TkA02G477890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G477890

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 121941606-121942241 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

636 bp · TkA02G477890|TK1151|cDNA

ATGCAAGGTTCCCAAACACAAAGGGCTATATTGGGCCAAAGAGCAAAGGGTATTTCCGACTTTTCCGCCCTAACCCTAAATCATCTATATCATATAAAATCATCCTTCTCGCCGCCGTTCCAAATCTTCATTGCTGCAAACCCTAAACAGCCGAGAGAGGGAGAGAGATCGAGAGAGAGAGGAGAGATGAAGTACAATCCAAGAGTCACCAGTTCTCGCCGGAAATGCCGAAAGGCTCACTTCTCCGCTCCTTCCAGCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

636 bp · TkA02G477890|TK1151|CDS

ATGCAAGGTTCCCAAACACAAAGGGCTATATTGGGCCAAAGAGCAAAGGGTATTTCCGACTTTTCCGCCCTAACCCTAAATCATCTATATCATATAAAATCATCCTTCTCGCCGCCGTTCCAAATCTTCATTGCTGCAAACCCTAAACAGCCGAGAGAGGGAGAGAGATCGAGAGAGAGAGGAGAGATGAAGTACAATCCAAGAGTCACCAGTTCTCGCCGGAAATGCCGAAAGGCTCACTTCTCCGCTCCTTCCAGCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

211 aa · TkA02G477890|TK1151|PROTEIN

MQGSQTQRAILGQRAKGISDFSALTLNHLYHIKSSFSPPFQIFIAANPKQPREGERSRERGEMKYNPRVTSSRRKCRKAHFSAPSSVRRVLMSAPLSTELRSKYNVRSIPVRKDDEVQVVRGTYKGREGKVVQVYRRKWVIHIERITREKVNGQTVNVGINPSKVVVTKLKLDKDRKSLLDRKAKGRSADKSKGKFTEEDVAAGASLQEID

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G477890`
TK1151 ID	TkA02G477890
OH-1004 ID	LXL04_013697
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 70.616 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G477890

位置 Chr02:121941606-121942241 (+)

描述 Similar to RPL26A: 60S ribosomal protein L26-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49910`	大核糖体亚基蛋白uL24z。	暂无已核实直接文献
`At5g67510`	大核糖体亚基蛋白 uL24y。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013697 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006941 striated muscle contraction 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0071479 cellular response to ionizing radiation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49910

ath:AT5G67510

mmu:19941

ocu:100347930

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.671

排名 1 · TkA02G477890 · TK1151

质体0.267

排名 2 · TkA02G477890 · TK1151

细胞核0.193

排名 3 · TkA02G477890 · TK1151

线粒体0.082

排名 4 · TkA02G477890 · TK1151

内质网0.050

排名 5 · TkA02G477890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20639Rrn6_K-rich51-136 aa

PF16906Ribosomal_L2670-183 aa

PF23291KOW4_SPT5111-137 aa

PF00467KOW113-144 aa

PF25092SH3_KIN17_C116-157 aa

PF04379DUF525130-156 aa

PF00467KOW158-167 aa

PF20639Rrn6_K-rich178-201 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G477890	`PF20639`	Rrn6_K-rich	51	136	0.42	12.2
TkA02G477890	`PF16906`	Ribosomal_L26	70	183	3.4e-37	127.5
TkA02G477890	`PF23291`	KOW4_SPT5	111	137	3.9e-05	24.2
TkA02G477890	`PF00467`	KOW	113	144	3.4e-08	33.7
TkA02G477890	`PF25092`	SH3_KIN17_C	116	157	0.024	15.8
TkA02G477890	`PF04379`	DUF525	130	156	0.21	12.5
TkA02G477890	`PF00467`	KOW	158	167	3.4e-08	33.7
TkA02G477890	`PF20639`	Rrn6_K-rich	178	201	0.42	12.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P51414`	拟南芥	sp\|P51414\|RL261_ARATH Large ribosomal subunit protein uL24z	85.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJX2`	拟南芥	sp\|Q9FJX2\|RL262_ARATH Large ribosomal subunit protein uL24y	80.100%	Swiss-Prot	中等置信

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