TkA02G494750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G494750

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 126657288-126666056 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1582 bp · TkA02G494750|TK1151|cDNA

GTTTTGCTTATACTTGTCACCATCAACACTTTGAGCATGTATATATAAACACCCTTAAACTTCAAACTCAATCCTGAACTTATTATTTCAACCAATGAAGCCCAATCCAATCGAGCTTCCAATTCCTACCACCAATGGAAACCTCCAGAAACCTCTCATCACCACCAATCACTTCGTCCTCCCTGTCGTAACTCTAGCGCTCCTAATCACCGTCCATCTCTACATCGGAAATTTCTCCGACCTCCGGTTACTCAACACCG...

CDS

下载 CDS FASTA

2625 bp · TkA02G494750|TK1151|CDS

ATGGATTCAGTTATCGCTACTGTTAGCGGATACCATGGATCAGAGAGATTTAAGCTTATCAAGTTAATATCTCAATCTGGTGCAAGTTATGTTGGAGCAATGAATCAATCTACCACGCATTTGGTGTGTCGCAAATTTGAGGGGAAGAAATATGAACTTGCCAGGAAGTTTAAGATAATCGTGGTGAATCATCGATGGATTGAGGACTGTATAAAGCAAGGAAGGCGTATCTCTGAGCGTTCCTATACGAAGCACTGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

874 aa · TkA02G494750|TK1151|PROTEIN

MDSVIATVSGYHGSERFKLIKLISQSGASYVGAMNQSTTHLVCRKFEGKKYELARKFKIIVVNHRWIEDCIKQGRRISERSYTKHCGLEVGPLLLEVPAVADEVRNLSGQRPTTSNFSKKPVIDIEDDESGDDDWKDSWLLKENLLPDASQNKNHSTKLKRKGTKRRLRQDGLLTDRYSLDESTSFDFRTTESDNLSCPSPSHRVNQRRKNTTISESSKGSRRLIHKNTSNELKSSSDSEETIHHHRNRSHNRQKRSIIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G494750`
TK1151 ID	TkA02G494750
OH-1004 ID	LXL04_013463
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 49.199 / OH-1004 99.537 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G494750

位置 Chr02:126657288-126666056 (-)

描述 Similar to TBL19: Protein trichome birefringence-like 19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15900`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At3g02440`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At5g15890`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At3g28150`	木葡聚糖乙酰转移酶，催化木葡聚糖侧链上岩藻糖基化 Gal 残基的乙酰化。	O-acetylation of Arabidopsis hemicellulose xyloglucan requires AXY4 or AXY4L, proteins with a TBL and DUF231 domain.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.091728 Xyloglucan O-acetyltransferases from Arabidopsis thaliana and Populus trichocarpa catalyze acetylation of fucosylated galactose residues on xyloglucan side chains.2018 · DOI: 10.1007/s00425-018-2972-0
`At4g02110`	含 BRCT 结构域的蛋白 At4g02110。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013463 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016413 O-acetyltransferase activity 分子功能

GO:1990538 xylan O-acetyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02440

ath:AT5G15890

ath:AT5G15900

pop:7454989

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.645

排名 1 · TkA02G494750 · TK1151

细胞质0.141

排名 2 · TkA02G494750 · TK1151

细胞膜0.118

排名 3 · TkA02G494750 · TK1151

内质网0.105

排名 4 · TkA02G494750 · TK1151

高尔基体0.039

排名 5 · TkA02G494750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12738PTCB-BRCT5-66 aa

PF00533BRCT7-71 aa

PF16589BRCT_215-81 aa

PF14447Prok-RING_439-50 aa

PF14447Prok-RING_4193-207 aa

PF28318FANCB_C203-257 aa

PF25054PHD_pln221-237 aa

PF15227zf-C3HC4_4273-282 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G494750	`PF12738`	PTCB-BRCT	5	66	1.5e-21	76.9
TkA02G494750	`PF00533`	BRCT	7	71	7.7e-12	46.0
TkA02G494750	`PF16589`	BRCT_2	15	81	2.5e-05	25.2
TkA02G494750	`PF14447`	Prok-RING_4	39	50	0.62	10.7
TkA02G494750	`PF14447`	Prok-RING_4	193	207	0.62	10.7
TkA02G494750	`PF28318`	FANCB_C	203	257	0.8	10.5
TkA02G494750	`PF25054`	PHD_pln	221	237	1.5	9.5
TkA02G494750	`PF15227`	zf-C3HC4_4	273	282	0.00087	20.1
TkA02G494750	`PF05290`	Baculo_IE-1	307	363	0.035	14.8
TkA02G494750	`PF13639`	zf-RING_2	308	354	5.6e-09	36.8
TkA02G494750	`PF00097`	zf-C3HC4	309	353	4.1e-08	33.7
TkA02G494750	`PF13445`	zf-RING_UBOX	309	351	1.5e-06	28.8
TkA02G494750	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	309	357	1.5e-05	25.7
TkA02G494750	`PF13923`	zf-C3HC4_2	309	353	0.00017	22.1
TkA02G494750	`PF14634`	zf-RING_5	309	354	0.00021	21.9
TkA02G494750	`PF17123`	zf-RING_11	309	334	0.0089	16.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFT0`	拟南芥	sp\|Q9LFT0\|TBL19_ARATH Protein trichome birefringence-like 19	50.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M896`	拟南芥	sp\|Q9M896\|TBL20_ARATH Protein trichome birefringence-like 20	48.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LFT1`	拟南芥	sp\|Q9LFT1\|TBL21_ARATH Protein trichome birefringence-like 21	46.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LRS2`	拟南芥	sp\|Q9LRS2\|TBL22_ARATH xyloglucan O-acetyltransferase 2	40.200%	Swiss-Prot	中等置信
`O04251`	拟南芥	sp\|O04251\|Y4211_ARATH BRCT domain-containing protein At4g02110	31.000%	Swiss-Prot	低置信

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