TkA02G476820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G476820

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 121706893-121710295 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1482 bp · TkA02G476820|TK1151|cDNA

TTTTGAATCATTCATCGAGATAATGAGATTGCGTTTCCGTTTTAGACTTTAGATTGCCAGATTGGTAACTTTAAAGATTGGATATTAATCAAATATGCATCGAGAATTGGAAATTTCACCAGGGGGTTTCACTTGATTCACGGTAACCATAACAACGAACCCCAACATCATCATCTACCGACTCCAATTCTTTAACCGACCCATTTGAATTCTTCATTTACGTTAGATTTTAGGGTTAGGGTCTTAGTTCCCTCGCCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1026 bp · TkA02G476820|TK1151|CDS

ATGATGAAGGGCGTAGAATTAACACCTGAATTGCAAGAGATTCTTAATGCCAACATGGATTGCGTGCAAGAGAGGCGCACCGCTCGTGAGGCCTTCAAGGATATTCAGCTCAACATCGATCATATCTTGTTCAACACAAAATATGAGGGATTGAAGACAAAAGAGACATATGAGACTAACTCTAAAGGGGTAGAAATTTTCTCAAAAAGTTGGCTTCCGGGAGCAAAGCCTCCAAAAGCAGTAGTTTGCTATTGCCATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

341 aa · TkA02G476820|TK1151|PROTEIN

MMKGVELTPELQEILNANMDCVQERRTAREAFKDIQLNIDHILFNTKYEGLKTKETYETNSKGVEIFSKSWLPGAKPPKAVVCYCHGYGDTCTFFFEGIARKFASCGYAVFAMDLPGLGLSEGLHCYIPSFDALVDDVIEHYSKVVENPEIRDLPRFLLGQSMGGAVALKVHLKQPTYWSGAVLVAPMCKIADDVVPPWAVTQFLIGMSKVMPKMKLVPQKDLADMAFRDPKKKHLTSYSVIGYKDKPRLGTAMELLKTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G476820`
TK1151 ID	TkA02G476820
OH-1004 ID	LXL04_013710
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G476820`
位置	Chr02:121706893-121710295 (+)
描述	Similar to CSE: Caffeoylshikimate esterase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_013710` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程 GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程 GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程 GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程 GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程 GO:0010043 response to zinc ion 生物过程 GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程 GO:0019369 arachidonate metabolic process 生物过程 GO:0019433 triglyceride catabolic process 生物过程 GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程 GO:0045471 response to ethanol 生物过程 GO:0045907 positive regulation of vasoconstriction 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G52760 hsa:11343 mmu:23945 msg:MSMEI_0213 msm:MSMEG_0220 rno:29254 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.442

排名 1 · TkA02G476820 · TK1151

内质网0.223

排名 2 · TkA02G476820 · TK1151

线粒体0.215

排名 3 · TkA02G476820 · TK1151

细胞膜0.188

排名 4 · TkA02G476820 · TK1151

细胞核0.183

排名 5 · TkA02G476820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12146Hydrolase_49-60 aa

PF05448AXE136-119 aa

PF02129Peptidase_S1543-301 aa

PF02230Abhydrolase_274-96 aa

PF12146Hydrolase_477-319 aa

PF01738DLH77-115 aa

PF20408Abhydrolase_1179-174 aa

PF00561Abhydrolase_181-316 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G476820	`PF12146`	Hydrolase_4	9	60	3.5e-64	217.1
TkA02G476820	`PF05448`	AXE1	36	119	2.1e-05	24.2
TkA02G476820	`PF02129`	Peptidase_S15	43	301	0.024	15.0
TkA02G476820	`PF02230`	Abhydrolase_2	74	96	3.5e-06	27.7
TkA02G476820	`PF12146`	Hydrolase_4	77	319	3.5e-64	217.1
TkA02G476820	`PF01738`	DLH	77	115	0.0043	17.4
TkA02G476820	`PF20408`	Abhydrolase_11	79	174	0.00016	22.2
TkA02G476820	`PF00561`	Abhydrolase_1	81	316	6.6e-14	52.9
TkA02G476820	`PF12697`	Abhydrolase_6	85	322	4.6e-12	47.7
TkA02G476820	`PF00326`	Peptidase_S9	104	190	6.8e-05	23.2
TkA02G476820	`PF07859`	Abhydrolase_3	131	191	0.058	13.8
TkA02G476820	`PF05448`	AXE1	145	171	2.1e-05	24.2
TkA02G476820	`PF00756`	Esterase	153	247	4.6e-05	24.0
TkA02G476820	`PF02230`	Abhydrolase_2	157	186	3.5e-06	27.7
TkA02G476820	`PF01738`	DLH	158	175	0.0043	17.4
TkA02G476820	`PF00326`	Peptidase_S9	237	337	6.8e-05	23.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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