TkA02G478780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G478780

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 122186953-122188413 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

786 bp · TkA02G478780|TK1151|cDNA

AATTTAGTTACAGAGCAACTGTGTAAGTTATCTTGGATTACGGCACTTCCGAGTGATATTATGGACGAATCAAATTCTCAGCAATGGAAAAAGGCGATGTTGTTTTCAGTTCTTCTCTAGCACTTTCCACGAATCCTATGATTGATTTGACCCAAAGGGTGTTAGCTGAGTTTATTGGAATGTATATTATTATGTTTGCCGGTTGTGGGTCGATAGCAGTGAATAAACTTTACGGTGGCACAGTCACTTTTCCTGGAATA...

CDS

下载 CDS FASTA

357 bp · TkA02G478780|TK1151|CDS

ATGGAAAAAGGCGATGTTGTTTTCAGTTCTTCTCTAGCACTTTCCACGAATCCTATGATTGATTTGACCCAAAGGGTGTTAGCTGAGTTTATTGGAATGTATATTATTATGTTTGCCGGTTGTGGGTCGATAGCAGTGAATAAACTTTACGGTGGCACAGTCACTTTTCCTGGAATATGTCTTGTATGGGGCCTAATCGTAATGGCTATGATTTACTCTCTTGGTCACGTATCGGCCCACTTTAATCCTGTTGTGACCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

118 aa · TkA02G478780|TK1151|PROTEIN

MEKGDVVFSSSLALSTNPMIDLTQRVLAEFIGMYIIMFAGCGSIAVNKLYGGTVTFPGICLVWGLIVMAMIYSLGHVSAHFNPVVTIALHLGFVPFKEVFYYVVSQILGAILGAEQWR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G478780`
TK1151 ID	TkA02G478780
OH-1004 ID	LXL04_013679
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.763 / OH-1004 44.882 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G478780

位置 Chr02:122186953-122188413 (-)

描述 Similar to Probable aquaporin NIP-type

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g37820`	水通道蛋白促进水和小中性溶质跨细胞膜的运输。	暂无已核实直接文献
`At5g37810`	潜在的水通道蛋白，可能促进水和小中性溶质通过细胞膜的运输。	暂无已核实直接文献
`At4g18910`	水通道可能需要促进甘油渗透性和水跨细胞膜运输。	Functional identification of the glycerol permease activity of Arabidopsis thaliana NLM1 and NLM2 proteins by heterologous expression in Saccharomyces cerevisiae.2000 · DOI: 10.1016/s0014-5793(00)02027-5

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0205000`	水通道蛋白促进水和小中性溶质跨细胞膜的运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013679 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015700 arsenite transport 生物过程

GO:0046685 response to arsenic-containing substance 生物过程

GO:0080170 hydrogen peroxide transmembrane transport 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0015105 arsenite transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015267 channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G18910

ath:AT5G37810

ath:AT5G37820

dosa:Os05g0205000

osa:4338071

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.418

排名 1 · TkA02G478780 · TK1151

溶酶体／液泡0.138

排名 2 · TkA02G478780 · TK1151

线粒体0.116

排名 3 · TkA02G478780 · TK1151

细胞质0.112

排名 4 · TkA02G478780 · TK1151

细胞膜0.065

排名 5 · TkA02G478780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00230MIP21-114 aa

PF18916Lycopene_cyc48-105 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G478780	`PF00230`	MIP	21	114	7.7e-20	72.3
TkA02G478780	`PF18916`	Lycopene_cyc	48	105	0.61	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W036`	拟南芥	sp\|Q8W036\|NIP42_ARATH Probable aquaporin NIP4-2	49.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FIZ9`	拟南芥	sp\|Q9FIZ9\|NIP41_ARATH Putative aquaporin NIP4-1	53.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LFP7`	拟南芥	sp\|Q8LFP7\|NIP12_ARATH Aquaporin NIP1-2	49.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0DK16`	水稻	sp\|Q0DK16\|NIP13_ORYSJ Aquaporin NIP1-3	45.100%	Swiss-Prot	中等置信

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