LXL04_013679 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013679

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 34082607-34084046 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

765 bp · LXL04_013679|LXL04_013679|OH1004|cDNA

ATGGACGAATCAAATATCTCAGCAATGGAAAAAGGCGATGTTGTTTTCAGTTCTTCTCTAGCACTTTCCACGAATCCTATGATTGATTTGACCCAAAGGgTGTTAGCTGAGTTTATTGGAATGTATATTATTATGTTTGCCGGTTGTGGGTCGATAGCAGTGAATAAACTTTACGGTGGCACAGTCACTTTTCCTGGAATATGTCTTGTATGGGGCCTAATCGTAATGGCTATGATTTACTCTCTTGGTCACGTATCGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

765 bp · LXL04_013679|LXL04_013679|OH1004|CDS

ATGGACGAATCAAATATCTCAGCAATGGAAAAAGGCGATGTTGTTTTCAGTTCTTCTCTAGCACTTTCCACGAATCCTATGATTGATTTGACCCAAAGGGTGTTAGCTGAGTTTATTGGAATGTATATTATTATGTTTGCCGGTTGTGGGTCGATAGCAGTGAATAAACTTTACGGTGGCACAGTCACTTTTCCTGGAATATGTCTTGTATGGGGCCTAATCGTAATGGCTATGATTTACTCTCTTGGTCACGTATCGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

254 aa · LXL04_013679|LXL04_013679|OH1004|PROTEIN

MDESNISAMEKGDVVFSSSLALSTNPMIDLTQRVLAEFIGMYIIMFAGCGSIAVNKLYGGTVTFPGICLVWGLIVMAMIYSLGHVSAHFNPVVTIAFALLGLFPFKEVFYYVVSQILGAILGCGTVALIIDITPNAFFGTRPSGSIMQSFVVEIIVTFIMMFIVSGATNDHRAYKKYGGIIVGMTVTLNVLVAGPISGGSMNPARTLGPAIVLDSYKGIWVYIFGPLLGAIAGGFVYNLLKPTTKSFSELFKLA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013679`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013679

位置 Chr03:34082607-34084046 (+)

描述 Similar to Probable aquaporin NIP-type

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g37820`	水通道蛋白促进水和小中性溶质跨细胞膜的运输。	暂无已核实直接文献
`At5g37810`	潜在的水通道蛋白，可能促进水和小中性溶质通过细胞膜的运输。	暂无已核实直接文献
`At4g18910`	水通道可能需要促进甘油渗透性和水跨细胞膜运输。	Functional identification of the glycerol permease activity of Arabidopsis thaliana NLM1 and NLM2 proteins by heterologous expression in Saccharomyces cerevisiae.2000 · DOI: 10.1016/s0014-5793(00)02027-5

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0205000`	水通道蛋白促进水和小中性溶质跨细胞膜的运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013679 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015700 arsenite transport 生物过程

GO:0046685 response to arsenic-containing substance 生物过程

GO:0080170 hydrogen peroxide transmembrane transport 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0015105 arsenite transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015267 channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G18910

ath:AT5G37810

ath:AT5G37820

dosa:Os05g0205000

osa:4338071

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.299

排名 1 · LXL04_013679 · OH-1004

内质网0.287

排名 2 · LXL04_013679 · OH-1004

细胞膜0.159

排名 3 · LXL04_013679 · OH-1004

细胞质0.123

排名 4 · LXL04_013679 · OH-1004

线粒体0.087

排名 5 · LXL04_013679 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00230.26MIP29-237 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013679	`PF00230.26`	MIP	29	237	2.2e-53	182.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W036`	拟南芥	Probable aquaporin NIP4-2	53.668%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FIZ9`	拟南芥	Putative aquaporin NIP4-1	53.282%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LFP7`	拟南芥	Aquaporin NIP1-2	49.782%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0DK16`	水稻	Aquaporin NIP1-3	48.016%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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