RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G494050
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 126465099-126467018 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1884 bp · TkA02G494050|TK1151|cDNA

TCTCCTTTTCATTTCTCCACTGACTTTGATCCAAGCCCAGCAACCATACATCAAGAAGTCCAACACAAACTGCCGCGTCAGAAATGCCTCAACCTCCGTTTCGGTTATACCTGTAATGGCGCCAATCGTACCTGCGAAGCTTACCTCACCTTCCGATCCCAACCCCCGTACAACACTGTTACTTCAATCTCCAATCTATTGAACGCAAACGCGACTCAGCTTTCTCAACTCAACTCGGTTTCTGAAACCGCTGCTTTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1884 bp · TkA02G494050|TK1151|CDS

TCTCCTTTTCATTTCTCCACTGACTTTGATCCAAGCCCAGCAACCATACATCAAGAAGTCCAACACAAACTGCCGCGTCAGAAATGCCTCAACCTCCGTTTCGGTTATACCTGTAATGGCGCCAATCGTACCTGCGAAGCTTACCTCACCTTCCGATCCCAACCCCCGTACAACACTGTTACTTCAATCTCCAATCTATTGAACGCAAACGCGACTCAGCTTTCTCAACTCAACTCGGTTTCTGAAACCGCTGCTTTTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

627 aa · TkA02G494050|TK1151|PROTEIN

SPFHFSTDFDPSPATIHQEVQHKLPRQKCLNLRFGYTCNGANRTCEAYLTFRSQPPYNTVTSISNLLNANATQLSQLNSVSETAAFGTGEMVLVPTRCSCLGQYYQANATYVIQAGDTPFMIANNTFEGLSTCHALQAERTDGTGDIFPGGRLTVPLRCACPTEKQADAGIRYLLSYLITWGESVSVISAKFGVGTGVTLEANQLSEQDSTIYPFTTLLVPLSDQPSRSQTIAPPPPPATSPPPSSPPPSPPTSAGNNKW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G494050
TK1151 IDTkA02G494050
OH-1004 IDLXL04_013480
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.737 / OH-1004 93.231
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G494050
位置Chr02:126465099-126467018 (-)
描述Similar to LYK4: LysM domain receptor-like kinase 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g23770 赖氨酸基序 受体激酶，在几丁质激发子信号传导中充当细胞表面受体，导致先天免疫。
LYK4, a lysin motif receptor-like kinase, is important for chitin signaling and plant innate immunity in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.201699
At2g33580 可能识别来源于微生物的含N-乙酰葡萄糖胺（NAG）配体。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os09g0511000 LysM结构域受体样激酶10。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013480 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程
GO:0009877 nodulation 生物过程
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
GO:0071219 cellular response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0071323 cellular response to chitin 生物过程
GO:1900150 regulation of defense response to fungus 生物过程
GO:1902290 positive regulation of defense response to oomycetes 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005775 vacuolar lumen 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G23770
ath:AT2G33580
ath:AT3G01840
dosa:Os09g0511000
mtr:11410973
osa:9270778
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.745
排名 1 · TkA02G494050 · TK1151
内质网0.112
排名 2 · TkA02G494050 · TK1151
细胞质0.094
排名 3 · TkA02G494050 · TK1151
溶酶体／液泡0.073
排名 4 · TkA02G494050 · TK1151
细胞核0.055
排名 5 · TkA02G494050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23446LysM1_NFP_LYK44-100 aa
PF23473LysM3_LYK4_558-83 aa
PF01476LysM59-81 aa
PF23472LysM2_CERK1_LYK3_4_5104-158 aa
PF23457LysM2_NFP104-137 aa
PF23473LysM3_LYK4_5110-157 aa
PF01476LysM111-129 aa
PF23446LysM1_NFP_LYK144-161 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G494050PF23446LysM1_NFP_LYK441002.7e-2280.1
TkA02G494050PF23473LysM3_LYK4_558835.1e-2381.6
TkA02G494050PF01476LysM59811.1e-0732.4
TkA02G494050PF23472LysM2_CERK1_LYK3_4_51041587.4e-2381.0
TkA02G494050PF23457LysM2_NFP1041370.0004421.0
TkA02G494050PF23473LysM3_LYK4_51101575.1e-2381.6
TkA02G494050PF01476LysM1111291.1e-0732.4
TkA02G494050PF23446LysM1_NFP_LYK1441612.7e-2280.1
TkA02G494050PF23473LysM3_LYK4_51732225.1e-2381.6
TkA02G494050PF23472LysM2_CERK1_LYK3_4_51772227.4e-2381.0
TkA02G494050PF01476LysM1822211.1e-0732.4
TkA02G494050PF23446LysM1_NFP_LYK1842222.7e-2280.1
TkA02G494050PF26362DUF80932913720.04214.6
TkA02G494050PF23473LysM3_LYK4_53143215.1e-2381.6
TkA02G494050PF01476LysM3143251.1e-0732.4
TkA02G494050PF00069Pkinase3616041.9e-34120.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O64825拟南芥sp|O64825|LYK4_ARATH LysM domain receptor-like kinase 446.500%Swiss-Prot中等置信
O22808拟南芥sp|O22808|LYK5_ARATH Protein LYK540.700%Swiss-Prot中等置信
D7UPN3水稻sp|D7UPN3|RLK10_ORYSJ LysM domain receptor-like kinase 1031.800%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看