TkA02G511150 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G511150

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 131248895-131253660 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2146 bp · TkA02G511150|TK1151|cDNA

CAACGACAGCGTTATCATCAAGCGGCAGTGACCAAATTGGGGTTCAACTTTATAGCCATCAACTATTAGAAAATGGCGGGAAAATAGGACATACAGTCCAGCGACACCGCCGCGTTTGAAATCCTAGGAGAAGAAGAATGGAGGCAGAACCAAAACCATCGTCGGAGGAGGCGCCGACTTGCTGGAGAAAAGAATTGGACACCTACCTCAAGAGGCTCCAATCTCTTCTATTCGGTGCGGACACAGCTATCGAGAAGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1938 bp · TkA02G511150|TK1151|CDS

ATGGAGGCAGAACCAAAACCATCGTCGGAGGAGGCGCCGACTTGCTGGAGAAAAGAATTGGACACCTACCTCAAGAGGCTCCAATCTCTTCTATTCGGTGCGGACACAGCTATCGAGAAGCGAGATTACTCTTATGCTCAACTACTCTTACTCCATCTCATCGGCTTTCTAGATTCTCGGACCCTCACCGACGACGACGAAGCCTTCATTCGACCAATTCGCCGTGAAGCCCTCTCGAAACTGGAATCCGCTAGTCAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

645 aa · TkA02G511150|TK1151|PROTEIN

MEAEPKPSSEEAPTCWRKELDTYLKRLQSLLFGADTAIEKRDYSYAQLLLLHLIGFLDSRTLTDDDEAFIRPIRREALSKLESASQALIPDSDRQAFEQAGKDPGVTFRKQGDLNIEKIKQSKYFKALLQHSKGDTLNEDDEPQKKEDIISKTSKVTLHGKSTTCISRTNNNMHNNSIHSVGNGLKDCNLLNVDEERTNGSYFRPKRSRMEIHSPKDETVISPSSNNKPDTNVTSNGFVTARTKLEMDVRQKRGLAGSPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G511150`
TK1151 ID	TkA02G511150
OH-1004 ID	LXL04_013216
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.760 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G511150

位置 Chr02:131248895-131253660 (+)

描述 Similar to FIGL1: ATPase family AAA domain-containing protein FIGL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27120`	通过同源重组参与 DNA 双链断裂修复。	AAA-ATPase FIDGETIN-LIKE 1 and Helicase FANCM Antagonize Meiotic Crossovers by Distinct Mechanisms.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005369

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013216 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0010569 regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0033687 osteoblast proliferation 生物过程

GO:0035825 homologous recombination 生物过程

GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程

GO:0045128 negative regulation of reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0046034 ATP metabolic process 生物过程

GO:0051013 microtubule severing 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0071479 cellular response to ionizing radiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G27120

hsa:63979

mmu:60530

rno:289777

xtr:100124890

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.518

排名 1 · TkA02G511150 · TK1151

细胞质0.397

排名 2 · TkA02G511150 · TK1151

细胞膜0.097

排名 3 · TkA02G511150 · TK1151

内质网0.045

排名 4 · TkA02G511150 · TK1151

线粒体0.041

排名 5 · TkA02G511150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24347FIGL1_N14-86 aa

PF17862AAA_lid_367-76 aa

PF13191AAA_1676-97 aa

PF13481AAA_25380-406 aa

PF13191AAA_16383-417 aa

PF06068TIP49384-441 aa

PF00005ABC_tran389-416 aa

PF24883NPHP3_N390-465 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G511150	`PF24347`	FIGL1_N	14	86	1.2e-33	115.5
TkA02G511150	`PF17862`	AAA_lid_3	67	76	3e-09	37.0
TkA02G511150	`PF13191`	AAA_16	76	97	0.0017	19.6
TkA02G511150	`PF13481`	AAA_25	380	406	0.2	11.9
TkA02G511150	`PF13191`	AAA_16	383	417	0.0017	19.6
TkA02G511150	`PF06068`	TIP49	384	441	0.00024	21.1
TkA02G511150	`PF00005`	ABC_tran	389	416	0.084	14.2
TkA02G511150	`PF24883`	NPHP3_N	390	465	0.15	13.0
TkA02G511150	`PF13401`	AAA_22	392	430	0.00033	21.7
TkA02G511150	`PF01078`	Mg_chelatase	392	411	0.026	14.6
TkA02G511150	`PF00004`	AAA	393	523	1.1e-39	136.6
TkA02G511150	`PF07728`	AAA_5	393	514	1e-06	29.5
TkA02G511150	`PF05496`	RuvB_N	393	462	0.00039	20.9
TkA02G511150	`PF13173`	AAA_14	393	460	0.011	16.5
TkA02G511150	`PF01695`	IstB_IS21	393	458	0.24	11.6
TkA02G511150	`PF13191`	AAA_16	438	461	0.0017	19.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JEX5`	拟南芥	sp\|F4JEX5\|FIGL1_ARATH ATPase family AAA domain-containing protein FIGL1	65.100%	Swiss-Prot	高置信

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