RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G483030
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 123252438-123253763 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1326 bp · TkA02G483030|TK1151|cDNA

ATGCCTGTGTTTCCATCCAAGAGAGATGGAGTTAGTGGTCAGGTTCTAGATCTAGACACTGCCGTCAAAGATGGGGTTCTCGGTGGCGGTGGCGGAGTGGGATTCGGCGGCGGATTTGCCGAGAAATTAGATCTGAACAAGATGATTGAAGAATTGGATCTGCCGGAGGTTCCATCTGTCTTCATTTGCCCAATTTCACTCGAACCGATGGAAGACCCGGTCACTCTTTGCACCGGCCAAACCTACGAACGCTCCAACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1326 bp · TkA02G483030|TK1151|CDS

ATGCCTGTGTTTCCATCCAAGAGAGATGGAGTTAGTGGTCAGGTTCTAGATCTAGACACTGCCGTCAAAGATGGGGTTCTCGGTGGCGGTGGCGGAGTGGGATTCGGCGGCGGATTTGCCGAGAAATTAGATCTGAACAAGATGATTGAAGAATTGGATCTGCCGGAGGTTCCATCTGTCTTCATTTGCCCAATTTCACTCGAACCGATGGAAGACCCGGTCACTCTTTGCACCGGCCAAACCTACGAACGCTCCAACAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

441 aa · TkA02G483030|TK1151|PROTEIN

MPVFPSKRDGVSGQVLDLDTAVKDGVLGGGGGVGFGGGFAEKLDLNKMIEELDLPEVPSVFICPISLEPMEDPVTLCTGQTYERSNILRWFSMGHFTCPTTMQELWDDSVTPNKTLHQLIHSWFSQKYLQMKKKSEDVQGSASDILDNLKKVKGQARVQSLKELRRVVTNHATARKTVVEKGGVSLLSSLLGPYTSHAIGSEVVSILVNLTLDSYSKVNLMQPAKISLVVDMLNEGSIETKINCTKLIKTLMEEDDFQVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G483030
TK1151 IDTkA02G483030
OH-1004 IDLXL04_013633
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G483030
位置Chr02:123252438-123253763 (-)
描述Similar to PUB30: U-box domain-containing protein 30
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g49810 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g65920 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g19380 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g64660 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0232600 E3 泛素连接酶可能作为油菜素甾醇 信号传导的正调节因子。
The U-box E3 ubiquitin ligase TUD1 functions with a heterotrimeric G α subunit to regulate Brassinosteroid-mediated growth in rice.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003391
An E3 ubiquitin ligase, ERECT LEAF1, functions in brassinosteroid signaling of rice.2013 · DOI: 10.4161/psb.27117
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013633 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程
GO:0098542 defense response to other organism 生物过程
GO:1900457 regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:1901001 negative regulation of response to salt stress 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G19380
ath:AT3G49810
ath:AT5G64660
ath:AT5G65920
dosa:Os03g0232600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.486
排名 1 · TkA02G483030 · TK1151
细胞质0.465
排名 2 · TkA02G483030 · TK1151
细胞膜0.084
排名 3 · TkA02G483030 · TK1151
高尔基体0.051
排名 4 · TkA02G483030 · TK1151
内质网0.048
排名 5 · TkA02G483030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564U-box57-127 aa
PF11789zf-Nse62-100 aa
PF15906zf-NOSIP62-90 aa
PF13445zf-RING_UBOX63-99 aa
PF19047HOOK_N86-153 aa
PF26193DUF8045100-143 aa
PF25598ARM_PUB144-440 aa
PF11841ELMO_ARM159-191 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G483030PF04564U-box571274.2e-1659.6
TkA02G483030PF11789zf-Nse621000.0004620.7
TkA02G483030PF15906zf-NOSIP62900.311.9
TkA02G483030PF13445zf-RING_UBOX63990.02415.3
TkA02G483030PF19047HOOK_N861530.113.1
TkA02G483030PF26193DUF80451001430.213.0
TkA02G483030PF25598ARM_PUB1444401.8e-85287.8
TkA02G483030PF11841ELMO_ARM1591910.05414.1
TkA02G483030PF11935SYMPK_PTA1_N1632760.04514.1
TkA02G483030PF24768ARM_ARMC51723834.5e-0627.0
TkA02G483030PF00514Arm1751971.59.7
TkA02G483030PF00514Arm1972121.59.7
TkA02G483030PF00514Arm2282451.59.7
TkA02G483030PF11841ELMO_ARM2362760.05414.1
TkA02G483030PF26193DUF80452472620.213.0
TkA02G483030PF00514Arm3083231.59.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q058P4拟南芥sp|Q058P4|PUB30_ARATH U-box domain-containing protein 3071.200%Swiss-Prot高置信
Q9FHN9拟南芥sp|Q9FHN9|PUB31_ARATH U-box domain-containing protein 3168.500%Swiss-Prot高置信
Q9LT79拟南芥sp|Q9LT79|PUB25_ARATH U-box domain-containing protein 2529.600%Swiss-Prot低置信
Q9FLF4拟南芥sp|Q9FLF4|PUB27_ARATH U-box domain-containing protein 2729.600%Swiss-Prot低置信
Q10PI9水稻sp|Q10PI9|PUB75_ORYSJ U-box domain-containing protein 7558.100%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看