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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G486590
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 124399810-124403594 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3085 bp · TkA02G486590|TK1151|cDNA

TGAATTGTGAACTTATTAGCAAACCATGTGTTAGAAAAATATTAAAACTTTGTCAAAAATGGTAAGAAAAACAGCGGTCGAATGATGACGTGACAAAATAAAATCATAACGAAAATGAAATAAACAGCCAATCACAACGGGCAACAATCATCTGCTCAATAAGTTCAATTTCTTTCAGACGAGTATCAAGCAAAAGTCGGCCGATAGTTCTTCAGTTGATGTCTGGTCAATTGAAAACCTGATATTGAACGTTTCTTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1422 bp · TkA02G486590|TK1151|CDS

ATGACAGACCCTGTGATTGTAGCTTCCGGACAGACATACGAGCGGGGGTATATCCGTAATTGGATCGAACTCGGTCTCAATATCTGCCCTAAAACAATGCAAACCCTCGTCCACAGTAATCTAATCCCTAATTACACGGTCAAAGCTTTGATCGCCAATTGGTGCGAATCCAACAATGTGAAGCTTCCAGAATCCGTGAGAATAAACATAAACCAACCTACCTCACCCAAATCCAACGGAATTCAAATCCATCAAGAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

473 aa · TkA02G486590|TK1151|PROTEIN

MTDPVIVASGQTYERGYIRNWIELGLNICPKTMQTLVHSNLIPNYTVKALIANWCESNNVKLPESVRININQPTSPKSNGIQIHQEELLLLSIMSFIFRRSGKATTETNTRDESKNLDSAGPSSTGVADEVLPANDSSSSTPATSDVSGELAAEFRAAAPQHEVSPRFGNRARNQIWRRSSFGPRAVSSVTETRPDLTELETQVKKLVNDLTSASIDTVRTATGEIRLLARHNMDNRIVIANCGAIVLLIGLLRSPDQKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G486590
TK1151 IDTkA02G486590
OH-1004 IDLXL04_013591
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.292 / OH-1004 60.162
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G486590
位置Chr02:124399810-124403594 (-)
描述Similar to PUB2: U-box domain-containing protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g23140 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g67340 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g54790 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g46510 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g54850 与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。
Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013591 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G23140
ath:AT3G46510
ath:AT3G54790
ath:AT5G67340
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.530
排名 1 · TkA02G486590 · TK1151
细胞核0.357
排名 2 · TkA02G486590 · TK1151
细胞膜0.169
排名 3 · TkA02G486590 · TK1151
高尔基体0.059
排名 4 · TkA02G486590 · TK1151
溶酶体／液泡0.057
排名 5 · TkA02G486590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564U-box1-58 aa
PF04826Arm_243-72 aa
PF05804KAP189-295 aa
PF19427Insc_C200-309 aa
PF30196WRM1_C200-254 aa
PF11698V-ATPase_H_C202-270 aa
PF24768ARM_ARMC5204-376 aa
PF25598ARM_PUB204-452 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G486590PF04564U-box1581.7e-1351.3
TkA02G486590PF04826Arm_243720.002618.0
TkA02G486590PF05804KAP1892950.05512.4
TkA02G486590PF19427Insc_C2003090.0002820.2
TkA02G486590PF30196WRM1_C2002540.0115.5
TkA02G486590PF11698V-ATPase_H_C2022700.1612.8
TkA02G486590PF24768ARM_ARMC52043763.1e-2176.7
TkA02G486590PF25598ARM_PUB2044525.3e-2176.0
TkA02G486590PF00514Arm2052246.6e-36121.9
TkA02G486590PF00514Arm2352726.6e-36121.9
TkA02G486590PF04826Arm_22363750.002618.0
TkA02G486590PF12717Cnd12403100.1512.8
TkA02G486590PF30196WRM1_C2462980.0115.5
TkA02G486590PF13646HEAT_22483500.001219.8
TkA02G486590PF05804KAP2634190.05512.4
TkA02G486590PF23628ARM_LIN_C2673130.07812.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22193拟南芥sp|O22193|PUB4_ARATH U-box domain-containing protein 454.900%Swiss-Prot高置信
Q5XEZ8拟南芥sp|Q5XEZ8|PUB2_ARATH U-box domain-containing protein 252.500%Swiss-Prot高置信
Q8GWV5拟南芥sp|Q8GWV5|PUB3_ARATH U-box domain-containing protein 343.400%Swiss-Prot中等置信
Q9SNC6拟南芥sp|Q9SNC6|PUB13_ARATH U-box domain-containing protein 1331.400%Swiss-Prot中等置信
Q8VZ40拟南芥sp|Q8VZ40|PUB14_ARATH U-box domain-containing protein 1429.100%Swiss-Prot低置信

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