TkA02G473570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G473570

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 120841415-120844359 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1087 bp · TkA02G473570|TK1151|cDNA

ATTATGCAGACTGTGCTTACTAGGTATAATACACTTACTGGAGTTATGTATAAGGATGATCCAACAATCATGGCTTGGGAGCTCATGAATGAGCCTAGATGCACTTCTGATACATCAGGAAGAACAATTCAGGCATGGATTACAGAAATGGCTGCACATGTGAAATCGATCGATCGAAAACACTTGCTGGAAGCAGGTCTCGAGGGCTTCTACGGCAGACCCAATTCTCAGAATCCTGGTTTCGACGTCGGCACTGATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1314 bp · TkA02G473570|TK1151|CDS

ATGGCGAAAAAATCCGCATTATCGATCTTTCTCGTTGCTCTTCTGCTCCAAAACCTCAACACTTTTCTTGAAACCGAAGCCGCAGGATCGAAAAATGGTGGTAGTTTCATAACAACAAGAGGAGTCCATTTCATGTTAAATGGTAGCCCTTATTATGCCAATGGCTTTAATGCCTACTGGTTGATGATTTTAGCCTCCGATCCTTCACAAAGATCCAAAGTTTCCGATGCTTTTCATCAGGCTTCTTCACATGGCCTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

437 aa · TkA02G473570|TK1151|PROTEIN

MAKKSALSIFLVALLLQNLNTFLETEAAGSKNGGSFITTRGVHFMLNGSPYYANGFNAYWLMILASDPSQRSKVSDAFHQASSHGLSVARTWAFSDGGVTPLQYSPGSYNEQMFKGLDFVVAEARRFGIKLVLSLVNNYESLGGKKQYVNWARNQGQYVTSDDDFFRNPVAKGFYKNHVKTVLTRYNTLTGVMYKDDPTIMAWELMNEPRCTSDTSGRTIQAWITEMAAHVKSIDRKHLLEAGLEGFYGRPNSQNPGFDV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G473570`
TK1151 ID	TkA02G473570
OH-1004 ID	LXL04_007715
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	55.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.101 / OH-1004 82.553 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G473570

位置 Chr02:120841415-120844359 (-)

描述 Similar to MAN5: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66460`	对于珠孔胚乳的松动和发芽种子中种皮的破裂都是必需的。	Arabidopsis thaliana bZIP44: a transcription factor affecting seed germination and expression of the mannanase-encoding gene AtMAN7.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12162
`At3g10890`	复合甘露聚糖内切-1,4-β-甘露糖苷酶 3。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0663300`	甘露聚糖内切-1,4-β-甘露糖苷酶1。	暂无已核实直接文献
`Os02g0766900`	推定甘露聚糖内切1,4-β-甘露糖苷酶9。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007715 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0016985 mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os01g0663300

sly:544170

sly:544199

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.730

排名 1 · TkA02G473570 · TK1151

细胞质0.081

排名 2 · TkA02G473570 · TK1151

溶酶体／液泡0.072

排名 3 · TkA02G473570 · TK1151

细胞膜0.047

排名 4 · TkA02G473570 · TK1151

内质网0.040

排名 5 · TkA02G473570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26410GH5_mannosidase35-364 aa

PF01353GFP73-113 aa

PF00150Cellulase76-343 aa

PF02449Glyco_hydro_42107-234 aa

PF01353GFP187-215 aa

PF02449Glyco_hydro_42272-307 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G473570	`PF26410`	GH5_mannosidase	35	364	3.7e-58	198.0
TkA02G473570	`PF01353`	GFP	73	113	0.13	12.6
TkA02G473570	`PF00150`	Cellulase	76	343	4.4e-11	43.5
TkA02G473570	`PF02449`	Glyco_hydro_42	107	234	0.06	13.4
TkA02G473570	`PF01353`	GFP	187	215	0.13	12.6
TkA02G473570	`PF02449`	Glyco_hydro_42	272	307	0.06	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJZ3`	拟南芥	sp\|Q9FJZ3\|MAN7_ARATH Mannan endo-1,4-beta-mannosidase 7	66.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SG94`	拟南芥	sp\|Q9SG94\|MAN3_ARATH Mannan endo-1,4-beta-mannosidase 3	51.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q0JKM9`	水稻	sp\|Q0JKM9\|MAN1_ORYSJ Mannan endo-1,4-beta-mannosidase 1	65.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q6Z310`	水稻	sp\|Q6Z310\|MAN9_ORYSJ Putative mannan endo-1,4-beta-mannosidase 9	57.600%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情