TkA02G478560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G478560

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 122119993-122123281 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2396 bp · TkA02G478560|TK1151|cDNA

AAAGAGAAAAGTTACACAGATACCAAAGGGCAGAGACGCTGGGCCGTTGCAAATGAACCCAATCGGAATCAGAAACTCCTCAAGCACCGTTGTCGTCGGACGCCAAACGCTCCTTCTTTCCTCTTATCATTCTCCTGATCATAGGCAAAACCGCCGCTTATCACCAACTCACTCGATCAGAACTGTAACCCTAGAAAAATAATAATGGTTTGAAGCTGCCCCCTTTGGCCCTTTTTACAACCCTAACTAACATTCACTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1845 bp · TkA02G478560|TK1151|CDS

ATGGCTGGTGATAGCTCTCCTGATTTCGACAGAAGTAACATCTCTCCACTGGTGCTAAGTGATGACGATTCAATGGAGAACAAGAGAAAAGAGATCACAAATCATGATCTTCAAGGGAGTAGTAGGAGAAAGAAGAAGAATAAAAAAAGTGGTACACATACACCTCGTCCGCCATGCTCTTGGGTCCATTTTAGCCGTGAGTTCATCAAGGAGTACAATGCTTCCCACCCCGAAGTCTCTGGTCTCAAAGTTGCAACAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

614 aa · TkA02G478560|TK1151|PROTEIN

MAGDSSPDFDRSNISPLVLSDDDSMENKRKEITNHDLQGSSRRKKKNKKSGTHTPRPPCSWVHFSREFIKEYNASHPEVSGLKVATKAASNAWKLMTLEEKEVYTKRARQVWDDYLSSTPAREPKPRKQANLVTRCSPGRLVNVIKQFTPEQKEAVKSMGFGSLLDLKCRTLRRSLCLWLLKRFNTIRRSLDICGQRVPLTPRDVELVMGLSASGKDVVNSGPDDVVADLRVKYNASNRGISVRFLEEKLGEEDAGEEFK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G478560`
TK1151 ID	TkA02G478560
OH-1004 ID	LXL04_013687
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.906 / OH-1004 53.895 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G478560`
位置	Chr02:122119993-122123281 (+)
描述	Similar to At5g37930: E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like 10
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_013687` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009411 response to UV 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G66630 ath:AT5G37870 ath:AT5G37890 ath:AT5G37910 ath:AT5G37930 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.749

排名 1 · TkA02G478560 · TK1151

细胞质0.294

排名 2 · TkA02G478560 · TK1151

细胞膜0.057

排名 3 · TkA02G478560 · TK1151

内质网0.042

排名 4 · TkA02G478560 · TK1151

线粒体0.031

排名 5 · TkA02G478560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07800DUF164445-99 aa

PF00505HMG_box55-121 aa

PF09011HMG_box_257-115 aa

PF24815HMG_WDHD171-106 aa

PF31142KAP_N81-111 aa

PF29561DUF8566134-330 aa

PF09011HMG_box_2173-192 aa

PF10536PMD201-361 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G478560	`PF07800`	DUF1644	45	99	0.67	10.7
TkA02G478560	`PF00505`	HMG_box	55	121	4.3e-09	37.4
TkA02G478560	`PF09011`	HMG_box_2	57	115	3.6e-05	25.1
TkA02G478560	`PF24815`	HMG_WDHD1	71	106	0.017	15.8
TkA02G478560	`PF31142`	KAP_N	81	111	0.15	12.7
TkA02G478560	`PF29561`	DUF8566	134	330	1.7e-65	221.3
TkA02G478560	`PF09011`	HMG_box_2	173	192	3.6e-05	25.1
TkA02G478560	`PF10536`	PMD	201	361	2.5e-12	47.4
TkA02G478560	`PF21361`	Sina_ZnF	427	442	0.25	12.5
TkA02G478560	`PF21361`	Sina_ZnF	472	496	0.25	12.5
TkA02G478560	`PF07800`	DUF1644	473	498	0.67	10.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情