TkA02G505050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G505050

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 129562670-129567341 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1896 bp · TkA02G505050|TK1151|cDNA

CTAAGATCCCTCTCACTTAAACCCCCCGACTTGTCTCTCTCTACATGTGCCACCAAACACCCGGAAAAAATCGTTTCTCTCAATATGAGTAAACAGAGCACAGAGCCAAACAGGAAGTTCAGCAATGGATCAGTCCGATCAATTTTCATGCATGCGGATAGTGTCGACATGTTTCTAATGACCCTTGGGATTATAGGTGCGGTCGGCGATGGTATTTCAACGCCTATTATATTCTTTGTCACCAGCACCATCATGAATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1812 bp · TkA02G505050|TK1151|CDS

ATGAGTAAACAGAGCACAGAGCCAAACAGGAAGTTCAGCAATGGATCAGTCCGATCAATTTTCATGCATGCGGATAGTGTCGACATGTTTCTAATGACCCTTGGGATTATAGGTGCGGTCGGCGATGGTATTTCAACGCCTATTATATTCTTTGTCACCAGCACCATCATGAATAATATTGGAGACTCTTCTTCTTTATCCGTCGCAGTTTTCACCAAAAAAATCAACGAGAATGCATTAGATCTTTGTTTAATGGCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

604 aa · TkA02G505050|TK1151|PROTEIN

MSKQSTEPNRKFSNGSVRSIFMHADSVDMFLMTLGIIGAVGDGISTPIIFFVTSTIMNNIGDSSSLSVAVFTKKINENALDLCLMATGIWIACFLEGYCWTRTAERQASRLRSAYLKAVLRQEVAYFDLNVTSTAEIIASVSSDSLVIQEVISEKVPVFLMSMSNFCGAYVVSLILLWRLAIVGFPFVIILVFPGLIYGRVLMRLSRKMREEYNKAGAVAEQAISSVRTVYSFVGENKTITEYSAALQATVELGLKQGLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G505050`
TK1151 ID	TkA02G505050
OH-1004 ID	LXL04_013326
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.338 / OH-1004 22.830 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G505050

位置 Chr02:129562670-129567341 (+)

描述 Similar to ABCB15: ABC transporter B family member 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28345`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 15。	暂无已核实直接文献
`At3g28390`	ABC转运蛋白B家族成员18。	暂无已核实直接文献
`At3g28380`	ABC转运蛋白B家族成员17。	暂无已核实直接文献
`At3g28415`	ABC转运蛋白B家族成员22。	暂无已核实直接文献
`At3g28360`	ABC转运蛋白B家族成员16。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013326 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G28345

ath:AT3G28390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.346

排名 1 · TkA02G505050 · TK1151

溶酶体／液泡0.341

排名 2 · TkA02G505050 · TK1151

内质网0.157

排名 3 · TkA02G505050 · TK1151

细胞质0.119

排名 4 · TkA02G505050 · TK1151

高尔基体0.072

排名 5 · TkA02G505050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664ABC_membrane33-301 aa

PF31253DUF8845169-211 aa

PF31253DUF8845230-281 aa

PF22376PSV_trans_reg_dom348-380 aa

PF03193RsgA_GTPase361-416 aa

PF00005ABC_tran375-524 aa

PF05783DLIC380-414 aa

PF09818ABC_ATPase382-407 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G505050	`PF00664`	ABC_membrane	33	301	6.7e-47	161.2
TkA02G505050	`PF31253`	DUF8845	169	211	5.2	7.6
TkA02G505050	`PF31253`	DUF8845	230	281	5.2	7.6
TkA02G505050	`PF22376`	PSV_trans_reg_dom	348	380	0.22	12.7
TkA02G505050	`PF03193`	RsgA_GTPase	361	416	0.022	15.3
TkA02G505050	`PF00005`	ABC_tran	375	524	7.3e-35	121.3
TkA02G505050	`PF05783`	DLIC	380	414	0.049	13.2
TkA02G505050	`PF09818`	ABC_ATPase	382	407	0.00026	20.8
TkA02G505050	`PF13555`	AAA_29	382	403	0.0041	17.6
TkA02G505050	`PF05673`	DUF815	384	445	0.17	11.7
TkA02G505050	`PF13191`	AAA_16	386	523	0.042	15.1
TkA02G505050	`PF02463`	SMC_N	387	403	2.3e-06	27.9
TkA02G505050	`PF13604`	AAA_30	387	539	0.00017	22.1
TkA02G505050	`PF06414`	Zeta_toxin	387	420	0.0068	16.6
TkA02G505050	`PF13401`	AAA_22	388	526	0.0023	19.0
TkA02G505050	`PF13521`	AAA_28	388	408	0.19	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHD1`	拟南芥	sp\|Q9LHD1\|AB15B_ARATH ABC transporter B family member 15	69.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSJ5`	拟南芥	sp\|Q9LSJ5\|AB18B_ARATH ABC transporter B family member 18	67.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSJ6`	拟南芥	sp\|Q9LSJ6\|AB17B_ARATH ABC transporter B family member 17	68.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSJ2`	拟南芥	sp\|Q9LSJ2\|AB22B_ARATH ABC transporter B family member 22	68.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSJ8`	拟南芥	sp\|Q9LSJ8\|AB16B_ARATH ABC transporter B family member 16	67.600%	Swiss-Prot	高置信

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