TkA02G494380 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G494380

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 126531642-126532709 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1068 bp · TkA02G494380|TK1151|cDNA

ATGTCAAATTCAGAACACAACACAGATCTAGACTCCTACCAAGATGCTTGTCAAACGGATCCGGAGCTCCAGTCCTTCGATTCCACCCTCCAAGACCGCACCAGTAGAGTAATTAACACTCTCGCCGACGGCGTCGAGGTCCGTTCCCTTACCCTTGACTCCCTCCGTGAAGTCACCGGAAGTTTACTAGACATGAATCAGCAAGTTGTCAAAGTTATACTTGAATGCAAAAAGGACATTTGGGACAATGACCAATTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · TkA02G494380|TK1151|CDS

ATGTCAAATTCAGAACACAACACAGATCTAGACTCCTACCAAGATGCTTGTCAAACGGATCCGGAGCTCCAGTCCTTCGATTCCACCCTCCAAGACCGCACCAGTAGAGTAATTAACACTCTCGCCGACGGCGTCGAGGTCCGTTCCCTTACCCTTGACTCCCTCCGTGAAGTCACCGGAAGTTTACTAGACATGAATCAGCAAGTTGTCAAAGTTATACTTGAATGCAAAAAGGACATTTGGGACAATGACCAATTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

355 aa · TkA02G494380|TK1151|PROTEIN

MSNSEHNTDLDSYQDACQTDPELQSFDSTLQDRTSRVINTLADGVEVRSLTLDSLREVTGSLLDMNQQVVKVILECKKDIWDNDQLFSLVKEYFEISIQTLDFCSCLENCLKDARSTLSFLQIAINQYDADTNHLNTLDQLKQFKEFDSPFSVEFFELFQSVYKKQLAMLKKLQIEKWKVDKKMKSTKTWRRLSNVIFVTAFSTVLICSVVAAAIAAPPVVTALAAAAAVPLGSMGKWVNSLWKKYEREFKDQREMISAM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G494380`
TK1151 ID	TkA02G494380
OH-1004 ID	LXL04_013476
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G494380

位置 Chr02:126531642-126532709 (-)

描述 Similar to At4g34320: UPF0496 protein At4g34320

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34320`	UPF0496 蛋白质 At4g34320。	暂无已核实直接文献
`At2g18630`	UPF0496蛋白At2g18630。	暂无已核实直接文献
`At5g66675`	UPF0496蛋白At5g66675。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XDK8`	UPF0496 蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`Os03g0199100`	UPF0496 蛋白 1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013476 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18630

ath:AT4G34320

ath:AT5G66675

dosa:Os03g0199100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.433

排名 1 · TkA02G494380 · TK1151

细胞膜0.402

排名 2 · TkA02G494380 · TK1151

细胞核0.222

排名 3 · TkA02G494380 · TK1151

内质网0.067

排名 4 · TkA02G494380 · TK1151

溶酶体／液泡0.067

排名 5 · TkA02G494380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24829Phage_connect_210-84 aa

PF05633ROH1-like17-130 aa

PF16387DUF499621-35 aa

PF05055DUF67723-347 aa

PF24829Phage_connect_290-134 aa

PF16475DUF505297-138 aa

PF17279DUF5344108-146 aa

PF20990DUF2207_C121-230 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G494380	`PF24829`	Phage_connect_2	10	84	0.1	13.6
TkA02G494380	`PF05633`	ROH1-like	17	130	4.3e-09	36.6
TkA02G494380	`PF16387`	DUF4996	21	35	0.089	14.0
TkA02G494380	`PF05055`	DUF677	23	347	2.5e-108	362.7
TkA02G494380	`PF24829`	Phage_connect_2	90	134	0.1	13.6
TkA02G494380	`PF16475`	DUF5052	97	138	0.76	10.0
TkA02G494380	`PF17279`	DUF5344	108	146	0.084	14.1
TkA02G494380	`PF20990`	DUF2207_C	121	230	0.41	11.0
TkA02G494380	`PF04069`	OpuAC	123	183	0.071	13.4
TkA02G494380	`PF24423`	OVT1	128	138	0.047	14.8
TkA02G494380	`PF08397`	IMD	137	189	1.0	9.5
TkA02G494380	`PF15011`	CA109-like	157	192	0.03	14.7
TkA02G494380	`PF24829`	Phage_connect_2	167	194	0.1	13.6
TkA02G494380	`PF29734`	PM1101	182	256	0.022	15.4
TkA02G494380	`PF16475`	DUF5052	184	200	0.76	10.0
TkA02G494380	`PF04206`	MtrE	197	253	0.15	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYZ7`	拟南芥	sp\|Q9SYZ7\|U496A_ARATH UPF0496 protein At4g34320	54.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q56XQ0`	拟南芥	sp\|Q56XQ0\|U496I_ARATH UPF0496 protein At2g18630	49.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GW16`	拟南芥	sp\|Q8GW16\|U496H_ARATH UPF0496 protein At5g66675	45.300%	Swiss-Prot	中等置信
`A2XDK8`	水稻	sp\|A2XDK8\|U496A_ORYSI UPF0496 protein 1	52.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q10QE9`	水稻	sp\|Q10QE9\|U496A_ORYSJ UPF0496 protein 1	52.800%	Swiss-Prot	高置信

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