAACATGAAGCGAACGGCAAGAACAAGCTCCACCGGCGATGCTTATGGTACTCAAGAGCAAGAAGACAGACTGAGTTTGTTGCCGGATGCTCTGTTAATCTACATACTCTCATTTGTTGACACCAAACTAGCAGTTCAATCTTCAACCTTGTCCAAACGATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1209 bp · TkA02G531300|TK1151|CDS

ATGCAGCTCGGTGGTTGGATTCCAAAAAAGAGCTCCATCCATCCTCCATTCCACTCTCACGTGCTCACTGAAAGAAACATGAAGCGAACGGCAAGAACAAGCTCCACCGGCGATGCTTATGGTACTCAAGAGCAAGAAGACAGACTGAGTTTGTTGCCGGATGCTCTGTTAATCTACATACTCTCATTTGTTGACACCAAACTAGCAGTTCAATCTTCAACCTTGTCCAAACGATGGGTACATCTTTGGACCTTTCTCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

402 aa · TkA02G531300|TK1151|PROTEIN

MQLGGWIPKKSSIHPPFHSHVLTERNMKRTARTSSTGDAYGTQEQEDRLSLLPDALLIYILSFVDTKLAVQSSTLSKRWVHLWTFLPVLNFDSSLFEEEQTYTLDNFVVKVTFDNFIEKVLAYRNGLIKIDSVNLKVSDHKTMARVFRYALSHGVPDVSIDTSQNLSKYHPVSCVNSSDSLTSLTLKGMLNFGKFPNFLGLVSLRLERVKIVESEPFSCFPNLEELHLVNCKLPSELPGLEVIAFRLSRLTISSCFYHPI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G531300`
TK1151 ID	TkA02G531300
OH-1004 ID	LXL04_012901
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 98.049 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G531300

位置 Chr02:136978621-136980313 (-)

描述 Similar to At3g03040: F-box protein At3g03040

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13960`	推测为F-box/LRR重复蛋白 At4g13960。	暂无已核实直接文献
`At3g49020`	FBD相关的F-box蛋白At3g49020。	暂无已核实直接文献
`At2g04230`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At2g04230。	暂无已核实直接文献
`At4g00160`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At4g00160。	暂无已核实直接文献
`At4g10400`	与FBD相关的F-box蛋白At4g10400。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012901 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G03040

ath:AT3G42770

ath:AT3G59170

ath:AT4G03220

ath:AT4G27050

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.879

排名 1 · TkA02G531300 · TK1151

细胞质0.166

排名 2 · TkA02G531300 · TK1151

细胞膜0.038

排名 3 · TkA02G531300 · TK1151

内质网0.033

排名 4 · TkA02G531300 · TK1151

质体0.017

排名 5 · TkA02G531300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box49-84 aa

PF12937F-box-like50-79 aa

PF23247LRR_RPS2157-187 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL21176-205 aa

PF12799LRR_4180-186 aa

PF12799LRR_4202-240 aa

PF23247LRR_RPS2210-233 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL21218-254 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G531300	`PF00646`	F-box	49	84	0.00097	19.7
TkA02G531300	`PF12937`	F-box-like	50	79	0.1	13.1
TkA02G531300	`PF23247`	LRR_RPS2	157	187	2.5	8.7
TkA02G531300	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	176	205	0.041	14.5
TkA02G531300	`PF12799`	LRR_4	180	186	0.0011	19.9
TkA02G531300	`PF12799`	LRR_4	202	240	0.0011	19.9
TkA02G531300	`PF23247`	LRR_RPS2	210	233	2.5	8.7
TkA02G531300	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	218	254	0.041	14.5
TkA02G531300	`PF12799`	LRR_4	271	300	0.0011	19.9
TkA02G531300	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	287	301	0.041	14.5
TkA02G531300	`PF23247`	LRR_RPS2	290	326	2.5	8.7
TkA02G531300	`PF00646`	F-box	322	331	0.00097	19.7
TkA02G531300	`PF12937`	F-box-like	324	334	0.1	13.1
TkA02G531300	`PF23247`	LRR_RPS2	342	368	2.5	8.7
TkA02G531300	`PF12799`	LRR_4	361	369	0.0011	19.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23257`	拟南芥	sp\|O23257\|FBL72_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein At4g13960	27.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SMT9`	拟南芥	sp\|Q9SMT9\|FBD9_ARATH FBD-associated F-box protein At3g49020	27.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q6NKX3`	拟南芥	sp\|Q6NKX3\|FDL14_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At2g04230	28.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q8LF09`	拟南芥	sp\|Q8LF09\|FDL23_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At4g00160	49.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SV82`	拟南芥	sp\|Q9SV82\|FBD40_ARATH FBD-associated F-box protein At4g10400	27.700%	Swiss-Prot	低置信

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