TkA02G523960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G523960

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 135105366-135111740 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4631 bp · TkA02G523960|TK1151|cDNA

ATAAAAATCCATCCGTGCTGATCTCATCACGTGTTCATCACCGATTAATCCATAAACTTGAGATTTTTTTAGAAAGAAAGATAAAGATTCGAAATTCTTTAACATGCTTCTTCTATACTTCCCGGGAACCGCCTCTCAGATGAATATCCCAAATATATAATAAAGACACCGACCTCCGATCCACATCAGAATCGAAAACTCATACAAGAGTTTCAAAGAAACAATCAATCTCGCACTCATAAAAGCTCCCACTTTTTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2388 bp · TkA02G523960|TK1151|CDS

ATGGGATCTTTGACGAGCGAAGAGGAACTAGAGGTGATCGGAGAAGTGTCAAAGGATGCTATTTTGTATGTTAATGGAGTCCGTAAAGTGCTCCCTGATGGTCTGGCTCACTTAACTCTACTCGAGTATCTCAGAGATATAGGTTTGACAGGAACAAAACTAGGATGTGGGGAAGGAGGTTGTGGGGCATGTACTGTAATGGTTTCATACTTGGATCCAAATTCAAAAAAATGCGTCCACCAGGCAATCAATGCTTGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

795 aa · TkA02G523960|TK1151|PROTEIN

MGSLTSEEELEVIGEVSKDAILYVNGVRKVLPDGLAHLTLLEYLRDIGLTGTKLGCGEGGCGACTVMVSYLDPNSKKCVHQAINACLAPLYSVEGMQVITVEGLGNRKFGLHPVQETLASNHGSQCGFCTPGFIMSMYALLRSSKTPPTEEQIEESLAGNLCRCTGYRPILDAFRVFSKTNDLLYTNNSISISSLKDGDFVCPSTGKPCSCGSKTVQKDNICHDYKPVSYNEIDGSSYTNKEIIFPPQLLMRKPSYLSLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G523960`
TK1151 ID	TkA02G523960
OH-1004 ID	LXL04_013002
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.862 / OH-1004 43.546 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G523960

位置 Chr02:135105366-135111740 (+)

描述 Similar to XDH1: Xanthine dehydrogenase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34890`	参与嘌呤分解代谢的关键酶。	Tandem orientation of duplicated xanthine dehydrogenase genes from Arabidopsis thaliana: differential gene expression and enzyme activities.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m312929200 The plant Mo-hydroxylases aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase have distinct reactive oxygen species signatures and are induced by drought and abscisic acid.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02422.x The RNAi-mediated silencing of xanthine dehydrogenase impairs growth and fertility and accelerates leaf senescence in transgenic Arabidopsis plants.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm119 A critical role for ureides in dark and senescence-induced purine remobilization is unmasked in the Atxdh1 Arabidopsis mutant.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03440.x Xanthine dehydrogenase AtXDH1 from Arabidopsis thaliana is a potent producer of superoxide anions via its NADH oxidase activity.2010 · DOI: 10.1007/s11103-009-9570-2
`At4g34900`	参与嘌呤分解代谢的关键酶。	The RNAi-mediated silencing of xanthine dehydrogenase impairs growth and fertility and accelerates leaf senescence in transgenic Arabidopsis plants.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm119

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0429800`	参与嘌呤分解代谢的关键酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013002 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0006145 purine nucleobase catabolic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0042554 superoxide anion generation 生物过程

GO:0046110 xanthine metabolic process 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004854 xanthine dehydrogenase activity 分子功能

GO:0005506 iron ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0051537 2 iron, 2 sulfur cluster binding 分子功能

GO:0071949 FAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G34890

ath:AT4G34900

dosa:Os03g0429800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.658

排名 1 · TkA02G523960 · TK1151

细胞核0.226

排名 2 · TkA02G523960 · TK1151

过氧化物酶体0.111

排名 3 · TkA02G523960 · TK1151

线粒体0.109

排名 4 · TkA02G523960 · TK1151

内质网0.065

排名 5 · TkA02G523960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00111Fer237-88 aa

PF10418DHODB_Fe-S_bind54-70 aa

PF01799Fer2_2100-174 aa

PF00111Fer2122-164 aa

PF00941FAD_binding_5265-442 aa

PF03450CO_deh_flav_C411-421 aa

PF03450CO_deh_flav_C451-556 aa

PF01315Ald_Xan_dh_C615-722 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G523960	`PF00111`	Fer2	37	88	1.2e-07	32.3
TkA02G523960	`PF10418`	DHODB_Fe-S_bind	54	70	0.5	10.8
TkA02G523960	`PF01799`	Fer2_2	100	174	1.1e-32	112.7
TkA02G523960	`PF00111`	Fer2	122	164	1.2e-07	32.3
TkA02G523960	`PF00941`	FAD_binding_5	265	442	1.1e-47	162.7
TkA02G523960	`PF03450`	CO_deh_flav_C	411	421	1.7e-28	99.5
TkA02G523960	`PF03450`	CO_deh_flav_C	451	556	1.7e-28	99.5
TkA02G523960	`PF01315`	Ald_Xan_dh_C	615	722	1e-30	107.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GUQ8`	拟南芥	sp\|Q8GUQ8\|XDH1_ARATH Xanthine dehydrogenase 1	66.400%	Swiss-Prot	高置信
`F4JLI5`	拟南芥	sp\|F4JLI5\|XDH2_ARATH Xanthine dehydrogenase 2	66.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q6AUV1`	水稻	sp\|Q6AUV1\|XDH_ORYSJ Xanthine dehydrogenase	64.000%	Swiss-Prot	高置信

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